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- PDB-6yhl: Crystal structure of CNFy from Yersinia pseudotuberculosis - N-te... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6yhl
タイトルCrystal structure of CNFy from Yersinia pseudotuberculosis - N-terminal fragment comprising residues 1-704
要素Cytotoxic necrotizing factor
キーワードTOXIN / CNF / cytotoxic necrotizing factor / deamidase / RhoA modification / RhoA activation / putative ADP-ribosyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


Cytotoxic necrotizing factor, Rho-activating domain / Domain of unknown function DUF4765 / Cytotoxic necrotizing factor, Rho-activating domain superfamily / Rho-activating domain of cytotoxic necrotizing factor / Domain of unknown function (DUF4765) / Domain of unknown function DUF6543 / Dermonecrotic toxin, N-terminal domain / Cytotoxic necrotizing factor-like, catalytic
類似検索 - ドメイン・相同性
Cytotoxic necrotizing factor
類似検索 - 構成要素
生物種Yersinia pseudotuberculosis (仮性結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.277 Å
Model detailsStructure comprises residues 1-1014, active site cysteine 866 has been mutated to serine
データ登録者Lukat, P. / Gazdag, E.M. / Heidler, T.V. / Blankenfeldt, W.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2021
タイトル: Crystal structure of bacterial cytotoxic necrotizing factor CNF Y reveals molecular building blocks for intoxication.
著者: Chaoprasid, P. / Lukat, P. / Muhlen, S. / Heidler, T. / Gazdag, E.M. / Dong, S. / Bi, W. / Ruter, C. / Kirchenwitz, M. / Steffen, A. / Jansch, L. / Stradal, T.E.B. / Dersch, P. / Blankenfeldt, W.
履歴
登録2020年3月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年12月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年1月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22021年2月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytotoxic necrotizing factor
B: Cytotoxic necrotizing factor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)160,8052
ポリマ－160,8052
非ポリマー00
水00
1
A: Cytotoxic necrotizing factor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,4031
ポリマ－80,4031
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Cytotoxic necrotizing factor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,4031
ポリマ－80,4031
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)94.425, 99.896, 131.357
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.860, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 3 through 217 or (resid 218...
21(chain B and (resid 3 through 141 or (resid 142...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ASNASNASNASN(chain A and (resid 3 through 217 or (resid 218...AA3 - 2173 - 217
12LYSLYSLYSLYS(chain A and (resid 3 through 217 or (resid 218...AA218218
13ASNASNPHEPHE(chain A and (resid 3 through 217 or (resid 218...AA3 - 6973 - 697
21ASNASNASNASN(chain B and (resid 3 through 141 or (resid 142...BB3 - 1413 - 141
22LYSLYSALAALA(chain B and (resid 3 through 141 or (resid 142...BB142 - 143142 - 143
23METMETPROPRO(chain B and (resid 3 through 141 or (resid 142...BB1 - 6981 - 698
24METMETPROPRO(chain B and (resid 3 through 141 or (resid 142...BB1 - 6981 - 698
25METMETPROPRO(chain B and (resid 3 through 141 or (resid 142...BB1 - 6981 - 698
26METMETPROPRO(chain B and (resid 3 through 141 or (resid 142...BB1 - 6981 - 698

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要素

#1: タンパク質 Cytotoxic necrotizing factor


分子量: 80402.727 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: CNFy from Yersinia pseudotuberculosis - N-terminal fragment comprising residues 1-704
由来: (組換発現) Yersinia pseudotuberculosis (仮性結核菌)
遺伝子: cnf / プラスミド: pET28c / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0N9JNY6

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)
13.8367.91
2
結晶化
温度 (K)Crystal-ID手法詳細PH範囲
2931蒸気拡散法0.2 M ammonium acetate, 28-32 % (w/v) PEG 4000, 0.1 M tri-sodium citrate pH 5.9 - 6.25.9 - 6.2
2932蒸気拡散法19-20 % ammonium sulfate, 19-21 % (w/v) PEG 5000 MME, 0.1 M Tis/HCl pH 7.3-7.97.3 - 7.9

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-IDSerial crystal experiment
11001N
21002N
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSLS X06DA11
シンクロトロンBESSY 14.120.979
検出器
タイプID検出器日付
DECTRIS PILATUS 2M-F1PIXEL2014年8月27日
DECTRIS PILATUS 6M2PIXEL2014年7月31日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
20.9791
反射解像度: 3.277→99.9 Å / Num. obs: 37569 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 96.23 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Rpim(I) all: 0.036 / Rrim(I) all: 0.095 / Net I/σ(I): 17.8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / 冗長度: 7.1 %

解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
3.28-3.450.79354590.8020.3190.856100
10.36-99.90.022124610.0090.02399.3

-
位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimless0.5.32データスケーリング
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.277→54.679 Å / SU ML: 0.49 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 30.38
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2646 1888 5.03 %
Rwork0.2405 --
obs0.2417 37535 99.91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 202.54 Å2 / Biso mean: 97.22 Å2 / Biso min: 34.66 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.277→54.679 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11022 0 0 0 11022
残基数----1393
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A6390X-RAY DIFFRACTION11.458TORSIONAL
12B6390X-RAY DIFFRACTION11.458TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
3.277-3.36510.40351470.34452722100
3.3651-3.46410.38631540.33412697100
3.4641-3.57590.39781460.30952733100
3.5759-3.70370.3341530.29772701100
3.7037-3.8520.30071460.28322750100
3.852-4.02720.31251460.28642713100
4.0272-4.23950.30191350.2672749100
4.2395-4.5050.2431380.22912744100
4.505-4.85260.24231380.22052743100
4.8526-5.34060.24771460.22442743100
5.3406-6.11250.28081530.24852754100
6.1125-7.69770.23321320.23362791100
7.6977-54.6790.18961540.1727280799

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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