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万見
- PDB-6yma: MicroED structure of acetazolamide-bound human carbonic anhydrase II -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6yma
タイトルMicroED structure of acetazolamide-bound human carbonic anhydrase II
要素carbonic anhydrase 2
キーワードLYASE / carbonic anhydrase / acetazolamide / inhibitor complex / MicroED
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / secretion / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / morphogenesis of an epithelium ...positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / secretion / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / morphogenesis of an epithelium / angiotensin-activated signaling pathway / positive regulation of synaptic transmission, GABAergic / regulation of intracellular pH / carbonic anhydrase / carbonate dehydratase activity / carbon dioxide transport / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / neuron cellular homeostasis / apical part of cell / myelin sheath / extracellular exosome / zinc ion binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Carbonic anhydrase, alpha-class, conserved site / Alpha-carbonic anhydrases signature. / Carbonic anhydrase, alpha-class / Alpha carbonic anhydrase domain / Alpha carbonic anhydrase domain superfamily / Eukaryotic-type carbonic anhydrase / Alpha-carbonic anhydrases profile. / Eukaryotic-type carbonic anhydrase
類似検索 - ドメイン・相同性
5-ACETAMIDO-1,3,4-THIADIAZOLE-2-SULFONAMIDE / Carbonic anhydrase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子線結晶学 / 分子置換 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Clabbers, M.T.B. / Fisher, S.Z. / Coincon, M. / Zou, X. / Xu, H.
資金援助 スウェーデン, 3件
組織認可番号国
Swedish Research Council2017-05333 スウェーデン
Swedish Research Council2019-00815 スウェーデン
Knut and Alice Wallenberg Foundation2018.0237 スウェーデン
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2020
タイトル: Visualizing drug binding interactions using microcrystal electron diffraction.
著者: Max T B Clabbers / S Zoë Fisher / Mathieu Coinçon / Xiaodong Zou / Hongyi Xu /
要旨: Visualizing ligand binding interactions is important for structure-based drug design and fragment-based screening methods. Rapid and uniform soaking with potentially reduced lattice defects make ...Visualizing ligand binding interactions is important for structure-based drug design and fragment-based screening methods. Rapid and uniform soaking with potentially reduced lattice defects make small macromolecular crystals attractive targets for studying drug binding using microcrystal electron diffraction (MicroED). However, so far no drug binding interactions could unambiguously be resolved by electron diffraction alone. Here, we use MicroED to study the binding of a sulfonamide inhibitor to human carbonic anhydrase isoform II (HCA II). We show that MicroED data can efficiently be collected on a conventional transmission electron microscope from thin hydrated microcrystals soaked with the clinical drug acetazolamide (AZM). The data are of high enough quality to unequivocally fit and resolve the bound inhibitor. We anticipate MicroED can play an important role in facilitating in-house fragment screening for drug discovery, complementing existing methods in structural biology such as X-ray and neutron diffraction.
履歴
登録2020年4月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年8月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: carbonic anhydrase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,6554
ポリマ－29,2891
非ポリマー3663
水48627
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area880 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area11400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.550, 41.530, 72.110
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 104.620, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 carbonic anhydrase 2


分子量: 29289.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): DE3 pLysS / 参照: UniProt: P00918, carbonic anhydrase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-AZM / 5-ACETAMIDO-1,3,4-THIADIAZOLE-2-SULFONAMIDE / アセタゾラミド


分子量: 222.245 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6N4O3S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 薬剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子線結晶学
EM実験試料の集合状態: 3D ARRAY / ３次元再構成法: 電子線結晶学

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試料調製

構成要素名称: Carbonic anhydrase II / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 8.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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データ収集

顕微鏡モデル: JEOL 2100
電子銃電子線源: LAB6 / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: DIFFRACTION
撮影電子線照射量: 0.15 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: OTHER
EM回折カメラ長: 1481.74 mm
EM回折 シェル解像度: 35.69→2.5 Å / フーリエ空間範囲: 80 % / 多重度: 4.4 / 構造因子数: 6895 / 位相残差: 1 °
EM回折 統計フーリエ空間範囲: 80 % / 再高解像度: 2.5 Å / 測定した強度の数: 30457 / 構造因子数: 6902 / 位相誤差: 27.44 ° / 位相残差: 1 ° / 位相誤差の除外基準: 1 / Rmerge: 27.2 / Rsym: 27.2
反射Biso Wilson estimate: 28.05 Å2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
phenix.refine1.14_3260精密化
PHENIX1.14_3260精密化
EM 3D crystal entity∠α: 90 ° / ∠β: 104.62 ° / ∠γ: 90 ° / A: 42.55 Å / B: 41.52 Å / C: 72.11 Å / 空間群名: P21 / 空間群番号: 4
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 2.5 Å / 解像度の算出法: DIFFRACTION PATTERN/LAYERLINES / 対称性のタイプ: 3D CRYSTAL
原子モデル構築プロトコル: OTHER / 空間: RECIPROCAL
原子モデル構築PDB-ID: 3HS4

3hs4


PDB chain-ID: A / Accession code: 3HS4 / Pdb chain residue range: 4-261 / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3HS4

3hs4


解像度: 2.5→35.69 Å / SU ML: 0.3743 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 27.4362 / 立体化学のターゲット値: CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.255 357 5.18 %
Rwork0.2237 6538 -
obs0.2253 6895 80 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 20.65 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYf_bond_d0.00192126
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYf_angle_d0.68292886
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYf_chiral_restr0.0416299
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYf_plane_restr0.0034374
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYf_dihedral_angle_d10.43861246
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5-2.860.36351090.31052049ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY76.34
2.86-3.610.29851110.25472246ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY82.5
3.61-35.60.1981370.17332243ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY81.15

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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