PDB-6tsl: Marasmius oreades agglutinin (MOA) in complex with the truncated ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6tsl

タイトル

Marasmius oreades agglutinin (MOA) in complex with the truncated PVPRAHS synthetic substrate

要素

Agglutinin
PRO-VAL-PRO-ARG

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / fungal chimerolectin / papain-like cysteine protease / protease-substrate complex / calcium-binding protein / manganese-binding protein

機能・相同性

Agglutinin, C-terminal / Agglutinin C-terminal / Ricin-type beta-trefoil lectin domain-like / Lectin domain of ricin B chain profile. / Ricin B, lectin domain / Ricin B-like lectins / Papain-like cysteine peptidase superfamily / metal ion binding / Agglutinin

機能・相同性情報

生物種

Marasmius oreades (シバフタケ)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.4 Å

データ登録者

Cordara, G. / Manna, D. / Krengel, U.

引用

ジャーナル: Curr Res Struct Biol / 年: 2020
タイトル: Crystal structure of MOA in complex with a peptide fragment: A protease caught in flagranti .
著者: Manna, D. / Cordara, G. / Krengel, U.

履歴

登録	2019年12月20日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年7月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年7月21日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6tsl.cif.gz	86.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6tsl.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6tsl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ts/6tsl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ts/6tsl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6tsmC 6tsnC 6tsoC 6tsqC 6tsrC 6yh0C 3ef2S 2iho S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3ef2-2 3ef2-1 6yh0-1 6tsn-1 6tsm-1 5mu9-1 3phz-d 5d63-1 6tsp-1 5d61-1 6tso-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#161 - 2013年5月リシン (Ricin) 類似性 (3) #69 - 2005年9月コレラ毒素 (Cholera Toxin) 類似性 (3)

登録構造単位

AAA: Agglutinin

BBB: PRO-VAL-PRO-ARG

ヘテロ分子

33.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Agglutinin

BBB: PRO-VAL-PRO-ARG

ヘテロ分子

AAA: Agglutinin

BBB: PRO-VAL-PRO-ARG

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, single-peak elution of the dimer, under all tested conditions
67.9 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	121.918, 121.918, 99.890
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	182
Space group name H-M	P6₃22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-562- HOH

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AAABBB

#1: タンパク質	Agglutinin 分子量: 32296.645 Da / 分子数: 1 / 変異: C215A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Marasmius oreades (シバフタケ) / プラスミド: pT7-LO / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8X123
#2: タンパク質・ペプチド	PRO-VAL-PRO-ARG 分子量: 468.569 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: synthetic peptide substrate / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: synthetic construct (人工物)

-
糖 , 2種, 2分子

#3: 多糖

alpha-L-fucopyranose-(1-2)-[alpha-D-galactopyranose-(1-3)]beta-D-galactopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 488.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
LFucpa1-2[DGalpa1-3]DGalpb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/3,3,2/[a2112h-1b_1-5][a1221m-1a_1-5][a2112h-1a_1-5]/1-2-3/a2-b1_a3-c1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Galp]{[(2+1)][a-L-Fucp]{}[(3+1)][a-D-Galp]{}}	LINUCS	PDB-CARE

#4: 多糖

alpha-L-fucopyranose-(1-2)-[alpha-D-galactopyranose-(1-3)]alpha-D-galactopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 488.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
LFucpa1-2[DGalpa1-3]DGalpa1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2112h-1a_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-2-1/a2-b1_a3-c1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Galp]{[(2+1)][a-L-Fucp]{}[(3+1)][a-D-Galp]{}}	LINUCS	PDB-CARE

-
非ポリマー , 4種, 214分子

#5: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: Ca
#6: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₂H₆O₂
#7: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: Na
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 209 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.68 % / 解説: rod-like crystal
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M Na-acetate pH 5.0, 18% PEG 8000, 0.25 M sodium acetate, 10 mM CaCl2, 5 mM DTT

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97908 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年10月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97908 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.4→46.7 Å / Num. obs: 86228 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 9.7 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.097 / R_pim(I) all: 0.033 / R_rim(I) all: 0.103 / Net I/σ(I): 10.7
反射シェル	解像度: 1.4→1.42 Å / 冗長度: 9.3 % / R_merge(I) obs: 7.367 / Mean I/σ(I) obs: 0.3 / Num. unique obs: 4078 / CC_1/2: 0.367 / R_rim(I) all: 8.292 / R_sym value: 2.668 / % possible all: 93.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS	29-Nov-2019	データ削減
XDS	29-Nov-2019	データスケーリング
REFMAC	7.0.078	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3EF2

3ef2

解像度: 1.4→46.7 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.977 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.973 / SU B: 2.091 / SU ML: 0.068 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.052 / ESU R Free: 0.053 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.203	4338	5.033 %
R_work	0.1866	-	-
all	0.187	-	-
obs	-	86189	99.677 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.914 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.03 Å²	0.515 Å²	0 Å²
2-	-	1.03 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.342 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.4→46.7 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2310	0	74	209	2593

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.013	2606
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.017	2261
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.837	1.678	3579
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.607	1.611	5290
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.3	5	338
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.92	23.111	135
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.81	15	387
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.8	15	11
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.014	0.2	354
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.041	0.02	2967
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.034	0.02	578
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.207	0.2	465
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.184	0.2	1973
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.171	0.2	1267
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.108	0.2	1126
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.132	0.2	176
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.25	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.122	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.293	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.159	0.2	43
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.103	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined	0.125	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.9	2.686	1231
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.894	2.685	1230
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.553	4.022	1546
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.554	4.022	1547
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.736	2.955	1374
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.733	2.955	1373
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.033	4.328	2010
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.033	4.328	2009
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.058	32.073	3041
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.057	32.071	3042

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.4-1.434	0.497	303	0.502	5859	X-RAY DIFFRACTION	97.5927
1.434-1.473	0.451	301	0.453	5813	X-RAY DIFFRACTION	99.447
1.473-1.516	0.437	294	0.418	5650	X-RAY DIFFRACTION	99.5812
1.516-1.562	0.365	291	0.372	5514	X-RAY DIFFRACTION	99.708
1.562-1.614	0.353	277	0.338	5341	X-RAY DIFFRACTION	99.8046
1.614-1.67	0.299	298	0.296	5162	X-RAY DIFFRACTION	99.8537
1.67-1.733	0.289	259	0.251	5012	X-RAY DIFFRACTION	99.8674
1.733-1.804	0.225	271	0.216	4795	X-RAY DIFFRACTION	99.9408
1.804-1.884	0.242	272	0.197	4613	X-RAY DIFFRACTION	99.8978
1.884-1.976	0.215	221	0.18	4450	X-RAY DIFFRACTION	99.9786
1.976-2.083	0.215	201	0.169	4257	X-RAY DIFFRACTION	99.9776
2.083-2.209	0.184	221	0.153	4020	X-RAY DIFFRACTION	99.9529
2.209-2.362	0.185	208	0.148	3776	X-RAY DIFFRACTION	100
2.362-2.551	0.17	181	0.145	3541	X-RAY DIFFRACTION	100
2.551-2.794	0.175	197	0.158	3249	X-RAY DIFFRACTION	100
2.794-3.124	0.187	159	0.16	2980	X-RAY DIFFRACTION	99.9363
3.124-3.607	0.184	130	0.169	2657	X-RAY DIFFRACTION	99.9641
3.607-4.416	0.124	112	0.135	2276	X-RAY DIFFRACTION	100
4.416-6.239	0.142	90	0.14	1809	X-RAY DIFFRACTION	99.9474
6.239-46.7	0.186	52	0.174	1077	X-RAY DIFFRACTION	99.2091

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