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万見
- PDB-6ydr: Crystal structure of Mengla Virus VP30 C-terminal domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ydr
タイトルCrystal structure of Mengla Virus VP30 C-terminal domain
要素Minor nucleoprotein VP30
キーワードVIRAL PROTEIN / Transcription Factor
機能・相同性
機能・相同性情報


viral nucleocapsid / host cell cytoplasm / RNA binding / zinc ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) - #1160 / Transcriptional activator VP30, Filoviridae type / Ebola virus-specific transcription factor VP30 / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcriptional activator VP30
類似検索 - 構成要素
生物種Mengla dianlovirus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.34 Å
データ登録者Tomas Gilabert, O. / Ferrero, D.S. / Verdaguer, N.
資金援助 スペイン, 1件
組織認可番号国
Spanish Ministry of Economy and CompetitivenessBIO2017-83906-P スペイン
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Mengla Virus VP30 C-terminal domain
著者: Tomas Gilabert, O. / Ferrero, D.S. / Verdaguer, N.
履歴
登録2020年3月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年4月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Minor nucleoprotein VP30
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,9363
ポリマ－16,7481
非ポリマー1882
水2,738152
1
A: Minor nucleoprotein VP30
ヘテロ分子

A: Minor nucleoprotein VP30
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,8726
ポリマ－33,4962
非ポリマー3764
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555-y,-x,-z+1/31
Buried area4510 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area12680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.062, 73.062, 53.459
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number153
Space group name H-MP3212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-401-

HOH

21A-443-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Minor nucleoprotein VP30


分子量: 16747.809 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mengla dianlovirus (ウイルス) / 遺伝子: VP30 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A3S8UVN5
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 152 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.08 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2M Ammonium Sulfate , 0.1M Sodium, Acetate pH4.6, 25% PEG4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.34→40.87 Å / Num. obs: 36367 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.4 % / CC1/2: 0.993 / CC star: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.06541 / Rpim(I) all: 0.03027 / Rrim(I) all: 0.07254 / Net I/σ(I): 16.27
反射 シェル解像度: 1.344→1.392 Å / Rmerge(I) obs: 0.4376 / Mean I/σ(I) obs: 2.82 / Num. unique obs: 3598 / CC1/2: 0.852 / CC star: 0.959 / Rpim(I) all: 0.2158 / Rrim(I) all: 0.4909

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5T3W

5t3w


解像度: 1.34→40.87 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.981 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.975 / SU B: 1.185 / SU ML: 0.022 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.04 / ESU R Free: 0.04 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.15496 1792 4.9 %RANDOM
Rwork0.12705 ---
obs0.12848 34575 99.88 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.282 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.5 Å2-0.25 Å2-0 Å2
2---0.5 Å20 Å2
3---1.62 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.34→40.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1008 0 11 152 1171
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0191104
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021018
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3251.8881515
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2882.9252381
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.7655150
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.22825.20848
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.73715200
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.829156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0940.2182
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021251
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02211
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.2461.838552
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.9941.826551
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.4722.757700
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.4882.768701
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it9.9822.555552
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other9.9272.555549
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other9.1813.573804
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.00325.0111357
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.53224.1991319
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr6.1432120
LS精密化 シェル解像度: 1.344→1.379 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.286 117 -
Rwork0.275 2542 -
obs--98.92 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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