ソフトウェア 名称 バージョン 分類 XSCALEデータスケーリング REFMAC5.8.0230精密化 PDB_EXTRACT3.25 データ抽出 XDSデータ削減 PHASER位相決定
精密化 構造決定の手法 : 分子置換開始モデル : 6I71解像度 : 2.1→34.78 Å / Cor.coef. Fo :Fc : 0.959 / Cor.coef. Fo :Fc free : 0.948 / SU B : 7.354 / SU ML : 0.099 / SU R Cruickshank DPI : 0.1645 / 交差検証法 : THROUGHOUT / σ(F) : 0 / ESU R : 0.165 / ESU R Free : 0.142 詳細 : HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDEDRfactor 反射数 %反射 Selection details Rfree 0.1996 2974 5.2 % RANDOM Rwork 0.1717 - - - obs 0.1732 53735 99.91 % -
溶媒の処理 イオンプローブ半径 : 0.8 Å / 減衰半径 : 0.8 Å / VDWプローブ半径 : 1.2 Å原子変位パラメータ Biso max : 102.16 Å2 / Biso mean : 34.811 Å2 / Biso min : 16.59 Å2 Baniso -1 Baniso -2 Baniso -3 1- -0.09 Å2 0 Å2 0 Å2 2- - 1.2 Å2 0 Å2 3- - - -1.12 Å2
精密化ステップ サイクル : final / 解像度 : 2.1→34.78 Åタンパク質 核酸 リガンド 溶媒 全体 原子数 5398 0 102 417 5917 Biso mean - - 45.24 37.23 - 残基数 - - - - 706
拘束条件 Refine-ID タイプ Dev ideal Dev ideal target 数 X-RAY DIFFRACTION r_bond_refined_d0.013 0.014 5693 X-RAY DIFFRACTION r_bond_other_d0.001 0.017 5327 X-RAY DIFFRACTION r_angle_refined_deg1.56 1.666 7715 X-RAY DIFFRACTION r_angle_other_deg0.957 1.662 12473 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_1_deg6.252 5 720 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_2_deg34.509 24.138 232 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_3_deg15.297 15 977 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_4_deg15.088 15 15 X-RAY DIFFRACTION r_chiral_restr0.079 0.2 744 X-RAY DIFFRACTION r_gen_planes_refined0.007 0.02 6281 X-RAY DIFFRACTION r_gen_planes_other0.001 0.02 1019
Refine LS restraints NCS Ens-ID : 1 / 数 : 10904 / Refine-ID : X-RAY DIFFRACTION / タイプ : interatomic distance / Rms dev position : 0.06 Å / Weight position : 0.05
LS精密化 シェル 解像度 : 2.1→2.154 Å / Rfactor Rfree error : 0 / Total num. of bins used : 20 Rfactor 反射数 %反射 Rfree 0.286 204 - Rwork 0.281 3942 - all - 4146 - obs - - 99.88 %
精密化 TLS 手法 : refined / Refine-ID : X-RAY DIFFRACTION
大きな表を表示 (25 x 2) 大きな表を隠す ID L11 (°2 )L12 (°2 )L13 (°2 )L22 (°2 )L23 (°2 )L33 (°2 )S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2 )T12 (Å2 )T13 (Å2 )T22 (Å2 )T23 (Å2 )T33 (Å2 )Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)1 1.0965 -0.4835 -0.4798 1.4225 0.3562 1.0429 -0.0759 -0.0897 0.001 0.0099 0.1078 -0.1595 0.1197 0.1564 -0.0319 0.0395 -0.0059 -0.0018 0.0472 -0.0075 0.0216 10.3468 -22.5841 17.6171 2 1.2814 -0.3238 0.0112 1.0648 -0.0347 0.9727 -0.0246 -0.1165 0.1425 0.0864 0.0826 0.1845 -0.1061 -0.2306 -0.0579 0.0323 0.0123 0.0145 0.091 0.0193 0.0708 -19.1365 -9.1521 24.6001
精密化 TLSグループ ID Refine-ID Refine TLS-ID Auth asym-ID Auth seq-ID 1 X-RAY DIFFRACTION 1 A13 - 501 2 X-RAY DIFFRACTION 2 B13 - 501