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万見
- PDB-6yi2: UvrD helicase RNA polymerase interactions are governed by UvrDs c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6yi2
タイトルUvrD helicase RNA polymerase interactions are governed by UvrDs carboxy terminal Tudor domain.
要素DNA helicase
キーワードPROTEIN BINDING / DNA-repair / Tudor / UvrD / TCR
機能・相同性
機能・相同性情報


rolling circle DNA replication / single-stranded DNA-dependent ATP-dependent DNA helicase complex / : / mismatch repair involved in maintenance of fidelity involved in DNA-dependent DNA replication / DNA helicase complex / DNA translocase activity / SOS response / single-stranded DNA helicase activity / recombinational repair / DNA 3'-5' helicase ...rolling circle DNA replication / single-stranded DNA-dependent ATP-dependent DNA helicase complex / : / mismatch repair involved in maintenance of fidelity involved in DNA-dependent DNA replication / DNA helicase complex / DNA translocase activity / SOS response / single-stranded DNA helicase activity / recombinational repair / DNA 3'-5' helicase / 3'-5' DNA helicase activity / replication fork processing / isomerase activity / mismatch repair / DNA helicase activity / nucleotide-excision repair / response to radiation / protein homodimerization activity / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
DNA helicase, ATP-dependent, UvrD type / PcrA/UvrD tudor domain / DExx box DNA helicase domain superfamily / UvrD-like DNA helicase C-terminal domain profile. / UvrD-like DNA helicase, C-terminal / UvrD-like helicase C-terminal domain / UvrD/REP helicase N-terminal domain / UvrD-like DNA helicase ATP-binding domain profile. / DNA helicase, UvrD/REP type / UvrD-like helicase, ATP-binding domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA 3'-5' helicase / DNA helicase II
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法溶液NMR / molecular dynamics
データ登録者Kawale, A.A. / Burmann, B.B.
資金援助 スウェーデン, 2件
組織認可番号国
Swedish Research Council2016-04721 スウェーデン
Knut and Alice Wallenberg Foundation2016.0163 スウェーデン
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2020
タイトル: UvrD helicase-RNA polymerase interactions are governed by UvrD's carboxy-terminal Tudor domain.
著者: Kawale, A.A. / Burmann, B.M.
履歴
登録2020年3月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年10月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年11月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.32024年6月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA helicase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,4531
ポリマ－8,4531
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering, monomer
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area6360 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 10all calculated structures submitted
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 DNA helicase


分子量: 8452.634 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: uvrD, ACU57_06555 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): pLysS
参照: UniProt: A0A0P7NW33, UniProt: P03018*PLUS, DNA helicase

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic22D 1H-15N HSQC
121isotropic22D 1H-13C HSQC aliphatic
131isotropic22D 1H-13C HSQC aromatic
141isotropic23D CBCA(CO)NH
151isotropic23D HN(CA)CB
161isotropic23D HNCA
171isotropic23D HNCO
191isotropic13D (H)CCH-TOCSY
181isotropic13D 1H-15N NOESY
1101isotropic13D 1H-13C NOESY aliphatic
1111isotropic13D 1H-13C NOESY aromatic

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試料調製

詳細タイプ: solution / 内容: 650 uM [U-13C; U-15N] UvrD CTD, 90% H2O/10% D2O / Label: 13C15N / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料濃度: 650 uM / 構成要素: UvrD CTD / Isotopic labeling: [U-13C; U-15N]
試料状態詳細: 20 mM KPi, 50 mM KCl pH 6.5 / イオン強度: 70 mM / Label: UvrD sample buffer / pH: 6.5 / 圧: 1 atm / 温度: 310 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III7001
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III8002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
ARIA2.3Linge, O'Donoghue and Nilges精密化
CYANA3.98.12Guntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
Sparky1.413Goddardchemical shift assignment
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: all calculated structures submitted
計算したコンフォーマーの数: 10 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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