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- PDB-6ydj: P146A variant of beta-phosphoglucomutase from Lactococcus lactis ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ydj
タイトルP146A variant of beta-phosphoglucomutase from Lactococcus lactis in complex with glucose 6-phosphate and trifluoromagnesate
要素Beta-phosphoglucomutase
キーワードISOMERASE / transition-state analogue / cis-trans proline isomerization / allomorphy / phosphoryl transfer
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-phosphoglucomutase / beta-phosphoglucomutase activity / carbohydrate metabolic process / magnesium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Beta-phosphoglucomutase / Beta-phosphoglucomutase hydrolase / : / Phosphoglycolate phosphatase-like, domain 2 / HAD hydrolase, subfamily IA / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD superfamily / HAD-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
6-O-phosphono-beta-D-glucopyranose / TRIFLUOROMAGNESATE / 1,3-PROPANDIOL / Beta-phosphoglucomutase
類似検索 - 構成要素
生物種Lactococcus lactis subsp. lactis (乳酸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.04 Å
データ登録者Wood, H.P. / Cruz-Navarrete, F.A. / Baxter, N.J. / Trevitt, C.R. / Robertson, A.J. / Dix, S.R. / Hounslow, A.M. / Cliff, M.J. / Waltho, J.P.
資金援助 英国, メキシコ, 6件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)X/009906-20-26 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/M021637/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/S007965/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/P007066/1 英国
Consejo Nacional de Ciencia y Tecnologia (CONACYT)472448 メキシコ
Royal SocietyR/152968 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Allomorphy as a mechanism of post-translational control of enzyme activity.
著者: Wood, H.P. / Cruz-Navarrete, F.A. / Baxter, N.J. / Trevitt, C.R. / Robertson, A.J. / Dix, S.R. / Hounslow, A.M. / Cliff, M.J. / Waltho, J.P.
履歴
登録2020年3月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年10月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年11月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-phosphoglucomutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,7407
ポリマ－24,2141
非ポリマー5276
水3,765209
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1350 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area10170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)37.080, 54.250, 104.320
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質 Beta-phosphoglucomutase / Beta-PGM


分子量: 24213.557 Da / 分子数: 1 / 変異: P146A, K125R, Y206H / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lactococcus lactis subsp. lactis (strain IL1403) (乳酸菌)
遺伝子: pgmB, LL0429, L0001 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P71447, beta-phosphoglucomutase
#2: 糖 ChemComp-BG6 / 6-O-phosphono-beta-D-glucopyranose / BETA-D-GLUCOSE-6-PHOSPHATE / 6-O-phosphono-beta-D-glucose / 6-O-phosphono-D-glucose / 6-O-phosphono-glucose / β-D-グルコピラノ-ス6-りん酸


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 260.136 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H13O9P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
b-D-Glcp6PO3IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

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非ポリマー , 6種, 214分子

#3: 化合物 ChemComp-MGF / TRIFLUOROMAGNESATE / トリフルオロマグネサ-ト


分子量: 81.300 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: F3Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 化合物 ChemComp-PDO / 1,3-PROPANDIOL / 1,3-プロパンジオ-ル


分子量: 76.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O2
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 209 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.3 % / 解説: Large plates
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG 4000 (32% w/v), sodium acetate (200 mM), TRIS (100 mM), HEPES (13 mM), magnesium chloride (5 mM), EDTA (200 uM), sodium azide (500 uM), sodium fluoride (15 mM), glucose 6-phosphate (10 mM) ...詳細: PEG 4000 (32% w/v), sodium acetate (200 mM), TRIS (100 mM), HEPES (13 mM), magnesium chloride (5 mM), EDTA (200 uM), sodium azide (500 uM), sodium fluoride (15 mM), glucose 6-phosphate (10 mM), beta-phosphoglucomutase (0.4 mM)
PH範囲: 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.91587 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91587 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.04→54.25 Å / Num. obs: 101730 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 7.445 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Rpim(I) all: 0.028 / Rrim(I) all: 0.073 / Net I/σ(I): 12.4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
1.04-1.064.41.1381.150210.5440.6091.29599.3
2.82-54.326.946.5546210.0140.036100

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation6.14 Å52.16 Å
Translation6.14 Å52.16 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
xia2データスケーリング
PHASER2.6.1位相決定
REFMAC5.8.0189精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2WF5

2wf5


解像度: 1.04→52.21 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.975 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.967 / SU B: 0.753 / SU ML: 0.017 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.025 / ESU R Free: 0.025
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1685 5041 5 %RANDOM
Rwork0.1497 ---
obs0.1506 96597 99.81 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 87.64 Å2 / Biso mean: 12.63 Å2 / Biso min: 5.79 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å20 Å20 Å2
2---0.36 Å20 Å2
3---0.37 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.04→52.21 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1678 0 31 209 1918
Biso mean--10.45 24.02 -
残基数----218
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0191765
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.021697
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4731.9922396
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.90833954
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.255229
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.79125.65876
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.44915311
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg24.108157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.2278
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0211946
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02325
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.05733462
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free22.6355139
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded6.59753502
LS精密化 シェル解像度: 1.04→1.067 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.332 390 -
Rwork0.317 6992 -
all-7382 -
obs--99.23 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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