PDB-6yq0: Promiscuous Reductase LugOII Catalyzes Keto-reduction at C1 durin...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6yq0

タイトル

Promiscuous Reductase LugOII Catalyzes Keto-reduction at C1 during Lugdunomycin Biosynthesis

要素

Monooxygenase

キーワード

ANTIBIOTIC / lugdunomycin / keto-reduction / short chain alcohol reductase / Rossmann fold

機能・相同性

機能・相同性情報

FAD binding / monooxygenase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces sp. QL37 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.08 Å

データ登録者

Xiao, X. / Elsayed, S.S. / Wu, C. / van der Heul, H. / Prota, A. / Huang, J. / Guo, R. / Abrahams, J.P. / van Wezel, G.P.

引用

ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2020
タイトル: Functional and Structural Insights into a Novel Promiscuous Ketoreductase of the Lugdunomycin Biosynthetic Pathway.
著者: Xiao, X. / Elsayed, S.S. / Wu, C. / van der Heul, H.U. / Metsa-Ketela, M. / Du, C. / Prota, A.E. / Chen, C.C. / Liu, W. / Guo, R.T. / Abrahams, J.P. / van Wezel, G.P.

履歴

登録	2020年4月16日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年9月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年9月30日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6yq0.cif.gz	193.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6yq0.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6yq0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6yq0_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6yq0_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
XML形式データ	6yq0_validation.xml.gz	27.5 KB	表示
CIF形式データ	6yq0_validation.cif.gz	41.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yq/6yq0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yq/6yq0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6ypzC 6yq3C 6yq6C 4ospS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6ypz-d 4oso-d 5wul-d 1fx4-1 1ipe-3 2gzm-2 6yq3-d 3vc7-3 2ewm-d 4zgw-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (3) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (3) #188 - 2015年8月テトラヒドロビオプテリンの生合成 (Tetrahydrobiopterin Biosynthesis) 類似性 (2) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (2)

登録構造単位

AAA: Monooxygenase

BBB: Monooxygenase

ヘテロ分子

56.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	88.104, 60.379, 88.221
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 102.415, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	I121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン: (詳細: Chains AAA BBB)

#1: タンパク質	Monooxygenase 分子量: 26797.248 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces sp. QL37 (バクテリア) 遺伝子: C5F59_12925 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: A0A2S6PN47
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE 分子量: 743.405 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₈N₇O₁₇P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-P7K / (3~{R})-8-methoxy-3-methyl-3-oxidanyl-2,4-dihydrobenzo[a]anthracene-1,7,12-trione / (-)-MM-47755 分子量: 336.338 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₁₆O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 552 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.47 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 20% PEG 3350, 0.1 M Na Malonate, 0.1 M BIS-TRIS prop, pH 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 298 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.08→49.495 Å / Num. obs: 431114 / % possible obs: 95.4 % / 冗長度: 3.1 % / B_iso Wilson estimate: 11.77 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 16.3
反射シェル	解像度: 1.08→1.108 Å / 冗長度: 2.9 % / R_merge(I) obs: 0.435 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique obs: 68021 / CC_1/2: 0.801 / R_rim(I) all: 0.532 / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4osp

4osp

解像度: 1.08→49.495 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.974 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.968 / WR_factor R_free: 0.152 / WR_factor R_work: 0.138 / SU B: 0.874 / SU ML: 0.02 / Average fsc free: 0.9442 / Average fsc work: 0.9468 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.029 / ESU R Free: 0.03 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1701	9703	5.035 %
R_work	0.1554	183000	-
all	0.156	-	-
obs	-	192703	99.78 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 10.502 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.25 Å²	0 Å²	-0.139 Å²
2-	-	0.482 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.156 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.08→49.495 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3745	0	202	552	4499

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.022	0.013	4094
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	3851
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.206	1.653	5575
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.662	1.573	8881
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.286	5	530
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	26.065	21.25	208
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.429	15	639
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.828	15	37
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.326	0.2	553
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.014	0.02	4663
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	847
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.238	0.2	885
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.187	0.2	3828
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.181	0.2	2086
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.092	0.2	1902
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.254	0.2	390
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.314	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.271	0.2	31
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.255	0.2	105
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.143	0.2	33
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.035	0.801	2056
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.024	0.799	2054
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.525	1.207	2573
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.52	1.207	2573
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.022	1.026	2038
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.021	1.027	2039
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.904	1.466	2989
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.903	1.466	2990
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	3.848	17.073	18398
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	3.687	16.443	17899
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.087	0.05	7808

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.08-1.108	0.249	725	0.248	13494	X-RAY DIFFRACTION	99.9157
1.108-1.138	0.255	725	0.255	13145	X-RAY DIFFRACTION	99.9424
1.138-1.171	0.182	695	0.182	12797	X-RAY DIFFRACTION	99.9852
1.171-1.207	0.188	686	0.174	12418	X-RAY DIFFRACTION	99.9619
1.207-1.247	0.244	707	0.239	11896	X-RAY DIFFRACTION	99.5891
1.247-1.291	0.186	618	0.176	11657	X-RAY DIFFRACTION	99.7562
1.291-1.339	0.231	534	0.209	11324	X-RAY DIFFRACTION	99.53
1.339-1.394	0.159	614	0.139	10757	X-RAY DIFFRACTION	99.9912
1.394-1.456	0.153	547	0.144	10401	X-RAY DIFFRACTION	99.9726
1.456-1.527	0.162	540	0.144	9954	X-RAY DIFFRACTION	99.9048
1.527-1.61	0.126	468	0.118	9495	X-RAY DIFFRACTION	100
1.61-1.707	0.139	466	0.12	9000	X-RAY DIFFRACTION	99.9894
1.707-1.825	0.141	398	0.117	8442	X-RAY DIFFRACTION	99.9887
1.825-1.971	0.187	391	0.179	7771	X-RAY DIFFRACTION	98.2781
1.971-2.159	0.137	382	0.122	7229	X-RAY DIFFRACTION	99.9737
2.159-2.414	0.18	329	0.166	6510	X-RAY DIFFRACTION	99.0729
2.414-2.787	0.149	304	0.13	5774	X-RAY DIFFRACTION	99.7866
2.787-3.411	0.15	265	0.132	4894	X-RAY DIFFRACTION	99.8645
3.411-4.819	0.16	173	0.133	3863	X-RAY DIFFRACTION	99.9257
4.819-49.495	0.173	134	0.177	2127	X-RAY DIFFRACTION	99.4721

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1893	-0.0296	0.0216	0.0591	0.0026	0.0629	0.0016	0.0161	0.0066	0.0107	0.0044	0.0068	0.0097	-0.0099	-0.006	0.0036	-0.0007	-0.0004	0.0065	0.0027	0.0088	-21.232	-31.9087	-6.5983
2	0.0886	0.0518	0.0826	0.0518	0.0164	0.1825	-0.0046	-0.0213	0.0089	-0.0022	-0.0033	-0.002	-0.0141	-0.029	0.0079	0.0066	0.0019	0.002	0.0097	-0.0058	0.0056	-7.5569	-25.537	21.106

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AAA	2 - 1601
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	BBB	2 - 901

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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