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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6yge | ||||||
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タイトル | NADase from Aspergillus fumigatus | ||||||
要素 | AfNADase | ||||||
キーワード | HYDROLASE / NAD+ glycohydrolase / NAD / Ca-binding / homodimer / glycoprotein | ||||||
機能・相同性 | Tuberculosis necrotizing toxin / Tuberculosis necrotizing toxin / NAD+ glycohydrolase / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素 / hydrolase activity / extracellular region / metal ion binding / ACETATE ION / Conidial surface nicotinamide adenine dinucleotide glycohydrolase nadA 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Aspergillus fumigatus Af293 (カビ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å | ||||||
データ登録者 | Stromland, O. / Ziegler, M. / Kallio, J.P. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021 タイトル: Discovery of fungal surface NADases predominantly present in pathogenic species. 著者: Stromland, O. / Kallio, J.P. / Pschibul, A. / Skoge, R.H. / Hardardottir, H.M. / Sverkeli, L.J. / Heinekamp, T. / Kniemeyer, O. / Migaud, M. / Makarov, M.V. / Gossmann, T.I. / Brakhage, A.A. / Ziegler, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6yge.cif.gz | 247.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6yge.ent.gz | 174.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6yge.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6yge_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6yge_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6yge_validation.xml.gz | 22.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6yge_validation.cif.gz | 34.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yg/6yge ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yg/6yge | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 BA
#1: タンパク質 | 分子量: 27680.092 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus fumigatus Af293 (カビ) / 遺伝子: AFUA_6G14470 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q4WL81 |
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-糖 , 3種, 6分子
#2: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | ||
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#3: 多糖 | #4: 糖 | |
-非ポリマー , 3種, 480分子
#5: 化合物 | #6: 化合物 | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.06 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 0.1 M sodium acetate, 0.3 M CaCl2 and 20-25% (w/v) PEG 8000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.976 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月9日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.976 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→86 Å / Num. obs: 75947 / % possible obs: 92.77 % / 冗長度: 8.9 % / Biso Wilson estimate: 29.48 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.05886 / Net I/σ(I): 16.49 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.657 Å / Rmerge(I) obs: 1.688 / Mean I/σ(I) obs: 0.71 / Num. unique obs: 7267 / CC1/2: 0.386 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.6→86 Å / SU ML: 0.2178 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.4487
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 39.81 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→86 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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