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Yorodumi- PDB-6yn1: Crystal structure of histone chaperone APLF acidic domain bound t... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 6yn1 | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal structure of histone chaperone APLF acidic domain bound to the histone H2A-H2B-H3-H4 octamer | ||||||
Components |
| ||||||
Keywords | CHAPERONE / Octamer / aplf / histone | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationADP-D-ribose modification-dependent protein binding / regulation of isotype switching / poly-ADP-D-ribose binding / histone chaperone activity / regulation of epithelial to mesenchymal transition / single strand break repair / DNA repair-dependent chromatin remodeling / site of DNA damage / protein localization to chromatin / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity ...ADP-D-ribose modification-dependent protein binding / regulation of isotype switching / poly-ADP-D-ribose binding / histone chaperone activity / regulation of epithelial to mesenchymal transition / single strand break repair / DNA repair-dependent chromatin remodeling / site of DNA damage / protein localization to chromatin / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / 3'-5' exonuclease activity / embryo implantation / protein folding chaperone / DNA endonuclease activity / double-strand break repair via nonhomologous end joining / structural constituent of chromatin / nucleosome / heterochromatin formation / double-strand break repair / nucleosome assembly / site of double-strand break / histone binding / Hydrolases; Acting on ester bonds / protein heterodimerization activity / DNA repair / nucleotide binding / DNA damage response / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.35 Å | ||||||
Authors | Corbeski, I. / Guo, X. / Van Ingen, H. / Sixma, T.K. | ||||||
Citation | Journal: Sci Adv / Year: 2022Title: Chaperoning of the histone octamer by the acidic domain of DNA repair factor APLF. Authors: Corbeski, I. / Guo, X. / Eckhardt, B.V. / Fasci, D. / Wiegant, W. / Graewert, M.A. / Vreeken, K. / Wienk, H. / Svergun, D.I. / Heck, A.J.R. / van Attikum, H. / Boelens, R. / Sixma, T.K. / ...Authors: Corbeski, I. / Guo, X. / Eckhardt, B.V. / Fasci, D. / Wiegant, W. / Graewert, M.A. / Vreeken, K. / Wienk, H. / Svergun, D.I. / Heck, A.J.R. / van Attikum, H. / Boelens, R. / Sixma, T.K. / Mattiroli, F. / van Ingen, H. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 6yn1.cif.gz | 1.4 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb6yn1.ent.gz | 1 MB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 6yn1.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 6yn1_validation.pdf.gz | 740.4 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 6yn1_full_validation.pdf.gz | 768.7 KB | Display | |
| Data in XML | 6yn1_validation.xml.gz | 104.4 KB | Display | |
| Data in CIF | 6yn1_validation.cif.gz | 144 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yn/6yn1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yn/6yn1 | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 2hioS S: Starting model for refinement |
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| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 3 | ![]()
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| 4 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
-Protein , 4 types, 32 molecules AFKPUZejBGLQVafkCHMRWbglDINSXchm
| #1: Protein | Mass: 11754.768 Da / Num. of mol.: 8 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() #2: Protein | Mass: 11311.154 Da / Num. of mol.: 8 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() #3: Protein | Mass: 11633.632 Da / Num. of mol.: 8 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() #4: Protein | Mass: 9540.251 Da / Num. of mol.: 8 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() |
|---|
-Protein/peptide , 1 types, 8 molecules EJOTYdin
| #5: Protein/peptide | Mass: 4995.819 Da / Num. of mol.: 8 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: APLF, C2orf13, PALF, XIP1 / Production host: ![]() References: UniProt: Q8IW19, DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase |
|---|
-Non-polymers , 3 types, 430 molecules 




| #6: Chemical | ChemComp-GOL / #7: Chemical | ChemComp-CL / | #8: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Details
| Has ligand of interest | N |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.58 Å3/Da / Density % sol: 52.41 % / Description: 150um x 150um x 150um |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 0.1 M sodium cacodylate pH6.5, 1.0 M tri-sodium citrate |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: NSLS / Beamline: X6A / Wavelength: 1 Å |
| Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M-F / Detector: PIXEL / Date: Mar 16, 2020 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.2→20 Å / Num. obs: 206799 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 49 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.139 / Rpim(I) all: 0.058 / Rrim(I) all: 0.151 / Net I/σ(I): 11.1 |
| Reflection shell | Resolution: 2.2→2.33 Å / Rmerge(I) obs: 3.2 / Mean I/σ(I) obs: 0.54 / Num. unique obs: 23719 / CC1/2: 0.17 / Rrim(I) all: 3.4 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 2HIO Resolution: 2.35→19.99 Å / SU ML: 0.3289 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 25.6704 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 62.33 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.35→19.99 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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