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- PDB-6ygj: small-molecule stabilizer of 14-3-3 and the Carbohydrate Response... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ygj
タイトルsmall-molecule stabilizer of 14-3-3 and the Carbohydrate Response Element Binding Protein (ChREBP) protein-protein interaction
要素
  • (14-3-3 protein beta/alpha) x 2
  • Carbohydrate-responsive element-binding protein
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / 14-3-3 / Stabilizer / protein-protein interaction / ChREBP / small molecule
機能・相同性
機能・相同性情報


carbohydrate response element binding / glucose mediated signaling pathway / PKA-mediated phosphorylation of key metabolic factors / AMPK inhibits chREBP transcriptional activation activity / PP2A-mediated dephosphorylation of key metabolic factors / positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter by glucose / negative regulation of protein dephosphorylation / cytoplasmic sequestering of protein / Tristetraprolin (TTP, ZFP36) binds and destabilizes mRNA / negative regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway ...carbohydrate response element binding / glucose mediated signaling pathway / PKA-mediated phosphorylation of key metabolic factors / AMPK inhibits chREBP transcriptional activation activity / PP2A-mediated dephosphorylation of key metabolic factors / positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter by glucose / negative regulation of protein dephosphorylation / cytoplasmic sequestering of protein / Tristetraprolin (TTP, ZFP36) binds and destabilizes mRNA / negative regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / Butyrate Response Factor 1 (BRF1) binds and destabilizes mRNA / ChREBP activates metabolic gene expression / MTOR signalling / positive regulation of fatty acid biosynthetic process / ARMS-mediated activation / SHOC2 M1731 mutant abolishes MRAS complex function / Gain-of-function MRAS complexes activate RAF signaling / Rap1 signalling / negative regulation of oxidative phosphorylation / Signaling by Hippo / triglyceride homeostasis / vacuolar membrane / lipid biosynthetic process / DNA-binding transcription activator activity / Frs2-mediated activation / positive regulation of catalytic activity / protein kinase inhibitor activity / negative regulation of peptidyl-serine phosphorylation / mTORC1-mediated signalling / Regulation of localization of FOXO transcription factors / phosphoserine residue binding / Activation of BAD and translocation to mitochondria / anatomical structure morphogenesis / fatty acid homeostasis / protein targeting / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex / energy homeostasis / positive regulation of lipid biosynthetic process / SARS-CoV-1 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / RHO GTPases activate PKNs / positive regulation of glycolytic process / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / TP53 Regulates Metabolic Genes / phosphoprotein binding / RAF activation / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / MAP2K and MAPK activation / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / histone deacetylase binding / RNA polymerase II transcription regulator complex / Negative regulation of MAPK pathway / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / melanosome / glucose homeostasis / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor binding / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription regulator complex / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / cadherin binding / protein heterodimerization activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / protein domain specific binding / focal adhesion / negative regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of cell population proliferation / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / perinuclear region of cytoplasm / enzyme binding / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / extracellular exosome / nucleoplasm / identical protein binding / membrane / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Helix-loop-helix DNA-binding domain / 14-3-3 proteins signature 2. / 14-3-3 protein, conserved site / 14-3-3 proteins signature 1. / 14-3-3 protein / 14-3-3 homologues / 14-3-3 domain / 14-3-3 domain superfamily / 14-3-3 protein / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily ...Helix-loop-helix DNA-binding domain / 14-3-3 proteins signature 2. / 14-3-3 protein, conserved site / 14-3-3 proteins signature 1. / 14-3-3 protein / 14-3-3 homologues / 14-3-3 domain / 14-3-3 domain superfamily / 14-3-3 protein / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-OQE / 14-3-3 protein beta/alpha / Carbohydrate-responsive element-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.07 Å
データ登録者Ottmann, C. / Visser, E.J.
資金援助 オランダ, ドイツ, 4件
組織認可番号国
Netherlands Organisation for Scientific Research (NWO)024.001.035 オランダ
Netherlands Organisation for Scientific Research (NWO)016.150.366 オランダ
Netherlands Organisation for Scientific Research (NWO)711.018.003 オランダ
German Research Foundation (DFG)CRC1093 ドイツ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Structure-based evolution of a promiscuous inhibitor to a selective stabilizer of protein-protein interactions.
著者: Sijbesma, E. / Visser, E. / Plitzko, K. / Thiel, P. / Milroy, L.G. / Kaiser, M. / Brunsveld, L. / Ottmann, C.
履歴
登録2020年3月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年9月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 14-3-3 protein beta/alpha
B: Carbohydrate-responsive element-binding protein
F: 14-3-3 protein beta/alpha
I: Carbohydrate-responsive element-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,1376
ポリマ－58,4664
非ポリマー6712
水64936
1
A: 14-3-3 protein beta/alpha
B: Carbohydrate-responsive element-binding protein
ヘテロ分子

F: 14-3-3 protein beta/alpha
I: Carbohydrate-responsive element-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,1376
ポリマ－58,4664
非ポリマー6712
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_565x,y+1,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)98.787, 76.686, 90.289
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 119.220, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 14-3-3 protein beta/alpha / Protein 1054 / Protein kinase C inhibitor protein 1 / KCIP-1


分子量: 26348.631 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: YWHAB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P31946
#2: タンパク質・ペプチド Carbohydrate-responsive element-binding protein / ChREBP / Class D basic helix-loop-helix protein 14 / bHLHd14 / MLX interactor / MLX-interacting ...ChREBP / Class D basic helix-loop-helix protein 14 / bHLHd14 / MLX interactor / MLX-interacting protein-like / WS basic-helix-loop-helix leucine zipper protein / WS-bHLH / Williams-Beuren syndrome chromosomal region 14 protein


分子量: 2768.206 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9NP71
#3: タンパク質 14-3-3 protein beta/alpha / Protein 1054 / Protein kinase C inhibitor protein 1 / KCIP-1


分子量: 26580.928 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: YWHAB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P31946
#4: 化合物 ChemComp-OQE / [2-[2-oxidanylidene-2-(2-phenylethylamino)ethoxy]phenyl]phosphonic acid


分子量: 335.292 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H18NO5P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.81 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1M HEPES (pH 7.1), 30% MPD, 1% PEG 4000, 0.1 M Ni(II)Cl 6H2O

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.07→57.3 Å / Num. obs: 35961 / % possible obs: 99.94 % / 冗長度: 50.51 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 14.8
反射 シェル解像度: 2.07→2.14 Å / Num. unique obs: 3582 / CC1/2: 0.973

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5F74

5f74


解像度: 2.07→57.3 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 31.84
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2771 1778 4.95 %
Rwork0.2209 --
obs0.2237 35948 99.86 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 285.45 Å2 / Biso mean: 77.4586 Å2 / Biso min: 34.51 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.07→57.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4032 0 78 36 4146
Biso mean--76.39 57.42 -
残基数----495
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.07-2.130.3651310.32573270499
2.13-2.190.33991450.291626112756100
2.19-2.260.34751440.272526122756100
2.26-2.340.33711450.268525942739100
2.34-2.430.31941160.255626482764100
2.43-2.540.32451320.262626172749100
2.54-2.680.33141200.257726432763100
2.68-2.850.2881710.246326182789100
2.85-3.060.33331260.253726122738100
3.07-3.370.32551530.245426222775100
3.37-3.860.29591350.211926452780100
3.86-4.860.23311440.183526462790100
4.87-57.30.23791160.209327292845100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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