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万見
- PDB-6ye5: Structure of ribosomal binding factor A RbfA of Staphylococcus au... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ye5
タイトルStructure of ribosomal binding factor A RbfA of Staphylococcus aureus bacterium by NMR
要素Ribosome-binding factor A
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Protein synthesis / heterologous protein expression / spatial structure of protein / Staphylococcus aureus / protein chromatography
機能・相同性Ribosome-binding factor A, conserved site / Ribosome-binding factor A signature. / Ribosome-binding factor A / Ribosome-binding factor A domain superfamily / Ribosome-binding factor A / maturation of SSU-rRNA / K homology domain-like, alpha/beta / cytoplasm / Ribosome-binding factor A
機能・相同性情報
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法溶液NMR / molecular dynamics
データ登録者Blokhin, D.S. / Usachev, K.S. / Bikmullin, A.G. / Nurullina, L. / Garaeva, N. / Validov, S. / Klochkov, V. / Aganov, A. / Khusainov, I. / Yusupov, M.
資金援助 ロシア, 1件
組織認可番号国
Russian Foundation for Basic Research18-34-00375 ロシア
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of ribosomal binding factor A RbfA of Staphylococcus aureus bacterium by NMR
著者: Blokhin, D.S. / Usachev, K.S. / Bikmullin, A.G. / Nurullina, L. / Garaeva, N. / Validov, S. / Klochkov, V. / Aganov, A. / Khusainov, I. / Yusupov, M.
履歴
登録2020年3月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年3月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.22024年6月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribosome-binding factor A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,6901
ポリマ－13,6901
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area7680 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 1000structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Ribosome-binding factor A


分子量: 13689.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: rbfA, BN1321_240118, BTN44_06340, C7P97_08595, CSC83_12510, CSC87_08335, E3A28_02265, EP54_08770, EQ90_07890, ERS072840_01353, FQP72_08125, FVP29_01140, M1K003_0111, NCTC10654_01314, ...遺伝子: rbfA, BN1321_240118, BTN44_06340, C7P97_08595, CSC83_12510, CSC87_08335, E3A28_02265, EP54_08770, EQ90_07890, ERS072840_01353, FQP72_08125, FVP29_01140, M1K003_0111, NCTC10654_01314, NCTC5664_02210, NCTC7878_01827, NCTC7988_01282, RK64_06775
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: W8UYA0

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
112isotropic13D HNHA
122isotropic13D HNHB
132isotropic13D 1H-15N TOCSY
141isotropic13D HNCA
151isotropic13D HN(CA)CB
1121isotropic13D CBCA(CO)NH
1111isotropic13D HNCO
1101isotropic13D C(CO)NH
191isotropic13D HN(CO)CA
181isotropic12D 1H-13C HSQC
172isotropic12D 1H-15N HSQC
161isotropic13D 1H-15N NOESY
1132isotropic12D 1H-1H NOESY
1141isotropic13D 1H-13C NOESY aliphatic

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution11.7 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] ribosome Binding Factor A, 95% H2O/5% D2O13C_15N_sample95% H2O/5% D2O
solution20.9 mM [U-99% 15N] ribosome Binding Factor A, 95% H2O/5% D2O15N_sample95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.7 mMribosome Binding Factor A[U-99% 13C; U-99% 15N]1
0.9 mMribosome Binding Factor A[U-99% 15N]2
試料状態イオン強度: 0 Not defined / Label: conditions_1 / pH: 7.4 / 圧: 1 atm / 温度: 308 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE III / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III / 磁場強度: 700 MHz / 詳細: CryoProbe 1H/31P/13C/15N

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNSBrunger A. T. et.al.chemical shift assignment
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clorestructure calculation
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxデータ解析
TopSpin3.5Bruker Biospin解析
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 2
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 1000 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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