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万見
- PDB-6ypp: Crystal structure of the cAMP-dependent protein kinase A cocrysta... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ypp
タイトルCrystal structure of the cAMP-dependent protein kinase A cocrystallized with PKI (5-24). Soaking of aminofasudil and displacing it with the fragment isoquinoline.
要素
  • cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha
  • cAMP-dependent protein kinase inhibitor alpha
キーワードTRANSFERASE / phosphotransferase / signalling pathways / glycogen metabolism / serine/threonine kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of cAMP/PKA signal transduction / cAMP-dependent protein kinase inhibitor activity / cAMP-dependent protein kinase / regulation of protein processing / cAMP-dependent protein kinase activity / protein localization to lipid droplet / regulation of bicellular tight junction assembly / cAMP-dependent protein kinase complex / cellular response to parathyroid hormone stimulus / negative regulation of protein import into nucleus ...negative regulation of cAMP/PKA signal transduction / cAMP-dependent protein kinase inhibitor activity / cAMP-dependent protein kinase / regulation of protein processing / cAMP-dependent protein kinase activity / protein localization to lipid droplet / regulation of bicellular tight junction assembly / cAMP-dependent protein kinase complex / cellular response to parathyroid hormone stimulus / negative regulation of protein import into nucleus / regulation of osteoblast differentiation / cellular response to cold / sperm capacitation / negative regulation of glycolytic process through fructose-6-phosphate / ciliary base / protein kinase A regulatory subunit binding / protein kinase A catalytic subunit binding / intracellular potassium ion homeostasis / mesoderm formation / plasma membrane raft / axoneme / regulation of proteasomal protein catabolic process / sperm flagellum / postsynaptic modulation of chemical synaptic transmission / regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / negative regulation of TORC1 signaling / positive regulation of gluconeogenesis / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / cellular response to glucagon stimulus / acrosomal vesicle / positive regulation of phagocytosis / protein export from nucleus / positive regulation of protein export from nucleus / negative regulation of smoothened signaling pathway / neural tube closure / neuromuscular junction / cellular response to glucose stimulus / positive regulation of cholesterol biosynthetic process / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of insulin secretion / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / mRNA processing / manganese ion binding / cellular response to heat / postsynapse / regulation of cell cycle / nuclear speck / protein domain specific binding / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / ubiquitin protein ligase binding / centrosome / protein kinase binding / perinuclear region of cytoplasm / glutamatergic synapse / magnesium ion binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
cAMP-dependent protein kinase inhibitor / cAMP-dependent protein kinase inhibitor / cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain ...cAMP-dependent protein kinase inhibitor / cAMP-dependent protein kinase inhibitor / cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ISOQUINOLINE / cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha / cAMP-dependent protein kinase inhibitor alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Oebbeke, M. / Gerber, H.-D. / Heine, A. / Klebe, G.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Fluorescence-based displacement experiments
著者: Oebbeke, M. / Hassaan, E. / Heine, A. / Klebe, G.
履歴
登録2020年4月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年4月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha
B: cAMP-dependent protein kinase inhibitor alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,4693
ポリマ－43,3402
非ポリマー1291
水3,369187
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1910 Å2
ΔGint6 kcal/mol
Surface area15270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.499, 71.658, 97.779
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha / PKA C-alpha


分子量: 41113.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
遺伝子: PRKACA / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P25321, cAMP-dependent protein kinase
#2: タンパク質・ペプチド cAMP-dependent protein kinase inhibitor alpha / PKI-alpha / cAMP-dependent protein kinase inhibitor / muscle/brain isoform


分子量: 2226.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P63248
#3: 化合物 ChemComp-ISQ / ISOQUINOLINE / イソキノリン


分子量: 129.159 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H7N / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: alkaloid*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 187 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.14 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.9
詳細: 0,2 mM PKA in 100 mM MES-BIS-Tris-Buffer, 1 mM dithiothreitol, 0.1 mM sodium EDTA, 75 mM LiCl, 0.2 mM Mega 8 and 23 % methanol (v/v) 0.003 mL drop volume, 0.5 mL reservoir volume Soaking of ...詳細: 0,2 mM PKA in 100 mM MES-BIS-Tris-Buffer, 1 mM dithiothreitol, 0.1 mM sodium EDTA, 75 mM LiCl, 0.2 mM Mega 8 and 23 % methanol (v/v) 0.003 mL drop volume, 0.5 mL reservoir volume Soaking of aminofasudil: in buffer with 10% of ligand in DMSO (50 mM stock) and 30% MPD Displacement with isoquinoline: in buffer with 10% of ligand in DMSO and 30% MPD

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.747→48.89 Å / Num. obs: 37708 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 21.94 Å2 / Rsym value: 0.047 / Net I/σ(I): 20.67
反射 シェル解像度: 1.75→1.85 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.56 / Num. unique obs: 5905 / Rsym value: 0.515

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
PHENIX1.17.1_3660精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6F14

6f14


解像度: 1.75→48.89 Å / SU ML: 0.1743 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.3249
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2029 1886 5 %
Rwork0.1774 --
obs0.1787 37708 98.88 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 25.62 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→48.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2813 0 10 187 3010
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00872911
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.91013952
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0539423
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061522
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.67951045
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.75-1.790.28511380.22722617X-RAY DIFFRACTION96.03
1.79-1.850.25371430.21392720X-RAY DIFFRACTION99.07
1.85-1.910.23251430.19942723X-RAY DIFFRACTION99.41
1.91-1.970.21951450.18512740X-RAY DIFFRACTION99.62
1.97-2.050.21821450.17272758X-RAY DIFFRACTION99.76
2.05-2.150.21191440.16472737X-RAY DIFFRACTION99.76
2.15-2.260.19291440.16252734X-RAY DIFFRACTION98.83
2.26-2.40.18821450.1542766X-RAY DIFFRACTION98.91
2.4-2.590.19161460.15982766X-RAY DIFFRACTION99.66
2.59-2.850.18441450.16682757X-RAY DIFFRACTION99.28
2.85-3.260.18851470.17242798X-RAY DIFFRACTION98.56
3.26-4.110.17421470.17042798X-RAY DIFFRACTION98.86
4.11-48.890.22621540.19642908X-RAY DIFFRACTION97.73
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.379930341489-0.467301018677-0.469390916642.767867376811.762961554051.973892341220.116952478618-0.02936522144450.0169171230893-0.104285622538-0.0869816576486-0.140303738755-0.1682015924360.09768719205240.006399216522770.17282933297-0.02695432397320.02354431141610.2302765317610.01509940469370.24187572944219.98672763416.279279717419.778912316
20.927406194911-0.129488000937-0.5676895330550.550107457580.3738071727361.214103067240.001388233001790.01251855285430.00492858535505-0.110489969546-0.0551476529246-0.05666502636950.0005890166033290.08246025671160.05765274871890.1673914200150.01522607050850.003447736531540.1497498415270.0003029515976790.19119196734412.04752741769.7966127097922.6281176848
31.70019299476-0.52702487364-0.01977583976852.1644883883-0.7081369253052.24967537035-0.00684079249214-0.1324641115550.02910715958240.1059030564170.05770380177950.145409888325-0.0368806607468-0.113327489968-0.05359459287070.119734165270.00949527245610.03288218239490.15533812224-0.006143035125150.157583732095-2.7575495891310.798994321637.2927277653
40.592340864096-0.317050783321-0.7309778769530.6436103494490.452693698261.14499263317-0.0619147828719-0.0130980968202-0.0477759479174-0.114318270285-0.03842033143480.02291285290670.01225157019080.1174196610190.1129298075830.175771488531-0.02259882096690.01098580053230.1722388345090.02037506369580.23469442790615.34161968514.8115010822520.4948137524
54.86667795391.35972101810.3762858923046.20577746639-1.656231650167.481330275340.306195221048-0.801276983579-0.3652046185520.573739559869-0.4562377400950.1062336350520.478446599713-0.6682996292810.1198446516730.398566482769-0.173545081059-0.00115032809680.389310901449-0.007478140480290.488172321024-7.48220489627-6.574588983633.2155999129
66.86181972003-1.943450401530.6214478793483.900231275961.509089204520.9282497910660.06699709727740.508507202013-0.510919037192-0.754272380978-0.0812769086682-0.00187060291396-0.0440544365249-0.0194816214610.07082332538880.414166700391-0.07074434331470.02421006067770.291475580748-0.009318732184680.26391309162-1.56503764211-0.46551677838223.5866036428
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 13 through 54 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 55 through 198 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 199 through 297 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 298 through 350 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 6 through 13 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 14 through 21 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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