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- PDB-6yoh: LecA from Pseudomonas aeruginosa in complex with a catechol CAS n... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6yoh
タイトルLecA from Pseudomonas aeruginosa in complex with a catechol CAS no. 61445-50-9
要素PA-I galactophilic lectin
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / Non-carbohydrate glycomimetics / PAINS / lectin / catechols
機能・相同性
機能・相同性情報


heterophilic cell-cell adhesion / carbohydrate binding / periplasmic space / cell surface / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
PA-IL-like / PA-IL-like protein / Galactose-binding-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-P4H / PA-I galactophilic lectin
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.84 Å
データ登録者Kuhaudomlarp, S. / Imberty, A. / Titz, A. / Varrot, A.
資金援助 フランス, ドイツ, 6件
組織認可番号国
French National Research AgencyANR-AAPG-2017 フランス
French National Research AgencyANR-17-CE11-0048 フランス
German Research Foundation (DFG)Ti756/5-1 ドイツ
German Research Foundation (DFG)RA1944/7-1 ドイツ
French National Research AgencyANR-17-EURE-0003 フランス
French National Research AgencyANR-15-IDEX02 フランス
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2020
タイトル: Non-Carbohydrate Glycomimetics as Inhibitors of Calcium(II)-binding Lectins.
著者: Kuhaudomlarp, S. / Siebs, E. / Shanina, E. / Topin, J. / Joachim, I. / da Silva Figueiredo Celestino Gomes, P. / Varrot, A. / Rognan, D. / Rademacher, C. / Imberty, A. / Titz, A.
履歴
登録2020年4月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年2月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PA-I galactophilic lectin
B: PA-I galactophilic lectin
C: PA-I galactophilic lectin
D: PA-I galactophilic lectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,98011
ポリマ－51,0814
非ポリマー8997
水4,396244
1
A: PA-I galactophilic lectin
D: PA-I galactophilic lectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,1136
ポリマ－25,5402
非ポリマー5734
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2150 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area10440 Å2
手法PISA
2
B: PA-I galactophilic lectin
C: PA-I galactophilic lectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,8675
ポリマ－25,5402
非ポリマー3263
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2160 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area10520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.222, 76.066, 107.148
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-303-

HOH

21C-324-

HOH

31C-331-

HOH

41D-331-

HOH

51D-352-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: SER / End label comp-ID: SER / Refine code: _ / Auth seq-ID: 1 - 121 / Label seq-ID: 1 - 121

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
21BB
12AA
22CC
13AA
23DD
14BB
24CC
15BB
25DD
16CC
26DD

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
PA-I galactophilic lectin / PA-IL / Galactose-binding lectin


分子量: 12770.137 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
遺伝子: lecA, pa1L, PA2570 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q05097
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-P4H / [2,4-bis(oxidanyl)phenyl]-[3,4-bis(oxidanyl)phenyl]methanone


分子量: 246.215 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H10O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 244 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.06 %
結晶化温度: 292.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 20% PEG6000, 100 mM sodium acetate pH 4.5, 1 M LiCl, 1% DMSO mixed in 1:1 ratio with 10mg/ml of LecA in water containing 100 uM CaCl2. The mixture was deposited onto dried catechol compound for co-crystallisation

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9786 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.84→48.22 Å / Num. obs: 35137 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.4 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Rpim(I) all: 0.019 / Rrim(I) all: 0.071 / Net I/σ(I): 23.9 / Num. measured all: 472163 / Scaling rejects: 1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.84-1.8813.10.4692750421000.9430.1330.4885.497.9
9-48.2211.30.03415136610.0090.03150.699.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimless0.7.2データスケーリング
REFMAC5.8.0258精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1OKO

1oko


解像度: 1.84→44.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 3.076 / SU ML: 0.094 / SU R Cruickshank DPI: 0.1703 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.17 / ESU R Free: 0.145
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2255 1776 5.1 %RANDOM
Rwork0.1929 ---
obs0.1945 33319 99.82 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 75.33 Å2 / Biso mean: 21.196 Å2 / Biso min: 8.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.43 Å2-0 Å20 Å2
2--0.71 Å2-0 Å2
3----0.28 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.84→44.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3578 0 58 250 3886
Biso mean--38.44 25.85 -
残基数----484
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0133772
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0173244
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5451.6335174
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4591.5727548
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0375492
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.50124.97167
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.73615511
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.038158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0720.2490
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.024430
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02758
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A36870.07
12B36870.07
21A36460.09
22C36460.09
31A36020.09
32D36020.09
41B36390.09
42C36390.09
51B35800.09
52D35800.09
61C35980.09
62D35980.09
LS精密化 シェル解像度: 1.84→1.885 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.26 121 -
Rwork0.232 2380 -
obs--98.04 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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