PDB-6yed: E.coli's Putrescine receptor PotF in its open apo state

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6yed

タイトル

E.coli's Putrescine receptor PotF in its open apo state

要素

Putrescine-binding periplasmic protein

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / Periplasmic binding protein / E.coli / open apo

機能・相同性

機能・相同性情報

putrescine binding / putrescine transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / outer membrane-bounded periplasmic space / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli K12 (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.18 Å

データ登録者

Shanmugaratnam, S. / Kroeger, P. / Hocker, B.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2021
タイトル: A comprehensive binding study illustrates ligand recognition in the periplasmic binding protein PotF.
著者: Kroger, P. / Shanmugaratnam, S. / Ferruz, N. / Schweimer, K. / Hocker, B.

履歴

登録	2020年3月24日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年1月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年5月19日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.year
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6yed.cif.gz	345.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6yed.ent.gz	234.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6yed.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6yed_validation.pdf.gz	476.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6yed_full_validation.pdf.gz	484.1 KB	表示
XML形式データ	6yed_validation.xml.gz	29.5 KB	表示
CIF形式データ	6yed_validation.cif.gz	41.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ye/6yed ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ye/6yed	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6ye0C 6ye6C 6ye7C 6ye8C 6yebC 6yecC 1a99S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3ttl-1 5t8p-2 4tsl-d 5t8q-1 6xhk-d 2bgu-d 5xpj-2 2bu3-d 4qse-1 5s33-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#205 - 2017年1月核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex) 類似性 (1) #221 - 2018年5月ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines) 類似性 (1) #243 - 2020年3月電位依存性ナトリウムチャネル (Voltage-gated Sodium Channels) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Putrescine-binding periplasmic protein

B: Putrescine-binding periplasmic protein

ヘテロ分子

80.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Putrescine-binding periplasmic protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
40.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Putrescine-binding periplasmic protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
40.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	76.220, 53.450, 88.130
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 111.593, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Putrescine-binding periplasmic protein 分子量: 39370.531 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K12 (大腸菌) / 遺伝子: potF, b0854, JW0838 / プラスミド: pET21b(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P31133

-
非ポリマー , 5種, 332分子

#2: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 307 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.12 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.98 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.2 / 詳細: 0.1 M Tris pH 7.2, 0.2 M NaCl, 35% PEG 3000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月12日
放射	モノクロメーター: DCM Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.18→45.9 Å / Num. obs: 67443 / % possible obs: 99.95 % / 冗長度: 10.9 % / B_iso Wilson estimate: 29.95 Å² / CC_1/2: 0.997 / CC star: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.1565 / R_pim(I) all: 0.04914 / R_rim(I) all: 0.1642 / Net I/σ(I): 13.39
反射シェル	解像度: 2.18→2.258 Å / 冗長度: 9.7 % / R_merge(I) obs: 0.9698 / Mean I/σ(I) obs: 4.65 / Num. unique obs: 3433 / CC_1/2: 0.871 / CC star: 0.965 / R_pim(I) all: 0.3195 / R_rim(I) all: 1.023 / % possible all: 99.91

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MxCuBE		データ収集
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
XDS	20180126	データ削減
XDS	20180126	データスケーリング
PHASER	2.8.1	位相決定
XSCALE	20180126	データスケーリング
Coot	0.8.9.2	モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1A99

1a99

解像度: 2.18→45.9 Å / SU ML: 0.3091 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 29.6271

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.273	3852	5.71 %	Random selection
R_work	0.2277	-	-	-
obs	0.2303	67443	99.92 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 43.22 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.18→45.9 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5360	0	115	307	5782

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0019	5613
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.4961	7594
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0426	830
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0034	977
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.5881	776

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.18-2.21	0.3314	138	0.3106	2270	X-RAY DIFFRACTION	99.18
2.21-2.23	0.3773	145	0.3396	2284	X-RAY DIFFRACTION	99.71
2.23-2.26	0.338	108	0.326	2248	X-RAY DIFFRACTION	99.83
2.26-2.29	0.3706	154	0.3315	2216	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.29-2.33	0.3906	132	0.3205	2354	X-RAY DIFFRACTION	100
2.33-2.36	0.3341	132	0.3136	2228	X-RAY DIFFRACTION	100
2.36-2.4	0.3676	135	0.2969	2295	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4-2.44	0.2881	147	0.2803	2312	X-RAY DIFFRACTION	100
2.44-2.48	0.2576	149	0.273	2184	X-RAY DIFFRACTION	100
2.48-2.53	0.3204	119	0.2737	2344	X-RAY DIFFRACTION	100
2.53-2.57	0.3613	138	0.2736	2276	X-RAY DIFFRACTION	100
2.57-2.63	0.2939	153	0.288	2209	X-RAY DIFFRACTION	100
2.63-2.68	0.3298	132	0.273	2301	X-RAY DIFFRACTION	99.92
2.68-2.75	0.4077	129	0.2726	2293	X-RAY DIFFRACTION	100
2.75-2.81	0.308	156	0.2736	2260	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.82-2.89	0.3358	149	0.2605	2244	X-RAY DIFFRACTION	100
2.89-2.98	0.3292	109	0.2726	2322	X-RAY DIFFRACTION	100
2.98-3.07	0.3191	161	0.2636	2207	X-RAY DIFFRACTION	99.87
3.07-3.18	0.2858	130	0.2497	2282	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.18-3.31	0.2796	137	0.2211	2297	X-RAY DIFFRACTION	100
3.31-3.46	0.2882	135	0.2256	2299	X-RAY DIFFRACTION	100
3.46-3.64	0.2581	124	0.2066	2244	X-RAY DIFFRACTION	100
3.64-3.87	0.2534	154	0.2025	2275	X-RAY DIFFRACTION	100
3.87-4.17	0.2133	133	0.1844	2250	X-RAY DIFFRACTION	99.92
4.17-4.59	0.2032	154	0.1624	2258	X-RAY DIFFRACTION	99.88
4.59-5.25	0.2008	138	0.1523	2291	X-RAY DIFFRACTION	100
5.25-6.61	0.2504	140	0.1938	2272	X-RAY DIFFRACTION	99.92
6.62-45.9	0.1752	121	0.1569	2276	X-RAY DIFFRACTION	99.71

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.28444989991	0.22872650932	0.0678705178667	2.4049112405	0.2426379947	0.483525779242	-0.0578729686057	0.0842942422018	-0.0223827322983	-0.171992902906	0.041224085436	0.0566710485539	-0.0146340179015	-0.0846620990966	-0.0020050380758	0.253157400701	-0.00698924803389	-0.0107343725169	0.105133339039	-0.0242345333213	0.203505280052	4.53223366733	-11.1388351315	38.4120870036
2	0.350270942333	-0.317009129799	0.546470070462	1.55823986256	-0.582154076081	0.890849254144	0.0471240415878	-0.257048420583	0.0527940090199	-0.014197258836	-0.151440385495	-0.198094805761	-0.0652410237127	-0.118025184235	-0.0131557615783	0.227260742154	0.0770848592271	0.049552876561	0.78245009598	0.146608164383	0.303817001688	-11.3895098736	-21.5254573933	77.0512959035

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain 'A' and resid 29 through 369)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain 'B' and resid 29 through 369)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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