PDB-6ynn: Crystal structure of YTHDC1 with compound DHU_DC1_135

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ynn

タイトル

Crystal structure of YTHDC1 with compound DHU_DC1_135

要素

YTHDC1

キーワード

RNA BINDING PROTEIN / YTHDC1 / m6A / complex / inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

primary follicle stage / mRNA alternative polyadenylation / dosage compensation by inactivation of X chromosome / mRNA splice site recognition / N6-methyladenosine-containing RNA reader activity / regulation of mRNA splicing, via spliceosome / post-transcriptional regulation of gene expression / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / mRNA export from nucleus / mRNA splicing, via spliceosome ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.2 Å

データ登録者

Bedi, R.K. / Huang, D. / Wiedmer, L. / Caflisch, A.

資金援助

スイス, 1件

引用

ジャーナル: J Chem Theory Comput / 年: 2021
タイトル: Atomistic and Thermodynamic Analysis of N6-Methyladenosine (m 6 A) Recognition by the Reader Domain of YTHDC1.
著者: Li, Y. / Bedi, R.K. / Wiedmer, L. / Sun, X. / Huang, D. / Caflisch, A.

履歴

登録	2020年4月14日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年7月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年1月13日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.year
改定 1.2	2021年3月31日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.3	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ynn.cif.gz	119.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ynn.ent.gz	72.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ynn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6ynn_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6ynn_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	6ynn_validation.xml.gz	23.3 KB	表示
CIF形式データ	6ynn_validation.cif.gz	35.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yn/6ynn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yn/6ynn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6ynoC 6zcmC 6zcnC 6zd3C 6zd4C 6zd5C 6zd7C 6zd8C 6zd9C 6zdaC 4r3hS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6yni-1 6szx-1 6ym7-1 6t04-2 6yki-2 6yno-2 6yke-2 6sz7-1 6zcn-1 6ym2-1 6szn-1 6zda-2 6t0x-1 6t01-1 6ykj-2 6syz-2 6ynk-2 6zd4-2 6ykz-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: YTHDC1

B: YTHDC1

ヘテロ分子

43.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: YTHDC1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
21.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: YTHDC1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
21.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	39.800, 103.810, 42.060
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 104.470, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	YTHDC1 分子量: 20967.160 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q96MU7
#2: 化合物	ChemComp-P0B / 6-[[(2-chloranyl-6-fluoranyl-phenyl)methyl-methyl-amino]methyl]-1~{H}-pyrimidine-2,4-dione 分子量: 297.713 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₃H₁₃ClFN₃O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 625 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.01 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.69 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 25% PEG3350, 0.2M Ammonium Sulphate, 0.1M bis-tris, pH 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.2→40.75 Å / Num. obs: 101872 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.33 % / B_iso Wilson estimate: 12.09 Å² / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 12.56
反射シェル	解像度: 1.2→1.27 Å / Num. unique obs: 16196 / CC_1/2: 0.61

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
PHASER		位相決定
PHENIX	1.17.1_3660	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4r3h

4r3h

解像度: 1.2→40.73 Å / SU ML: 0.139 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.6691

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.214	5081	5 %
R_work	0.1927	-	-
obs	0.1938	101607	99.15 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.21 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.2→40.73 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2549	0	75	625	3249

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0052	2778
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.7771	3786
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0782	406
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0049	471
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.2267	381

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.2-1.22	0.3252	153	0.3235	2907	X-RAY DIFFRACTION	90.48
1.22-1.23	0.322	167	0.3109	3176	X-RAY DIFFRACTION	99.23
1.23-1.24	0.3303	172	0.3149	3264	X-RAY DIFFRACTION	98.93
1.24-1.26	0.3006	166	0.2969	3152	X-RAY DIFFRACTION	99.13
1.26-1.28	0.2795	172	0.2876	3264	X-RAY DIFFRACTION	99.31
1.28-1.29	0.3552	167	0.2808	3188	X-RAY DIFFRACTION	99.23
1.29-1.31	0.2831	170	0.2773	3216	X-RAY DIFFRACTION	99.12
1.31-1.33	0.3003	169	0.2718	3212	X-RAY DIFFRACTION	99.38
1.33-1.35	0.2986	170	0.2585	3234	X-RAY DIFFRACTION	99.18
1.35-1.38	0.2565	169	0.2491	3199	X-RAY DIFFRACTION	99.2
1.38-1.4	0.2471	169	0.2351	3210	X-RAY DIFFRACTION	99.5
1.4-1.42	0.2408	169	0.2367	3229	X-RAY DIFFRACTION	99.36
1.42-1.45	0.2458	170	0.2345	3225	X-RAY DIFFRACTION	99.53
1.45-1.48	0.2456	171	0.2307	3236	X-RAY DIFFRACTION	99.45
1.48-1.51	0.2363	169	0.2141	3214	X-RAY DIFFRACTION	99.35
1.51-1.55	0.2231	169	0.2047	3215	X-RAY DIFFRACTION	99.47
1.55-1.59	0.228	171	0.1983	3243	X-RAY DIFFRACTION	99.8
1.59-1.63	0.1875	170	0.1956	3224	X-RAY DIFFRACTION	99.44
1.63-1.68	0.224	171	0.1889	3247	X-RAY DIFFRACTION	99.65
1.68-1.73	0.2181	170	0.1956	3233	X-RAY DIFFRACTION	99.68
1.73-1.79	0.1998	169	0.1977	3220	X-RAY DIFFRACTION	99.62
1.79-1.87	0.1951	170	0.2001	3221	X-RAY DIFFRACTION	99.68
1.87-1.95	0.2196	171	0.1878	3241	X-RAY DIFFRACTION	99.65
1.95-2.05	0.1889	170	0.1824	3236	X-RAY DIFFRACTION	99.68
2.05-2.18	0.2023	171	0.1778	3243	X-RAY DIFFRACTION	99.48
2.18-2.35	0.2099	171	0.1856	3253	X-RAY DIFFRACTION	99.68
2.35-2.59	0.2115	168	0.183	3220	X-RAY DIFFRACTION	99.68
2.59-2.96	0.1986	173	0.1777	3274	X-RAY DIFFRACTION	99.65
2.96-3.73	0.1858	171	0.1551	3237	X-RAY DIFFRACTION	99.45
3.73-40.73	0.1871	173	0.1576	3293	X-RAY DIFFRACTION	99.48

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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