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万見
- PDB-6yoz: HiCel7B labelled with b-1,4-glucosyl cyclophellitol -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6yoz
タイトルHiCel7B labelled with b-1,4-glucosyl cyclophellitol
要素Endoglucanase 1
キーワードHYDROLASE / cellulase / glycosidase / cyclophellitol / GH7
機能・相同性
機能・相同性情報


cellulase / cellulase activity / cellulose catabolic process / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase, family 7 / Glycoside hydrolase family 7, catalytic domain superfamily / Glycosyl hydrolase family 7 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETAMIDE / beta-D-glucopyranose / Chem-YLL / Endoglucanase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Humicola insolens (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.88 Å
データ登録者McGregor, N.G.S. / Davies, G.J.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/R001162/1 英国
引用ジャーナル: Rsc Chem Biol / 年: 2020
タイトル: Glycosylated cyclophellitol-derived activity-based probes and inhibitors for cellulases.
著者: de Boer, C. / McGregor, N.G.S. / Peterse, E. / Schroder, S.P. / Florea, B.I. / Jiang, J. / Reijngoud, J. / Ram, A.F.J. / van Wezel, G.P. / van der Marel, G.A. / Codee, J.D.C. / Overkleeft, H.S. / Davies, G.J.
履歴
登録2020年4月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年9月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年9月29日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / diffrn_source / pdbx_database_proc / pdbx_seq_map_depositor_info
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code
改定 1.22021年10月13日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_data_processing_status ...entity_src_gen / pdbx_data_processing_status / pdbx_seq_map_depositor_info / pdbx_struct_mod_residue / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _entity_src_gen.gene_src_common_name / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code ..._entity_src_gen.gene_src_common_name / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.seq_align_beg
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AAA: Endoglucanase 1
BBB: Endoglucanase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,85926
ポリマ－88,7382
非ポリマー3,12224
水9,350519
1
AAA: Endoglucanase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,90913
ポリマ－44,3691
非ポリマー1,54012
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
BBB: Endoglucanase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,95013
ポリマ－44,3691
非ポリマー1,58112
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)102.000, 102.000, 278.850
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number91
Space group name H-MP4122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11AAA-511-

ACM

21BBB-790-

HOH

31BBB-846-

HOH

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AAABBB

#1: タンパク質 Endoglucanase 1 / Cellulase 1 / Endo-1 / 4-beta-glucanase 1 / Endoglucanase I


分子量: 44368.855 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Humicola insolens (菌類) / 遺伝子: CEL7B / 発現宿主: Aspergillus oryzae (米麹菌) / 参照: UniProt: P56680, cellulase

-
糖 , 2種, 6分子

#2: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 糖 ChemComp-BGC / beta-D-glucopyranose / beta-D-glucose / D-glucose / glucose / β-D-グルコピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DGlcpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-glucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 5種, 537分子

#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-YLL / (1R,2S,3S,4S,5R,6R)-6-(HYDROXYMETHYL)CYCLOHEXANE-1,2,3,4,5-PENTOL


分子量: 194.182 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H14O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 化合物 ChemComp-ACM / ACETAMIDE / アセトアミド


分子量: 59.067 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H5NO
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 519 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.99 % / 解説: tetragonal bipyramidal
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 12 mg/mL protein in 20 mM pH 8 Tris buffer mixed 2:1 with 0.15 M sodium citrate, 0.8 M ammonium sulfate, 1 M lithium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9762 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年8月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.88→57.621 Å / Num. obs: 120246 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 16.2 % / CC1/2: 1 / Rrim(I) all: 0.177 / Net I/σ(I): 14.2
反射 シェル解像度: 1.88→1.91 Å / 冗長度: 16.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 8348 / CC1/2: 0.5 / Rrim(I) all: 2.978 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2A39

2a39


解像度: 1.88→57.621 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.108 / ESU R Free: 0.11 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2362 5995 4.986 %Random selection
Rwork0.2018 ---
all0.203 ---
obs-120246 99.947 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 33.48 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.655 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.655 Å2-0 Å2
3----1.31 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.88→57.621 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6100 0 184 519 6803
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0136467
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0360.0175543
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7861.6698799
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.4571.58812942
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.375800
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.78222.825315
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.39215964
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.7021530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.2820
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.027250
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0130.021334
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2260.21260
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.2160.25266
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.170.23084
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0830.22648
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1640.2433
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.0310.23
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.6440.217
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2620.253
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1910.214
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.0893.4333194
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.0813.4323193
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.8875.1373990
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.8915.1373991
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.9383.7433271
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.9383.7423268
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.5165.4934804
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.5175.4924799
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it6.46441.2277191
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other6.40340.8637086
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.88-1.9290.4074330.3658348X-RAY DIFFRACTION99.8635
1.929-1.9820.3554000.3518122X-RAY DIFFRACTION100
1.982-2.0390.3434360.3267906X-RAY DIFFRACTION100
2.039-2.1020.3594000.3157653X-RAY DIFFRACTION99.9876
2.102-2.1710.3194040.3027473X-RAY DIFFRACTION99.9619
2.171-2.2470.3323560.2917198X-RAY DIFFRACTION99.9603
2.247-2.3320.33690.2516999X-RAY DIFFRACTION100
2.332-2.4270.2743380.2316732X-RAY DIFFRACTION100
2.427-2.5350.2493770.2116435X-RAY DIFFRACTION100
2.535-2.6590.2343320.1966161X-RAY DIFFRACTION100
2.659-2.8020.243260.2015877X-RAY DIFFRACTION100
2.802-2.9720.2352710.195613X-RAY DIFFRACTION100
2.972-3.1780.2352820.1925263X-RAY DIFFRACTION100
3.178-3.4320.2292540.1844942X-RAY DIFFRACTION100
3.432-3.760.2022470.1684539X-RAY DIFFRACTION100
3.76-4.2030.1672230.1434128X-RAY DIFFRACTION100
4.203-4.8530.1611830.1283724X-RAY DIFFRACTION100
4.853-5.9440.2211590.1823148X-RAY DIFFRACTION100
5.944-8.4040.2011280.2032507X-RAY DIFFRACTION100
8.404-57.6210.235770.2061484X-RAY DIFFRACTION99.4268

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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