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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6yqf | ||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of the SYCE2-TEX12 delta-Ctip complex in a 4:4 assembly | ||||||||||||
要素 |
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キーワード | STRUCTURAL PROTEIN / Synaptonemal complex meiosis recombination coiled-coil self-assembly SYCE2 TEX12 STRUCTURAL PROTEIN | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 meiotic DNA repair synthesis / central element / synaptonemal complex assembly / Meiotic synapsis / chromosome / cell division / nucleoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.33 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Dunce, J.M. / Davies, O.R. | ||||||||||||
資金援助 | 英国, 3件
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引用 | ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2021 タイトル: Structural basis of meiotic chromosome synaptic elongation through hierarchical fibrous assembly of SYCE2-TEX12. 著者: Dunce, J.M. / Salmon, L.J. / Davies, O.R. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6yqf.cif.gz | 74.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6yqf.ent.gz | 53 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6yqf.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6yqf_validation.pdf.gz | 336.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6yqf_full_validation.pdf.gz | 340.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6yqf_validation.xml.gz | 11.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6yqf_validation.cif.gz | 14.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yq/6yqf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yq/6yqf | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13180.025 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SYCE2, CESC1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6PIF2 #2: タンパク質 | 分子量: 7947.959 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TEX12 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9BXU0 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.83 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M sodium acetate, 65% MPD |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9688 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年8月4日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9688 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.327→47.452 Å / Num. obs: 4098 / % possible obs: 64.8 % / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 56.56 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rpim(I) all: 0.098 / Rrim(I) all: 0.246 / Net I/σ(I): 4.7 |
反射 シェル | 解像度: 3.327→3.594 Å / 冗長度: 7.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 342 / CC1/2: 0.516 / Rpim(I) all: 0.906 / Rrim(I) all: 2.445 / % possible all: 27.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6R17 解像度: 3.33→47.45 Å / SU ML: 0.3987 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 35.2763
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 56.52 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.33→47.45 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3.33→47.45 Å
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