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万見
- PDB-6ydm: beta-phosphoglucomutase from Lactococcus lactis with citrate, tri... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ydm
タイトルbeta-phosphoglucomutase from Lactococcus lactis with citrate, tris and acetate bound
要素Beta-phosphoglucomutase
キーワードISOMERASE / cis-trans proline isomerization / allomorphy / phosphoryl transfer / citrate
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-phosphoglucomutase / beta-phosphoglucomutase activity / carbohydrate metabolic process / magnesium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Beta-phosphoglucomutase / Beta-phosphoglucomutase hydrolase / : / Putative phosphatase; domain 2 / Phosphoglycolate phosphatase-like, domain 2 / HAD hydrolase, subfamily IA / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD superfamily / HAD-like superfamily / DNA polymerase; domain 1 ...Beta-phosphoglucomutase / Beta-phosphoglucomutase hydrolase / : / Putative phosphatase; domain 2 / Phosphoglycolate phosphatase-like, domain 2 / HAD hydrolase, subfamily IA / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD superfamily / HAD-like superfamily / DNA polymerase; domain 1 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / CITRIC ACID / 1,3-PROPANDIOL / Beta-phosphoglucomutase
類似検索 - 構成要素
生物種Lactococcus lactis subsp. lactis (乳酸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Wood, H.P. / Cruz-Navarrete, F.A. / Baxter, N.J. / Trevitt, C.R. / Robertson, A.J. / Dix, S.R. / Hounslow, A.M. / Cliff, M.J. / Waltho, J.P.
資金援助 英国, メキシコ, 6件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)X/009906-20-26 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/M021637/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/S007965/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/P007066/1 英国
Consejo Nacional de Ciencia y Tecnologia (CONACYT)472448 メキシコ
Royal SocietyR/152968 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Allomorphy as a mechanism of post-translational control of enzyme activity.
著者: Wood, H.P. / Cruz-Navarrete, F.A. / Baxter, N.J. / Trevitt, C.R. / Robertson, A.J. / Dix, S.R. / Hounslow, A.M. / Cliff, M.J. / Waltho, J.P.
履歴
登録2020年3月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年10月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年11月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-phosphoglucomutase
B: Beta-phosphoglucomutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,09810
ポリマ－48,4792
非ポリマー6198
水3,351186
1
A: Beta-phosphoglucomutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,5915
ポリマ－24,2401
非ポリマー3524
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Beta-phosphoglucomutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,5075
ポリマ－24,2401
非ポリマー2684
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)53.130, 76.640, 117.260
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン: (詳細: Chains A B)

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Beta-phosphoglucomutase / Beta-PGM


分子量: 24239.594 Da / 分子数: 2 / 変異: K125R, Y206H / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lactococcus lactis subsp. lactis (strain IL1403) (乳酸菌)
遺伝子: pgmB, LL0429, L0001 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P71447, beta-phosphoglucomutase

-
非ポリマー , 7種, 194分子

#2: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物 ChemComp-PDO / 1,3-PROPANDIOL / 1,3-プロパンジオ-ル


分子量: 76.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O2
#6: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: pH緩衝剤*YM
#7: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 186 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 9.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 87.52 % / 解説: Rod shaped.
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG 4000, sodium acetate (200 mM), TRIS (100 mM), HEPES (50 mM), magnesium chloride (5 mM), EDTA (1 mM), sodium azide (2 mM), trisodium citrate (50 mM), beta-phosphoglucomutase (0.6 mM)
PH範囲: 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97179 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97179 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→117.3 Å / Num. obs: 27995 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 8.6 % / Biso Wilson estimate: 24.2 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.033 / Rrim(I) all: 0.098 / Net I/σ(I): 13.7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.1-2.167.60.5363.720950.8990.1980.57490.1
8.91-46.577.50.02930.533490.9990.0110.04598.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.8.0257精密化
XDSデータ削減
xia2データスケーリング
MOLREP位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2WHE

2whe


解像度: 2.1→46.61 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9 / SU B: 11.717 / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.27 / ESU R Free: 0.23 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2897 1349 4.827 %RANDOM
Rwork0.2299 ---
all0.233 ---
obs-27947 97.332 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 31.766 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.242 Å20 Å20 Å2
2--2.269 Å20 Å2
3----2.027 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→46.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3374 0 40 186 3600
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0133472
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0173319
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4821.6314695
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3021.5857717
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6285438
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.01924.371167
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.72215607
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.7031514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0680.2455
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.023869
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02653
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2130.2669
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1780.22985
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1590.21681
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0760.21577
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.190.2157
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1590.214
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1450.255
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1880.214
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.1482.0541755
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.0642.0491751
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.7953.0682187
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.7953.0692188
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.832.3851717
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.832.3861718
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.093.452507
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.0893.4512508
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it5.48824.9663771
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other5.4924.9763772
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_10.0790.056755
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.1540.369880.2831767X-RAY DIFFRACTION89.1827
2.154-2.2130.281860.2611821X-RAY DIFFRACTION92.2593
2.213-2.2780.341780.2441773X-RAY DIFFRACTION94.3906
2.278-2.3480.284820.2341752X-RAY DIFFRACTION95.3222
2.348-2.4250.307850.2161726X-RAY DIFFRACTION97.0525
2.425-2.510.25710.2121737X-RAY DIFFRACTION99.6692
2.51-2.6040.266940.1971636X-RAY DIFFRACTION99.2542
2.604-2.7110.274920.2251578X-RAY DIFFRACTION99.1686
2.711-2.8310.315910.2351542X-RAY DIFFRACTION99.3914
2.831-2.9690.257760.2321445X-RAY DIFFRACTION98.8947
2.969-3.130.285710.2281404X-RAY DIFFRACTION99.1263
3.13-3.3190.29580.2271346X-RAY DIFFRACTION99.9288
3.319-3.5480.323600.2341252X-RAY DIFFRACTION99.3939
3.548-3.8320.284740.2321159X-RAY DIFFRACTION99.5157
3.832-4.1980.253520.2151080X-RAY DIFFRACTION99.8236
4.198-4.6930.229480.206996X-RAY DIFFRACTION99.2395
4.693-5.4170.331500.221871X-RAY DIFFRACTION99.3528
5.417-6.6310.248440.268762X-RAY DIFFRACTION99.8761
6.631-9.3630.365310.23594X-RAY DIFFRACTION98.5804
9.363-46.610.359180.265357X-RAY DIFFRACTION98.6842
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.1314-0.439-0.44711.20050.0241.98570.10860.3099-0.1607-0.1429-0.0671-0.06210.148-0.0495-0.04140.03690.0141-0.01430.0479-0.01610.04545.0895-22.1546-12.8184
22.50060.6871-0.64251.2323-0.24881.31090.1264-0.3404-0.07160.1612-0.09070.02360.0220.0148-0.03580.0373-0.0153-0.01810.05350.00530.02961.0178-22.3217-45.6037
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelectionAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1ALLA*1 - 219
2X-RAY DIFFRACTION2ALLB*1 - 219

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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