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万見
- PDB-6yek: Crystal structure of human NEMO apo form -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6yek
タイトルCrystal structure of human NEMO apo form
要素Inhibitor of kappa light polypeptide gene enhancer in B-cells, kinase gamma, isoform CRA_b
キーワードPROTEIN BINDING / Cell signaling / NF-kB pathway
機能・相同性
機能・相同性情報


IKBKB deficiency causes SCID / IKBKG deficiency causes anhidrotic ectodermal dysplasia with immunodeficiency (EDA-ID) (via TLR) / SLC15A4:TASL-dependent IRF5 activation / IkappaB kinase complex / establishment of vesicle localization / linear polyubiquitin binding / transferrin receptor binding / IkBA variant leads to EDA-ID / NF-kB activation through FADD/RIP-1 pathway mediated by caspase-8 and -10 / RIP-mediated NFkB activation via ZBP1 ...IKBKB deficiency causes SCID / IKBKG deficiency causes anhidrotic ectodermal dysplasia with immunodeficiency (EDA-ID) (via TLR) / SLC15A4:TASL-dependent IRF5 activation / IkappaB kinase complex / establishment of vesicle localization / linear polyubiquitin binding / transferrin receptor binding / IkBA variant leads to EDA-ID / NF-kB activation through FADD/RIP-1 pathway mediated by caspase-8 and -10 / RIP-mediated NFkB activation via ZBP1 / SUMOylation of immune response proteins / positive regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / anoikis / K63-linked polyubiquitin modification-dependent protein binding / positive regulation of T cell receptor signaling pathway / TRAF6 mediated NF-kB activation / positive regulation of macroautophagy / polyubiquitin modification-dependent protein binding / canonical NF-kappaB signal transduction / signaling adaptor activity / ubiquitin ligase complex / phosphorylation / IRAK1 recruits IKK complex / IRAK1 recruits IKK complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / TICAM1, RIP1-mediated IKK complex recruitment / MAP3K8 (TPL2)-dependent MAPK1/3 activation / IKK complex recruitment mediated by RIP1 / JNK (c-Jun kinases) phosphorylation and activation mediated by activated human TAK1 / TNFR1-induced NF-kappa-B signaling pathway / Regulation of NF-kappa B signaling / activated TAK1 mediates p38 MAPK activation / Activation of NF-kappaB in B cells / Regulation of TNFR1 signaling / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / NOD1/2 Signaling Pathway / response to virus / PKR-mediated signaling / mitotic spindle / CLEC7A (Dectin-1) signaling / spindle pole / FCERI mediated NF-kB activation / Interleukin-1 signaling / Ovarian tumor domain proteases / Downstream TCR signaling / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / kinase activity / T cell receptor signaling pathway / ER-Phagosome pathway / protein-containing complex assembly / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / Ub-specific processing proteases / defense response to bacterium / inflammatory response / immune response / protein heterodimerization activity / protein domain specific binding / innate immune response / ubiquitin protein ligase binding / DNA damage response / apoptotic process / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / C2H2 type zinc-finger / NF-kappa-B essential modulator NEMO, N-terminal / NF-kappa-B essential modulator NEMO / NEMO, Zinc finger / Zinc finger CCHC NOA-type profile. / NF-kappa-B essential modulator NEMO, CC2-LZ domain / Leucine zipper of domain CC2 of NEMO, NF-kappa-B essential modulator
類似検索 - ドメイン・相同性
Inhibitor of kappa light polypeptide gene enhancer in B-cells, kinase gamma, isoform CRA_b / NF-kappa-B essential modulator
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Garcia-Pardo, J. / Akutsu, M. / Busse, P. / Skenderovic, A. / Maculins, T. / Dikic, I.
引用ジャーナル: Cell Chem Biol / 年: 2020
タイトル: Discovery of Protein-Protein Interaction Inhibitors by Integrating Protein Engineering and Chemical Screening Platforms.
著者: Maculins, T. / Garcia-Pardo, J. / Skenderovic, A. / Gebel, J. / Putyrski, M. / Vorobyov, A. / Busse, P. / Varga, G. / Kuzikov, M. / Zaliani, A. / Rahighi, S. / Schaeffer, V. / Parnham, M.J. / ...著者: Maculins, T. / Garcia-Pardo, J. / Skenderovic, A. / Gebel, J. / Putyrski, M. / Vorobyov, A. / Busse, P. / Varga, G. / Kuzikov, M. / Zaliani, A. / Rahighi, S. / Schaeffer, V. / Parnham, M.J. / Sidhu, S.S. / Ernst, A. / Dotsch, V. / Akutsu, M. / Dikic, I.
履歴
登録2020年3月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年3月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Inhibitor of kappa light polypeptide gene enhancer in B-cells, kinase gamma, isoform CRA_b
B: Inhibitor of kappa light polypeptide gene enhancer in B-cells, kinase gamma, isoform CRA_b


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,6642
ポリマ－20,6642
非ポリマー00
水81145
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4370 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area12720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.760, 85.760, 99.010
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number95
Space group name H-MP4322
Space group name HallP4cw2c

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要素

#1: タンパク質 Inhibitor of kappa light polypeptide gene enhancer in B-cells, kinase gamma, isoform CRA_b


分子量: 10331.796 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IKBKG, hCG_2003089 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D3DWY0, UniProt: Q9Y6K9*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 45 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.07 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4 / 詳細: 45% (v/v) ethylene glycol 50mM acetate (pH 4.0)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→85.79 Å / Num. obs: 6469 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.2 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 35.8
反射 シェル解像度: 3.2→3.32 Å / 冗長度: 6.5 % / Mean I/σ(I) obs: 8.2 / Num. unique obs: 638 / CC1/2: 0.987 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
PHENIX1.17.1_3660精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3F89

3f89


解像度: 3.2→85.76 Å / SU ML: 0.6075 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 36.569
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3359 646 9.99 %
Rwork0.2909 --
obs0.2954 6464 99.63 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→85.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1382 0 0 45 1427
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01371390
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.85911858
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0879210
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0119246
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.3265177
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.2-3.450.47691250.4231122X-RAY DIFFRACTION99.84
3.45-3.80.40871250.35271138X-RAY DIFFRACTION99.84
3.8-4.350.37341280.29961151X-RAY DIFFRACTION99.84
4.35-5.480.35991300.29421166X-RAY DIFFRACTION99.77
5.48-85.760.26121380.24511241X-RAY DIFFRACTION98.92

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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