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万見
- PDB-6ypx: Human histidine triad nucleotide-binding protein 2 (hHINT2) refin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ypx
タイトルHuman histidine triad nucleotide-binding protein 2 (hHINT2) refined to 2.11 A in C2221 space group
要素Histidine triad nucleotide-binding protein 2, mitochondrial
キーワードHYDROLASE / Nucleotide binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of peptidyl-lysine acetylation / 加水分解酵素; リン-窒素結合に作用; - / adenosine 5'-monophosphoramidase activity / steroid biosynthetic process / RHOD GTPase cycle / lipid catabolic process / mitochondrial outer membrane / hydrolase activity / nucleotide binding / apoptotic process ...negative regulation of peptidyl-lysine acetylation / 加水分解酵素; リン-窒素結合に作用; - / adenosine 5'-monophosphoramidase activity / steroid biosynthetic process / RHOD GTPase cycle / lipid catabolic process / mitochondrial outer membrane / hydrolase activity / nucleotide binding / apoptotic process / mitochondrion / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Histidine triad (HIT) protein / HIT domain / Histidine triad, conserved site / HIT domain signature. / HIT domain profile. / HIT-like domain / HIT-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
CACODYLATE ION / Adenosine 5'-monophosphoramidase HINT2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.11 Å
データ登録者Dolot, R.D. / Wlodarczyk, A. / Bujacz, G.D. / Nawrot, B.C.
資金援助 ポーランド, 1件
組織認可番号国
Ministry of Science and Higher Education (Poland)N N204 516139 ポーランド
引用ジャーナル: Biochim Biophys Acta Gen Subj / 年: 2021
タイトル: Biochemical, crystallographic and biophysical characterization of histidine triad nucleotide-binding protein 2 with different ligands including a non-hydrolyzable analog of Ap4A.
著者: Dolot, R. / Krakowiak, A. / Kaczmarek, R. / Wlodarczyk, A. / Pichlak, M. / Nawrot, B.
履歴
登録2020年4月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え2020年4月29日ID: 4NJZ
改定 1.02020年4月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年11月10日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / pdbx_database_proc / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AAA: Histidine triad nucleotide-binding protein 2, mitochondrial
BBB: Histidine triad nucleotide-binding protein 2, mitochondrial
CCC: Histidine triad nucleotide-binding protein 2, mitochondrial
DDD: Histidine triad nucleotide-binding protein 2, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,23910
ポリマ－68,7354
非ポリマー5046
水12,142674
1
AAA: Histidine triad nucleotide-binding protein 2, mitochondrial
BBB: Histidine triad nucleotide-binding protein 2, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,5974
ポリマ－34,3672
非ポリマー2292
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4590 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area9690 Å2
手法PISA
2
CCC: Histidine triad nucleotide-binding protein 2, mitochondrial
DDD: Histidine triad nucleotide-binding protein 2, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,6436
ポリマ－34,3672
非ポリマー2754
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4680 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area9780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)138.411, 153.992, 74.785
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11AAA-350-

HOH

21AAA-449-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11Chains AAA BBB
22Chains AAA CCC
33Chains AAA DDD
44Chains BBB CCC
55Chains BBB DDD
66Chains CCC DDD

NCSアンサンブル:
ID詳細
6Chains CCC DDD
1Chains AAA BBB
2Chains AAA CCC
3Chains AAA DDD
4Chains BBB CCC
5Chains BBB DDD

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要素

#1: タンパク質
Histidine triad nucleotide-binding protein 2, mitochondrial / HINT-2 / HINT-3 / HIT-17kDa / PKCI-1-related HIT protein


分子量: 17183.725 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HINT2 / プラスミド: pHAT2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9BX68, 加水分解酵素
#2: 化合物 ChemComp-CAC / CACODYLATE ION / dimethylarsinate / ジメチルアルシン酸アニオン


分子量: 136.989 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C2H6AsO2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 674 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.15 % / 解説: rectangular plates
結晶化温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2 M sodium citrate, 0.1 M sodium cacodylate, 30 % 2-propanol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.9669 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年7月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9669 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.11→102.94 Å / Num. obs: 46164 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 12.2 % / Biso Wilson estimate: 15.482 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.22 / Rpim(I) all: 0.094 / Rrim(I) all: 0.24 / Χ2: 1 / Net I/σ(I): 11.3
反射 シェル解像度: 2.11→2.17 Å / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 1.041 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 3623 / CC1/2: 0.697 / Rpim(I) all: 0.568 / Rrim(I) all: 1.194 / Χ2: 0.96 / % possible all: 96.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
XDSデータ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
MOLREP11.2.05位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3TW2

3tw2


解像度: 2.11→102.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / SU B: 3.712 / SU ML: 0.092 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.129 / ESU R Free: 0.125 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1845 2349 5.091 %
Rwork0.1476 --
all0.149 --
obs-46144 99.59 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 25.345 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.105 Å20 Å2-0 Å2
2--1.922 Å20 Å2
3----2.027 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.11→102.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3532 0 24 674 4230
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0133755
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0173572
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6131.645123
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4071.5798326
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5925473
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg42.52823.228189
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.28515633
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.9161520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.2470
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.024243
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02709
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2290.2800
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1840.23465
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1580.21872
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0810.21820
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1850.2509
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1360.29
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2070.246
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.2010.226
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.0212.3621868
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.0182.3611866
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.9883.5312349
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.9883.5312349
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.2422.6491887
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.2422.6511888
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.9363.8642774
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.9353.8662775
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it7.57531.5544492
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other7.25629.9874268
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_10.0920.053545
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_20.0810.053539
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_30.0850.053567
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_40.0710.053583
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_50.0830.053536
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_60.0860.053534
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
2.11-2.1650.2711770.2530870.25133940.8360.83696.16970.229
2.165-2.2240.2481750.21430610.21632790.8770.89598.68860.19
2.224-2.2890.2341570.19530470.19732110.8970.91699.7820.167
2.289-2.3590.21610.16729660.16831270.9320.941000.142
2.359-2.4360.2011290.17128790.17230080.9310.9421000.142
2.436-2.5220.2121420.16128180.16429610.9270.94499.96620.135
2.522-2.6170.2241690.16326510.16728200.9290.9461000.134
2.617-2.7240.2351300.15926110.16227420.9340.95399.96350.131
2.724-2.8450.1931260.14924810.15126070.9470.961000.125
2.845-2.9830.1771370.14523770.14725140.9590.9651000.122
2.983-3.1450.2021210.14622710.14923920.9480.9631000.125
3.145-3.3350.1651060.13221570.13422630.9620.9721000.118
3.335-3.5650.151140.1220340.12121490.9740.9899.95350.11
3.565-3.850.1471110.11518780.11619890.9740.9811000.107
3.85-4.2170.14930.10417340.10618280.9770.98399.94530.098
4.217-4.7140.141840.10116010.10316850.9790.9851000.096
4.714-5.4420.126770.11114060.11214840.9840.98599.93260.105
5.442-6.660.153660.14112040.14112700.9770.9751000.13
6.66-9.3990.201500.1429620.14510120.9610.9791000.136
9.399-102.940.253240.2255700.2275980.9310.94799.33110.228

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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