PDB-6ygq: EclA N-terminal domain; PllA-like lectin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ygq

タイトル

EclA N-terminal domain; PllA-like lectin

要素

PA-I Galactophilic Lectin

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / EclA N-terminal domain / PllA-like lectin

機能・相同性

:

機能・相同性情報

生物種

Enterobacter cloacae (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Koehnke, J. / Sikandar, A.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: EclA N-terminal domain; PllA-like lectin
著者: Koehnke, J. / Sikandar, A.

履歴

登録	2020年3月27日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年4月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ygq.cif.gz	344 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ygq.ent.gz	234.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ygq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6ygq_validation.pdf.gz	447.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6ygq_full_validation.pdf.gz	448.4 KB	表示
XML形式データ	6ygq_validation.xml.gz	22.6 KB	表示
CIF形式データ	6ygq_validation.cif.gz	32.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yg/6ygq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yg/6ygq	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5ofzS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6ng9-d 6dyg-d 6pno-d 6dy4-d 3ay8-d 6ahp-d 5yl0-2 5yvn-d 6dy6-d 5v3q-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: PA-I Galactophilic Lectin

B: PA-I Galactophilic Lectin

C: PA-I Galactophilic Lectin

D: PA-I Galactophilic Lectin

ヘテロ分子

64.1 kDa, 4 ポリマー
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1

A: PA-I Galactophilic Lectin

D: PA-I Galactophilic Lectin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
32.1 kDa, 2 ポリマー
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2

B: PA-I Galactophilic Lectin

C: PA-I Galactophilic Lectin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
32.1 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	65.793, 50.461, 73.859
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 109.360, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	PA-I Galactophilic Lectin 分子量: 15985.567 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: calcium ion was added to the buffer 由来: (組換発現) Enterobacter cloacae (バクテリア) 遺伝子: lecA, SAMEA2054040_03003 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A5E3W395
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: Ca
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 378 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.28 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法詳細: 0.06 M divalents (magnesium chloride hexahydrate and calcium chloride dihydrate), 0.1 M Tris and bicine, pH 8.5, (40% v/v) glycerol, 20% w/v PEG 4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1.00003 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.00003 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→40.87 Å / Num. obs: 36259 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.4 % / B_iso Wilson estimate: 18.35 Å² / CC_1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 8
反射シェル	解像度: 1.9→1.94 Å / Num. unique obs: 2350 / CC_1/2: 0.881

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.16_3549	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
Coot		モデル構築
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5OFZ

5ofz

解像度: 1.9→40.87 Å / SU ML: 0.1615 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 21.2779

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2238	1790	4.94 %
R_work	0.1807	-	-
obs	0.1829	36240	99.76 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.91 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→40.87 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3700	0	4	378	4082

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0029	3776
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.6213	5120
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0434	544
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0031	684
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	4.7199	2224

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9-1.95	0.2369	137	0.2216	2636	X-RAY DIFFRACTION	99.6
1.95-2.01	0.2466	141	0.2119	2595	X-RAY DIFFRACTION	99.71
2.01-2.07	0.2435	130	0.208	2660	X-RAY DIFFRACTION	99.82
2.07-2.15	0.2399	131	0.193	2624	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.15-2.23	0.2389	137	0.1815	2653	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.23-2.34	0.2348	135	0.1856	2625	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.34-2.46	0.2205	154	0.1861	2648	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.46-2.61	0.2453	143	0.1886	2631	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.61-2.81	0.2744	127	0.1867	2652	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.81-3.1	0.2197	140	0.1806	2655	X-RAY DIFFRACTION	99.79
3.1-3.55	0.2085	134	0.1652	2662	X-RAY DIFFRACTION	99.79
3.55-4.47	0.2018	138	0.1495	2680	X-RAY DIFFRACTION	99.72
4.47-40.87	0.203	143	0.1873	2729	X-RAY DIFFRACTION	99.07

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.40812433533	-0.289464708305	0.173468312916	3.70705732619	-0.270787532545	2.53651402184	0.0355906746705	-0.0328202852633	-0.0783611214825	0.11678021931	-0.0315496010241	-0.0114958337237	0.00497646403062	0.000496420542551	0.0242885628945	0.0433787415883	-0.00973620903482	-0.0162746507825	0.109038458734	0.0157229789624	0.0991869129562	25.9593107049	23.748034664	28.1750021605
2	3.49970863172	1.0882395731	-0.964945361175	0.385729411418	0.631327305077	2.04646383759	0.0892909409012	0.266758480658	0.666661427936	0.298045823771	-0.673446729281	-0.321836574109	-1.37532432126	0.215479943566	-0.559695871254	0.148877318207	-0.244673541855	-0.0406331427641	0.434490160268	0.220723192728	0.401238243392	34.042356347	39.3875054444	18.6685256941
3	9.15570566227	-4.79577949007	5.24046102986	7.20727133622	-2.34884678837	5.33630749261	-0.248754264612	-0.13046161197	-0.378581656869	0.14669162304	0.18637011584	-0.0814987412433	-0.0682261489534	0.205966616181	0.158571818282	0.10100272564	0.0215959537845	-0.00767540310774	0.204725638755	0.0204311968233	0.135740491534	33.1312459546	23.7995735088	30.8818266991
4	3.06640904622	-0.137103977448	0.684518254466	3.86842402013	0.0468366436149	2.670401971	0.108635931438	-0.0183516871967	-0.462094380967	0.0493263605554	0.0251219013655	-0.307248428115	0.195482246544	0.229912449108	-0.0803413166505	0.105362663699	0.00925615877455	-0.00971462055742	0.158824978801	0.0182531935928	0.196543881481	34.3988220431	17.9997016184	29.0789176212
5	2.09780015386	-1.66283241073	-0.862514020679	7.01419390991	4.71065760159	4.96089354837	0.047574531057	-0.0440089069014	-0.0173536742273	0.385016908326	0.00928037436718	-0.220353747694	0.245630538859	0.0462327691028	-0.0648406912284	0.103187983206	-0.0101727808804	-0.0227747301516	0.145832074998	0.0527730052225	0.0881500292217	26.4737172693	25.7853994149	31.1535991759
6	3.54359138071	-1.06681466062	0.0272638814192	5.82136578876	-0.505668205719	1.31824856884	0.00997056861723	0.0545682094222	-0.299457688242	-0.14121510344	-0.0484981327494	0.0641251023668	0.0948980516331	-0.0936225654778	0.0360587702588	0.0836810248186	-0.0197362941322	0.00477700872498	0.128676339662	-0.00558101978064	0.107916906817	-17.3150734836	23.7975943675	23.5095192439
7	1.96196286644	-0.275598114973	-2.78190870382	0.147978304193	0.530209103825	3.86232347352	0.415733771577	0.167425817761	1.36841556621	-0.915866920411	0.138500234122	-0.453631284382	-1.42731525384	-0.0415065261549	-0.319639262761	0.347257629273	-0.00503616186174	0.0782402239939	0.150898359114	-0.0115443191346	0.474415674955	-12.8230707625	46.3575140618	19.2507916786
8	4.76591031002	0.853945490412	0.489083861653	4.26063435712	-0.358855460883	2.46087933806	0.137398800655	-0.483963508809	0.4743476089	0.408636789159	-0.114025135697	-0.0693025571125	-0.348819889454	0.465404106897	-0.0478582214254	0.159971677105	-0.0371130187554	0.00015832123766	0.235320279704	-0.0628950885488	0.142055738	-5.92352867405	40.0288045252	25.067129653
9	2.30625251902	0.419296472345	0.387642520148	5.87254604304	-1.67841729582	1.83845971047	0.0122809609344	-0.52328651607	-0.0967289369807	0.394708953716	0.0255536652647	0.0869545774043	-0.138576304179	0.0829571790333	0.0100793195086	0.123137304273	0.000131238145665	-0.00831379778039	0.221601245809	0.0116097766768	0.0961931369583	-12.0215177479	25.3706064189	30.0575099978
10	2.60899603082	-2.21025494097	-0.321218823319	3.11566969241	1.0262206022	2.15856463248	-0.0206914090305	0.0593501986792	-0.0374098605393	0.132638828634	-0.189784774307	0.393779913761	-0.00697310645986	-0.187030711764	0.226538245403	0.0912286479541	-0.0146368569392	0.0287164567294	0.163739974014	0.0287453095895	0.097143074578	-17.2276501164	34.2718309208	24.0682200593
11	7.49128730655	3.56044703199	0.804575582759	8.12165339186	-0.994302356259	1.58596394435	0.407818674342	-0.537704204747	-0.394185428801	0.575773033953	-0.472089482512	0.0141939779066	0.0303573915137	0.268507587182	0.0757979243309	0.129330593417	0.0183148805023	-0.0162524409719	0.207156918991	-0.0130723567064	0.112503342014	6.31915835181	22.7948541557	19.2416761662
12	4.44270893	1.7574887596	-0.967193051495	6.58014771789	-0.318798632676	1.27707334786	-0.138489203036	0.312588792725	-0.212405153865	-0.188786491792	0.137054158528	-0.206462437781	0.115533529836	0.174356761791	-0.0565156040952	0.112899066755	0.0210455751006	-0.0341304091107	0.254199145919	-0.00262759493506	0.0425658723313	5.6550640353	23.4040085599	10.1561285726
13	1.36067110452	-1.39414817584	-1.18680352129	1.52942574977	1.37773763432	3.50456867804	0.653274609662	0.214647581264	1.51581534658	0.287752368272	-0.121244801741	0.376271870918	-1.23441689187	0.381728583251	-0.307797065186	0.33697478029	-0.0279416582124	0.104695369562	0.229334338173	0.0744545175355	0.549754180509	0.62275308237	46.2597689544	13.7345665824
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精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 14 through 69 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 70 through 79 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 80 through 86 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 87 through 112 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 113 through 134 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 14 through 49 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 50 through 59 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 60 through 86 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 87 through 112 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 113 through 133 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 14 through 25 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 26 through 49 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 50 through 59 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 60 through 69 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 70 through 79 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 80 through 92 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 93 through 102 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 103 through 124 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 125 through 133 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resid 15 through 25 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 26 through 35 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 36 through 49 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 50 through 59 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 60 through 69 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resid 70 through 86 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'D' and (resid 87 through 112 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'D' and (resid 113 through 118 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'D' and (resid 119 through 124 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'D' and (resid 125 through 133 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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