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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6yh3 | ||||||
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タイトル | tRNA-Guanine Transglycosylase (TGT) in co-crystallized complex with 6-amino-2-(methylamino)-4-phenethyl-1,7-dihydro-8H-imidazo[4,5-g]quinazolin-8-one | ||||||
![]() | Queuine tRNA-ribosyltransferase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / TGT / TRNA-GUANINE TRANSGLYCOSYLASE / GUANINE INSERTION ENZYME / HOMODIMER | ||||||
機能・相同性 | ![]() tRNA-guanosine34 preQ1 transglycosylase / tRNA wobble guanine modification / tRNA-guanosine(34) queuine transglycosylase activity / tRNA-guanine transglycosylation / queuosine biosynthetic process / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Nguyen, A. / Heine, A. / Klebe, G. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Co-crystallization, 19F NMR and nanoESI-MS reveal dimer disturbing inhibitors and conformational changes at dimer contacts 著者: Nguyen, A. / Heine, A. / Klebe, G. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 268.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 180.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 43141.789 Da / 分子数: 1 / 変異: T312K / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: tgt, ZMO0363 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P28720, tRNA-guanosine34 preQ1 transglycosylase |
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#2: 化合物 | ChemComp-ZN / |
#3: 化合物 | ChemComp-OQN / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.32 % |
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結晶化 | 温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 100 mM MES pH 5.5, 0.5 mM DTT, 10% (v/v) DMSO, 13% (m/v) PEG8000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月4日 |
放射 | モノクロメーター: DCM Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9184 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.49→42.78 Å / Num. obs: 61850 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 19.78 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 17.18 |
反射 シェル | 解像度: 1.49→1.58 Å / Num. unique obs: 9665 / CC1/2: 0.852 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1PUD 解像度: 1.49→42.78 Å / SU ML: 0.1621 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 16.4623 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 25.84 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.49→42.78 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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