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万見
- PDB-6yp1: HiCel7B unliganded -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6yp1
タイトルHiCel7B unliganded
要素Endoglucanase 1
キーワードHYDROLASE / cellulase / glycosidase / GH7
機能・相同性
機能・相同性情報


cellulase / cellulase activity / cellulose catabolic process / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase, family 7 / Glycoside hydrolase family 7, catalytic domain superfamily / Glycosyl hydrolase family 7 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETAMIDE / Endoglucanase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Humicola insolens (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.2 Å
データ登録者McGregor, N.G.S. / Davies, G.J.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/R001162/1 英国
引用ジャーナル: Rsc Chem Biol / 年: 2020
タイトル: Glycosylated cyclophellitol-derived activity-based probes and inhibitors for cellulases.
著者: de Boer, C. / McGregor, N.G.S. / Peterse, E. / Schroder, S.P. / Florea, B.I. / Jiang, J. / Reijngoud, J. / Ram, A.F.J. / van Wezel, G.P. / van der Marel, G.A. / Codee, J.D.C. / Overkleeft, H.S. / Davies, G.J.
履歴
登録2020年4月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年9月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02021年10月13日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / citation / citation_author / database_2 / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / diffrn_source / entity / pdbx_database_proc / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_seq_map_depositor_info / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_mod_residue / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_symm_contact / struct_asym / struct_conn / struct_sheet / struct_sheet_order / struct_sheet_range
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.group_PDB / _atom_site.label_alt_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.label_seq_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.pdbx_auth_asym_id / _atom_site.pdbx_auth_atom_name / _atom_site.pdbx_auth_comp_id / _atom_site.pdbx_auth_seq_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_PDB_atom_name / _atom_site_anisotrop.pdbx_PDB_residue_name / _atom_site_anisotrop.pdbx_PDB_residue_no / _atom_site_anisotrop.pdbx_PDB_strand_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_alt_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_seq_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_seq_num / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_special_symmetry.auth_seq_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_sheet.number_strands
改定 2.12024年1月24日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 2.22024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AAA: Endoglucanase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,43718
ポリマ－44,6101
非ポリマー1,82717
水7,044391
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2740 Å2
ΔGint-66 kcal/mol
Surface area16860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.310, 92.310, 100.810
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number94
Space group name H-MP42212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11AAA-706-

ACM

21AAA-706-

ACM

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 3分子 AAA

#1: タンパク質 Endoglucanase 1 / Cellulase 1 / Endo-1 / 4-beta-glucanase 1 / Endoglucanase I


分子量: 44610.145 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Humicola insolens (菌類) / 遺伝子: CEL7B / 発現宿主: Aspergillus oryzae (米麹菌) / 参照: UniProt: P56680, cellulase
#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 406分子

#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-ACM / ACETAMIDE / アセトアミド


分子量: 59.067 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H5NO
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 391 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.9 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 12 mg/mL protein in 20 mM pH 8 Tris-HCl mixed 2:1 with 0.15 M sodium citrate, 0.8 M ammonium sulfate, 1 M lithium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9762 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年8月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.2→46.198 Å / Num. obs: 135228 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 14 % / Rrim(I) all: 0.053 / Net I/σ(I): 26.7
反射 シェル解像度: 1.2→1.22 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique obs: 9151 / Rrim(I) all: 0.483 / % possible all: 96.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2A39

2a39


解像度: 1.2→46.198 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.981 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.977 / WRfactor Rfree: 0.137 / WRfactor Rwork: 0.118 / SU B: 0.684 / SU ML: 0.014 / Average fsc free: 0.9788 / Average fsc work: 0.9823 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.028 / ESU R Free: 0.028 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1353 6795 5.025 %
Rwork0.1167 128433 -
all0.118 --
obs-135228 99.683 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 12.949 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.352 Å20 Å2-0 Å2
2--0.352 Å2-0 Å2
3----0.704 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.2→46.198 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3073 0 115 391 3579
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0240.0133344
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.0172879
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.321.6644551
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.7181.5866743
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7635419
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.36723.193166
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.71515517
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.4441515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1310.2415
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.023734
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02678
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2570.2629
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.2110.22726
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1810.21606
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0980.21512
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2060.2252
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.1360.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.3260.215
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.230.264
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.2630.229
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.181.0931625
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.181.0941626
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.4851.6522034
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.4851.6532035
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.9891.4571719
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.991.4571718
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.6052.0692507
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.6042.0692508
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it3.81814.6453745
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other3.63214.1083658
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr8.18636223
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.2-1.2310.2485020.2199151X-RAY DIFFRACTION97.0639
1.231-1.2650.1675060.1549105X-RAY DIFFRACTION99.7923
1.265-1.3020.1544760.1228914X-RAY DIFFRACTION99.883
1.302-1.3420.1374320.18706X-RAY DIFFRACTION99.9562
1.342-1.3860.1144420.0848415X-RAY DIFFRACTION99.9323
1.386-1.4340.1094300.088119X-RAY DIFFRACTION99.9299
1.434-1.4880.1074090.0817901X-RAY DIFFRACTION99.9399
1.488-1.5490.1073660.0817599X-RAY DIFFRACTION99.8997
1.549-1.6180.1084060.0847281X-RAY DIFFRACTION100
1.618-1.6970.1033960.0876943X-RAY DIFFRACTION99.9591
1.697-1.7890.1163480.0896641X-RAY DIFFRACTION99.9428
1.789-1.8970.1093630.0926295X-RAY DIFFRACTION99.94
1.897-2.0280.1193340.0995877X-RAY DIFFRACTION99.9356
2.028-2.1910.1142700.1045579X-RAY DIFFRACTION99.9658
2.191-2.3990.1182570.1085137X-RAY DIFFRACTION99.9815
2.399-2.6820.152460.1194648X-RAY DIFFRACTION99.9387
2.682-3.0970.1561920.1364166X-RAY DIFFRACTION99.9771
3.097-3.7920.1471900.1363520X-RAY DIFFRACTION99.9461
3.792-5.3590.1521450.1392792X-RAY DIFFRACTION99.898
5.359-46.1980.235850.2321644X-RAY DIFFRACTION99.5394

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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