PDB-6ymh: X-ray structure of the K72I, Y129F, R133L, H199A quadruple mutant...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ymh

タイトル

X-ray structure of the K72I, Y129F, R133L, H199A quadruple mutant of PNP-oxidase from E. coli in complex with PLP

要素

Pyridoxine/pyridoxamine 5'-phosphate oxidase

キーワード

FLAVOPROTEIN / Pyridoxal 5'-phosphate / Vitamine B6 metabolism / oxidase

機能・相同性

機能・相同性情報

'de novo' pyridoxal 5'-phosphate biosynthetic process / pyridoxal 5'-phosphate synthase / pyridoxamine phosphate oxidase activity / riboflavin binding / pyridoxal phosphate biosynthetic process / pyridoxine biosynthetic process / phosphate ion binding / pyridoxal phosphate binding / FMN binding / oxidoreductase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.417 Å

データ登録者

Battista, T. / Sularea, M. / Barile, A. / Fiorillo, A. / Tramonti, A. / Ilari, A.

資金援助

イタリア, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2021
タイトル: Identification and characterization of the pyridoxal 5'-phosphate allosteric site in Escherichia coli pyridoxine 5'-phosphate oxidase.
著者: Barile, A. / Battista, T. / Fiorillo, A. / di Salvo, M.L. / Malatesta, F. / Tramonti, A. / Ilari, A. / Contestabile, R.

履歴

登録	2020年4月8日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年4月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年10月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / diffrn_source / entity / entity_src_gen / pdbx_database_proc / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity.pdbx_mutation / _entity_src_gen.gene_src_strain / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ymh.cif.gz	92.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ymh.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ymh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6ymh_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6ymh_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	6ymh_validation.xml.gz	16 KB	表示
CIF形式データ	6ymh_validation.cif.gz	20.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ym/6ymh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ym/6ymh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6ylzC 1g76S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5qjf-2 1z5v-d 5nqr-d 4jhu-d 3t6w-1 5nwh-d 4hbs-d 2dsd-d 2wge-d 6p9l-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: Pyridoxine/pyridoxamine 5'-phosphate oxidase

BBB: Pyridoxine/pyridoxamine 5'-phosphate oxidase

ヘテロ分子

52.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	54.164, 54.164, 271.968
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	169
Space group name H-M	P6₁

#1: タンパク質	Pyridoxine/pyridoxamine 5'-phosphate oxidase / PNP/PMP oxidase / PNPOx / Pyridoxal 5'-phosphate synthase 分子量: 25442.062 Da / 分子数: 2 / 変異: K72I, Y129F, R133L, H199A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 株: K12 / 遺伝子: pdxH, b1638, JW1630 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P0AFI7, UniProt: E2QMK2*PLUS, pyridoxal 5'-phosphate synthase
#2: 化合物	ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN 分子量: 456.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₁N₄O₉P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸分子量: 247.142 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₀NO₆P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 45 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.65 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 100 mM KPHO pH 7,5, 5 mM 2-mercaptoethanol, 150 mM NaCl

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.96828 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.96828 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.417→46.907 Å / Num. obs: 17206 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 20.1 % / CC_1/2: 0.999 / R_pim(I) all: 0.048 / R_rim(I) all: 0.217 / Net I/σ(I): 11.9
反射シェル	解像度: 2.417→2.459 Å / 冗長度: 17.2 % / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 898 / CC_1/2: 0.392 / R_pim(I) all: 0.875 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
autoPROC	1.0.5 (20190607)	データ収集
autoPROC	1.0.5 (20190607)	data processing
XDS	VERSION Mar 15, 2019 BUILT=20190315	データ削減
XDS	VERSION Mar 15, 2019 BUILT=20190315	データスケーリング
Aimless	Version 0.7.4	data processing
MOLREP		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1G76

1g76

解像度: 2.417→46.907 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.931 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.398 / ESU R Free: 0.274 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2588	800	4.654 %
R_work	0.1897	-	-
all	0.193	-	-
obs	-	17189	99.895 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 59.324 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.799 Å²	-0.9 Å²	0 Å²
2-	-	-1.799 Å²	-0 Å²
3-	-	-	5.836 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.417→46.907 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2925	0	83	45	3053

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.013	3084
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.034	0.017	2841
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.784	1.678	4180
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.237	1.594	6551
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.864	5	351
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.122	20.321	187
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.859	15	525
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.91	15	33
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.115	0.2	367
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	3402
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.006	0.02	720
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.181	0.2	572
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.196	0.2	2774
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.171	0.2	1445
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.078	0.2	1542
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.158	0.2	98
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.069	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.194	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.229	0.2	51
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.141	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.084	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.055	6.132	1416
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.053	6.131	1415
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.814	9.177	1763
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.814	9.178	1764
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.169	6.564	1668
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.163	6.562	1665
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.2	9.684	2417
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.199	9.685	2418
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.621	67.97	3597
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.621	67.98	3598

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.417-2.48	0.426	87	0.372	1196	0.375	1291	0.389	0.477	99.3803	0.373
2.48-2.547	0.364	45	0.339	1159	0.34	1211	0.556	0.625	99.422	0.342
2.547-2.621	0.331	53	0.314	1148	0.315	1203	0.654	0.731	99.8337	0.311
2.621-2.701	0.283	63	0.292	1128	0.292	1191	0.808	0.793	100	0.285
2.701-2.79	0.32	42	0.266	1061	0.268	1103	0.798	0.824	100	0.255
2.79-2.887	0.364	53	0.258	1049	0.263	1102	0.768	0.831	100	0.241
2.887-2.996	0.349	51	0.215	1022	0.221	1073	0.785	0.878	100	0.196
2.996-3.118	0.386	44	0.215	955	0.221	999	0.799	0.887	100	0.195
3.118-3.256	0.267	36	0.199	938	0.202	974	0.901	0.912	100	0.185
3.256-3.414	0.341	35	0.182	920	0.187	955	0.841	0.928	100	0.164
3.414-3.597	0.249	50	0.177	839	0.181	889	0.914	0.941	100	0.165
3.597-3.814	0.183	47	0.161	771	0.163	818	0.939	0.953	100	0.154
3.814-4.075	0.268	26	0.165	778	0.167	804	0.898	0.947	100	0.156
4.075-4.399	0.242	21	0.148	700	0.151	721	0.925	0.954	100	0.145
4.399-4.815	0.205	23	0.141	654	0.143	677	0.948	0.954	100	0.14
4.815-5.376	0.163	29	0.152	590	0.152	619	0.956	0.952	100	0.152
5.376-6.194	0.297	37	0.178	511	0.186	548	0.895	0.93	100	0.177
6.194-7.554	0.252	20	0.189	441	0.192	461	0.905	0.927	100	0.191
7.554-10.546	0.181	30	0.148	325	0.151	355	0.953	0.962	100	0.165
10.546-46.907	0.365	8	0.208	203	0.213	212	0.92	0.948	99.5283	0.229

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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