[日本語] English
万見
- PDB-6yes: Crystal structure of type I-D CRISPR-Cas nuclease Cas10d -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6yes
タイトルCrystal structure of type I-D CRISPR-Cas nuclease Cas10d
要素CRISPR-associated protein, CscA
キーワードDNA BINDING PROTEIN / CRISPR / Cas / archaea
機能・相同性metal ion binding / CRISPR-associated protein, CscA
機能・相同性情報
生物種Sulfolobus islandicus LAL14/1 (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.1 Å
データ登録者Brodersen, D.E. / Van, L.B. / Manav, M.C.
資金援助 デンマーク, 2件
組織認可番号国
LundbeckfondenR-287-2018-1555 デンマーク
Novo Nordisk FoundationNNF17OC0028072 デンマーク
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Structural basis for inhibition of an archaeal CRISPR-Cas type I-D large subunit by an anti-CRISPR protein.
著者: Manav, M.C. / Van, L.B. / Lin, J. / Fuglsang, A. / Peng, X. / Brodersen, D.E.
履歴
登録2020年3月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年10月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月2日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed
改定 1.22020年12月9日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.32021年6月30日Group: Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_src_gen ...entity / entity_src_gen / pdbx_refine_tls / pdbx_refine_tls_group
Item: _entity.pdbx_description / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene ..._entity.pdbx_description / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _pdbx_refine_tls.origin_x / _pdbx_refine_tls.origin_y / _pdbx_refine_tls.origin_z / _pdbx_refine_tls_group.beg_auth_asym_id / _pdbx_refine_tls_group.end_auth_asym_id / _pdbx_refine_tls_group.selection_details
改定 1.42024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: CRISPR-associated protein, CscA
B: CRISPR-associated protein, CscA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)195,1074
ポリマ－194,9762
非ポリマー1312
水00
1
A: CRISPR-associated protein, CscA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,5532
ポリマ－97,4881
非ポリマー651
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: CRISPR-associated protein, CscA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,5532
ポリマ－97,4881
非ポリマー651
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)141.430, 141.430, 223.870
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

-
要素

#1: タンパク質 CRISPR-associated protein, CscA


分子量: 97487.953 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Sulfolobus islandicus LAL14/1 (古細菌)
遺伝子: SiL_0609 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: M9U4Y8
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 61 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 90 mM Hepes-NaOH 7 % (w/v) PEG8000 7 % (v/v) Ethylene glycol 1 % (w/v) PEG3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4→91.31 Å / Num. obs: 23124 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 9.5 % / CC1/2: 0.16 / Net I/σ(I): 0.32
反射 シェル解像度: 4.62→4.7 Å / Rmerge(I) obs: 0.52 / Num. unique obs: 674 / CC1/2: 0.4 / % possible all: 100

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6THH

6thh


解像度: 4.1→91.31 Å / SU ML: 0.79 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 44.32 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3703 933 4.8 %
Rwork0.3434 18510 -
obs0.3446 19443 97.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 612.49 Å2 / Biso mean: 263.5912 Å2 / Biso min: 136.24 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 4.1→91.31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12532 0 2 0 12534
Biso mean--271.18 --
残基数----1567
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
4-4.210.41561300.45772343247389
4.21-4.470.42161550.41662598275399
4.47-4.820.44031050.392226672772100
4.82-5.30.39831290.39182667279699
5.31-6.070.41671400.40726662806100
6.07-7.650.39461430.399827092852100
7.65-91.310.32091310.27792860299198
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.83523.32531.70036.9082-2.33086.1498-0.2662-0.3834-0.6959-0.03010.8088-0.49232.0977-0.3802-0.66371.61680.16710.43561.0348-0.00772.5455-51.209-33.54715.693
26.4182-1.29842.33641.0790.17451.25080.1204-0.0970.90090.2689-0.3319-0.575-1.3944-0.27970.0232.269-0.16650.26031.1760.2272.4599-10.204-9.87735.419
32.73280.4810.8321.9464-3.72048.4334-0.25890.3239-0.03420.12140.41040.23960.33640.2347-0.12431.61110.4232-0.01050.64530.0532.3512-44.208-9.088-9.528
43.8944-0.1469-0.84670.8998-1.15314.2955-0.0828-0.68740.4443-0.83670.3113-0.3096-1.4531-1.266-0.36983.6519-0.3811-0.25440.8982-0.14922.8127-60.63638.97813.999
55.4454-2.4541-1.069910.0328-5.7424.53680.7842-2.74111.80850.3925-2.6842-0.8712-0.95996.14331.80523.9358-0.3265-0.23856.034-0.23094.4891-4.71534.668-5.679
63.7053-0.87191.38061.99270.38458.96770.1385-0.44240.0835-0.78640.27970.2007-1.16710.2512-0.44611.5425-0.3125-0.27990.97580.00852.3502-45.43421.31433.173
77.8373-3.29191.33162.812-3.9097.896-0.7744-5.6841-1.24221.27442.11390.08631.3323-4.6696-0.49091.3086-0.5150.1694.8610.56883.5438-57.20212.05664.232
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 14:220 )A14 - 220
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 221:415 )A221 - 415
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 416:847 )A416 - 847
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN B AND RESID 14:258 )B14 - 258
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN B AND RESID 259:384 )B259 - 384
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN B AND RESID 385:770 )B385 - 770
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN B AND RESID 771:844 )B771 - 844

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る