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万見
- PDB-6yg6: Crystal structure of MKK7 (MAP2K7) covalently bound with type-II ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6yg6
タイトルCrystal structure of MKK7 (MAP2K7) covalently bound with type-II inhibitor TL10-105
要素Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 7
キーワードTRANSFERASE / kinase / kinase inhibitor / MKK7 / MEK7 / MAP2K7 / MAP2K / MEK / JNK signaling / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


JUN kinase kinase activity / regulation of motor neuron apoptotic process / mitogen-activated protein kinase kinase / response to osmotic stress / Fc-epsilon receptor signaling pathway / positive regulation of telomere maintenance / MAP kinase kinase activity / response to tumor necrosis factor / Uptake and function of anthrax toxins / cellular response to interleukin-1 ...JUN kinase kinase activity / regulation of motor neuron apoptotic process / mitogen-activated protein kinase kinase / response to osmotic stress / Fc-epsilon receptor signaling pathway / positive regulation of telomere maintenance / MAP kinase kinase activity / response to tumor necrosis factor / Uptake and function of anthrax toxins / cellular response to interleukin-1 / MAP kinase activity / response to UV / stress-activated MAPK cascade / JNK cascade / JNK (c-Jun kinases) phosphorylation and activation mediated by activated human TAK1 / molecular function activator activity / FCERI mediated MAPK activation / positive regulation of JNK cascade / response to wounding / cellular senescence / cellular response to lipopolysaccharide / response to heat / Oxidative Stress Induced Senescence / protein tyrosine kinase activity / protein phosphatase binding / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / protein serine kinase activity / apoptotic process / protein kinase binding / positive regulation of DNA-templated transcription / enzyme binding / magnesium ion binding / signal transduction / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain profile. ...: / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-OQ8 / Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 7
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Chaikuad, A. / Tan, L. / Wang, J. / Liang, Y. / Gray, N.S. / Knapp, S. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: Cell Chem Biol / 年: 2020
タイトル: Catalytic Domain Plasticity of MKK7 Reveals Structural Mechanisms of Allosteric Activation and Diverse Targeting Opportunities.
著者: Schroder, M. / Tan, L. / Wang, J. / Liang, Y. / Gray, N.S. / Knapp, S. / Chaikuad, A.
履歴
登録2020年3月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年8月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年9月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22020年10月28日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.42024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 7
B: Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,5018
ポリマ－69,9732
非ポリマー1,5286
水2,936163
1
A: Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,6883
ポリマ－34,9871
非ポリマー7022
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,8135
ポリマ－34,9871
非ポリマー8264
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)72.651, 69.934, 73.763
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 119.360, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: SER / End label comp-ID: SER / Refine code: _ / Auth seq-ID: 120 - 419 / Label seq-ID: 6 - 305

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

-
要素

#1: タンパク質 Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 7 / MAPKK 7 / JNK-activating kinase 2 / MAPK/ERK kinase 7 / MEK 7 / Stress-activated protein kinase ...MAPKK 7 / JNK-activating kinase 2 / MAPK/ERK kinase 7 / MEK 7 / Stress-activated protein kinase kinase 4 / SAPKK4 / c-Jun N-terminal kinase kinase 2 / JNKK 2


分子量: 34986.613 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAP2K7, JNKK2, MEK7, MKK7, PRKMK7, SKK4 / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): -R3-pRARE2
参照: UniProt: O14733, mitogen-activated protein kinase kinase
#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-OQ8 / ~{N}-[4-[(4-ethylpiperazin-1-yl)methyl]-3-(trifluoromethyl)phenyl]-4-methyl-3-[2-[[(3~{S})-1-propanoylpyrrolidin-3-yl]amino]pyrimidin-4-yl]oxy-benzamide


分子量: 639.711 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H40F3N7O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 163 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.3 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.2
詳細: 19% PEG3350, 0.15 M ammonium acetate, 0.1 M tris, pH 8.2

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→47.33 Å / Num. obs: 35192 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.3 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.101 / Rpim(I) all: 0.05 / Rrim(I) all: 0.113 / Net I/av σ(I): 4.8 / Net I/σ(I): 10
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allRsym value% possible all
2.15-2.275.10.9060.751170.6590.461.020.90699.9
2.27-2.45.30.611.148220.3020.6840.61100
2.4-2.575.40.3941.745310.1930.4410.394100
2.57-2.785.10.2522.742540.1270.2830.252100
2.78-3.045.40.1594.139170.0780.1780.159100
3.04-3.45.40.1036.235290.050.1150.103100
3.4-3.935.20.0649.331350.0320.0720.06499.9
3.93-4.815.50.05210.426490.0250.0580.05299.9
4.81-6.85.20.0531120770.0260.0590.05399.9
6.8-47.3295.10.0547.811610.0270.0610.05499.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALA3.3.22データスケーリング
REFMAC5.8.0123精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2dyl

2dyl


解像度: 2.15→47.33 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 14.242 / SU ML: 0.181 / SU R Cruickshank DPI: 0.2578 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.258 / ESU R Free: 0.198
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2389 1630 4.6 %RANDOM
Rwork0.2036 ---
obs0.2053 33542 99.92 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 164.97 Å2 / Biso mean: 62.631 Å2 / Biso min: 31.11 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.82 Å20 Å23.1 Å2
2---4.17 Å20 Å2
3----1.92 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.15→47.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4514 0 108 163 4785
Biso mean--51.09 53.77 -
残基数----565
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0194748
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.024636
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3361.976393
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.016310700
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6585567
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.05123.981206
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.62215874
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.5491530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.2685
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0215428
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.021042
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 34370 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.09 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.15→2.206 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.308 128 -
Rwork0.285 2452 -
all-2580 -
obs--99.85 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.8801-0.92-2.57012.80971.32036.9070.0081-0.63160.08990.448-0.0040.08870.2275-0.0725-0.00410.2048-0.0529-0.03570.21790.0590.1214-7.3528-16.774321.1578
21.76230.6187-0.62464.2586-0.31852.32540.0074-0.2777-0.02760.1608-0.006-0.1107-0.12850.0035-0.00130.05980.0032-0.01130.05040.00340.0044-2.79996.106811.4261
34.40241.76751.2077.2011-0.89488.5157-0.04050.7321-0.1925-0.7985-0.0981-0.09010.54530.08750.13870.28780.10730.06570.3191-0.00380.186-28.138-16.462-15.8198
411.0734-5.3576-0.35476.2624-4.43285.9906-0.3390.06691.1790.27420.2361-0.5354-0.15280.06360.1030.79910.0020.03680.8970.01620.601-20.3283-3.0233-30.8739
51.5988-1.5733-1.37145.85830.47163.0348-0.01090.2448-0.2356-0.4786-0.2759-0.16950.21960.32330.28680.15940.0739-0.0340.296-0.02840.1553-32.09162.4179-13.7031
66.05423.1787-8.82821.7386-4.685812.91590.08640.0797-0.07540.0118-0.1729-0.0449-0.15710.05230.08650.6253-0.0661-0.05130.68970.01690.5473-23.972121.4948-22.8429
73.60090.2333-0.88842.9551-1.36544.22070.10270.2348-0.0347-0.1459-0.11330.0254-0.19120.03760.01060.08450.0616-0.02170.1185-0.05640.0966-41.582114.944-11.0478
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A119 - 181
2X-RAY DIFFRACTION2A182 - 419
3X-RAY DIFFRACTION3B120 - 167
4X-RAY DIFFRACTION4B168 - 178
5X-RAY DIFFRACTION5B179 - 307
6X-RAY DIFFRACTION6B308 - 318
7X-RAY DIFFRACTION7B319 - 419

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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