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万見
- PDB-6yh0: Marasmius oreades agglutinin (MOA) in complex with the truncated ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6yh0
タイトルMarasmius oreades agglutinin (MOA) in complex with the truncated PVPRAHS synthetic substrate
要素
  • Agglutinin
  • PRO-VAL-PRO-ARG
キーワードTOXIN / fungal chimerolectin / papain-like cysteine protease / protease-substrate complex / calcium-binding protein / manganese-binding protein
機能・相同性Agglutinin, C-terminal / Agglutinin C-terminal / Ricin-type beta-trefoil lectin domain-like / Lectin domain of ricin B chain profile. / Ricin B, lectin domain / Ricin B-like lectins / Papain-like cysteine peptidase superfamily / metal ion binding / Agglutinin
機能・相同性情報
生物種Marasmius oreades (シバフタケ)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.56 Å
データ登録者Cordara, G. / Manna, D. / Krengel, U.
引用ジャーナル: Curr Res Struct Biol / 年: 2020
タイトル: Crystal structure of MOA in complex with a peptide fragment: A protease caught in flagranti .
著者: Manna, D. / Cordara, G. / Krengel, U.
履歴
登録2020年3月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年7月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年7月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月24日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AAA: Agglutinin
EEE: PRO-VAL-PRO-ARG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,59810
ポリマ－33,1172
非ポリマー1,4818
水3,657203
1
AAA: Agglutinin
EEE: PRO-VAL-PRO-ARG
ヘテロ分子

AAA: Agglutinin
EEE: PRO-VAL-PRO-ARG
ヘテロ分子


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, The deposited coordinates contain one of the protomers int he MOA functional dimer; the full dimer is reconstructed by crystallographic symmetry.
  • 69.2 kDa, 4 ポリマー
  • Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,19620
ポリマ－66,2354
非ポリマー2,96216
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation11_454-x+y-1,y,-z-1/21
Buried area10170 Å2
ΔGint-56 kcal/mol
Surface area22710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)121.244, 121.244, 99.913
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number182
Space group name H-MP6322
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11AAA-579-

HOH

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AAAEEE

#1: タンパク質 Agglutinin


分子量: 32352.559 Da / 分子数: 1 / 変異: H257A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Marasmius oreades (シバフタケ) / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8X123
#2: タンパク質・ペプチド PRO-VAL-PRO-ARG


分子量: 764.872 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Proteolytic peptide substrate / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
糖 , 3種, 3分子

#3: 多糖 alpha-L-fucopyranose-(1-2)-[alpha-D-galactopyranose-(1-3)]beta-D-galactopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 488.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
LFucpa1-2[DGalpa1-3]DGalpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,3,2/[a2112h-1b_1-5][a1221m-1a_1-5][a2112h-1a_1-5]/1-2-3/a2-b1_a3-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Galp]{[(2+1)][a-L-Fucp]{}[(3+1)][a-D-Galp]{}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 alpha-D-galactopyranose-(1-3)-alpha-D-galactopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGalpa1-3DGalpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2112h-1a_1-5]/1-1/a3-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Galp]{[(3+1)][a-D-Galp]{}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 alpha-L-fucopyranose-(1-2)-[alpha-D-galactopyranose-(1-3)]alpha-D-galactopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 488.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
LFucpa1-2[DGalpa1-3]DGalpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2112h-1a_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-2-1/a2-b1_a3-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Galp]{[(2+1)][a-L-Fucp]{}[(3+1)][a-D-Galp]{}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 4種, 208分子

#6: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#7: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#8: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 203 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.44 % / 解説: rod-like
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M Cacodylate pH 6.5, 0.2 M Sodium acetate, 22% PEG 8000, 10 mM CaCl2, 5 mM DTT
PH範囲: 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: cryostream on a synchrotron beamline / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.972385 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月20日
放射モノクロメーター: liquid nitrogen cooled channel-cut silicon monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.972385 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.56→105 Å / Num. obs: 61848 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 19.6 % / Biso Wilson estimate: 23.9 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Rpim(I) all: 0.037 / Rrim(I) all: 0.166 / Net I/σ(I): 12.3
反射 シェル解像度: 1.56→1.59 Å / 冗長度: 15 % / Rmerge(I) obs: 1 / Num. unique obs: 3023 / CC1/2: 0.362 / Rpim(I) all: 1 / Rrim(I) all: 1 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
XDSMar 15, 2019 BUILT=20190315データ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
REFMAC5.8.0258位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3EF2

3ef2


解像度: 1.56→51.882 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.974 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.965 / WRfactor Rfree: 0.177 / WRfactor Rwork: 0.156 / SU B: 1.49 / SU ML: 0.049 / Average fsc free: 0 / Average fsc work: 0 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.065 / ESU R Free: 0.068 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1993 3149 5.092 %
Rwork0.174 58695 -
all0.175 --
obs-61844 99.981 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 26.788 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.826 Å20.413 Å20 Å2
2--0.826 Å20 Å2
3----2.68 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.56→51.882 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2308 0 94 203 2605
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0132560
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0182196
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8241.6973513
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4841.635146
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.5225320
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.35123.125128
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.39115371
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.8641510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.2356
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.022858
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02560
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2170.2457
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1760.21938
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1760.21237
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0840.21089
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1370.2139
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.060.22
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1780.210
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2990.214
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1550.249
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1010.217
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined0.1030.23
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.2542.6641210
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.1792.6631209
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.9453.9931517
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.9473.9961518
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.112.9711348
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.1092.9721348
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.5794.3431983
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.554.3451983
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it5.31851.66310956
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other5.31751.66310957
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.56-1.6010.3652230.3644280X-RAY DIFFRACTION99.9778
1.601-1.6440.352320.3374143X-RAY DIFFRACTION99.9543
1.644-1.6920.3292270.34059X-RAY DIFFRACTION100
1.692-1.7440.2922270.2733919X-RAY DIFFRACTION99.9759
1.744-1.8010.2571900.233818X-RAY DIFFRACTION99.9751
1.801-1.8640.2582150.2113696X-RAY DIFFRACTION100
1.864-1.9350.2521820.1943591X-RAY DIFFRACTION99.947
1.935-2.0140.2051680.1823471X-RAY DIFFRACTION100
2.014-2.1030.2171860.1773294X-RAY DIFFRACTION100
2.103-2.2060.1691640.1593193X-RAY DIFFRACTION99.9702
2.206-2.3250.2081580.1573029X-RAY DIFFRACTION100
2.325-2.4660.1931650.1512865X-RAY DIFFRACTION100
2.466-2.6360.1971550.1532700X-RAY DIFFRACTION100
2.636-2.8470.1921520.1662512X-RAY DIFFRACTION100
2.847-3.1190.1521220.1642348X-RAY DIFFRACTION100
3.119-3.4870.1961000.1682153X-RAY DIFFRACTION100
3.487-4.0250.16860.1481916X-RAY DIFFRACTION100
4.025-4.9280.151850.121623X-RAY DIFFRACTION100
4.928-6.9620.174730.1531294X-RAY DIFFRACTION100
6.962-51.8820.177390.191791X-RAY DIFFRACTION99.5204

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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