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- PDB-6yjp: Crystal structure of a complex between glycosylated NKp30 and its... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6yjp
タイトルCrystal structure of a complex between glycosylated NKp30 and its deglycosylated tumour ligand B7-H6
要素
  • Natural cytotoxicity triggering receptor 3
  • Natural cytotoxicity triggering receptor 3 ligand 1
キーワードIMMUNE SYSTEM / NK CELL RECEPTOR / RECEPTOR-LIGAND COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


cell recognition / immune receptor activity / immune response-activating cell surface receptor signaling pathway / NK T cell activation / positive regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / natural killer cell activation / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / immune response / receptor ligand activity / inflammatory response ...cell recognition / immune receptor activity / immune response-activating cell surface receptor signaling pathway / NK T cell activation / positive regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / natural killer cell activation / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / immune response / receptor ligand activity / inflammatory response / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Natural cytotoxicity triggering receptor 3 / Gamma-retroviral matrix domain superfamily / : / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Retroviral matrix protein / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin ...Natural cytotoxicity triggering receptor 3 / Gamma-retroviral matrix domain superfamily / : / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Retroviral matrix protein / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Natural cytotoxicity triggering receptor 3 / Natural cytotoxicity triggering receptor 3 ligand 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Skalova, T. / Dohnalek, J. / Skorepa, O. / Kalouskova, B. / Pazicky, S. / Blaha, J. / Vanek, O.
資金援助 チェコ, 3件
組織認可番号国
Czech Science Foundation18-10687S チェコ
Ministry of Education, Youth and Sports of the Czech RepublicLTC17065 チェコ
European Regional Development FundCZ.02.1.01/0.0/0.0/16_013/0001776 チェコ
引用ジャーナル: Cancers (Basel) / 年: 2020
タイトル: Natural Killer Cell Activation Receptor NKp30 Oligomerization Depends on Its N -Glycosylation.
著者: Skorepa, O. / Pazicky, S. / Kalouskova, B. / Blaha, J. / Abreu, C. / Jecmen, T. / Rosulek, M. / Fish, A. / Sedivy, A. / Harlos, K. / Dohnalek, J. / Skalova, T. / Vanek, O.
履歴
登録2020年4月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年7月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年8月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22020年9月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.42024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Natural cytotoxicity triggering receptor 3 ligand 1
D: Natural cytotoxicity triggering receptor 3 ligand 1
A: Natural cytotoxicity triggering receptor 3
B: Natural cytotoxicity triggering receptor 3
E: Natural cytotoxicity triggering receptor 3 ligand 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,80110
ポリマ－106,6955
非ポリマー1,1065
水00
1
C: Natural cytotoxicity triggering receptor 3 ligand 1
A: Natural cytotoxicity triggering receptor 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,6474
ポリマ－40,2042
非ポリマー4422
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1700 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area18060 Å2
2
B: Natural cytotoxicity triggering receptor 3
ヘテロ分子

D: Natural cytotoxicity triggering receptor 3 ligand 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,6474
ポリマ－40,2042
非ポリマー4422
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_556x,y,z+11
Buried area1520 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area17730 Å2
3
E: Natural cytotoxicity triggering receptor 3 ligand 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,5082
ポリマ－26,2871
非ポリマー2211
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area170 Å2
ΔGint2 kcal/mol
Surface area12680 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)166.044, 86.462, 111.299
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 97.580, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11C
21D
12C
22E
13D
23E
14A
24B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11THRTHRGLYGLYCA23 - 2452 - 224
21THRTHRGLYGLYDB23 - 2452 - 224
12ASPASPGLYGLYCA25 - 2454 - 224
22ASPASPGLYGLYEE25 - 2454 - 224
13ASPASPGLYGLYDB25 - 2454 - 224
23ASPASPGLYGLYEE25 - 2454 - 224
14GLYGLYGLUGLUAC18 - 1283 - 113
24GLYGLYGLUGLUBD18 - 1283 - 113

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4

-
要素

#1: タンパク質 Natural cytotoxicity triggering receptor 3 ligand 1 / B7 homolog 6 / B7-H6


分子量: 26286.676 Da / 分子数: 3 / 変異: C212S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NCR3LG1, B7H6 / プラスミド: pTW5sec / 細胞株 (発現宿主): HEK293S GnTI(-) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q68D85
#2: タンパク質 Natural cytotoxicity triggering receptor 3 / Activating natural killer receptor p30 / Natural killer cell p30-related protein / NKp30


分子量: 13917.621 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NCR3, 1C7, LY117 / プラスミド: pTW5sec / 細胞株 (発現宿主): HEK293S GnTI(-) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O14931
#3: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 65 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.7
詳細: 0.1 M sodium citrate pH 6.7, 11.7 % PEG 6000, 10 mg/ml mixture of both proteins, micro-seeded with crushed needle-shaped crystals

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→48.95 Å / Num. obs: 27102 / % possible obs: 95 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 105.5 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.104 / Rpim(I) all: 0.081 / Rrim(I) all: 0.134 / Net I/σ(I): 5.7
反射 シェル解像度: 3.1→3.29 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.971 / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Num. unique obs: 3968 / CC1/2: 0.645 / Rpim(I) all: 0.804 / % possible all: 87

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258 (LORESTR pipeline))精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MoRDa位相決定
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3PV6

3pv6


解像度: 3.1→48.95 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.928 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.91 / SU B: 62.879 / SU ML: 0.852 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.536 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3221 1348 5 %RANDOM
Rwork0.2723 ---
obs0.2748 25738 94.72 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 335.29 Å2 / Biso mean: 155.577 Å2 / Biso min: 74.12 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-19.96 Å20 Å25.37 Å2
2---5.81 Å20 Å2
3----15.05 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.1→48.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6837 0 70 0 6907
Biso mean--168.91 --
残基数----875
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0127080
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.591.6529627
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9525868
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.71322.423359
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.118151156
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.7781543
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.120.2935
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.025415
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11C60690.17
12D60690.17
21C59910.17
22E59910.17
31D59040.18
32E59040.18
41A31360.16
42B31360.16
LS精密化 シェル解像度: 3.1→3.181 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.578 87 -
Rwork0.504 1671 -
all-1758 -
obs--83.67 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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