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- PDB-6ycs: Human Transcription Cofactor PC4 DNA-binding domain in complex wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ycs
タイトルHuman Transcription Cofactor PC4 DNA-binding domain in complex with full phosphorothioate 5-10-5 2'-O-methyl DNA gapmer antisense oligonucleotide.
要素
  • (DNA (5'-D(P*(OKQ))-D(P*(OKT))-R(P*(RFJ))- ...) x 2
  • PC4 protein
キーワードTRANSCRIPTION / DNA binding / phosphorothioate DNA / 2'-O-methyl / ASO
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of DNA metabolic process / DNA-binding transcription factor binding => GO:0140297 / negative regulation of DNA duplex unwinding / RNA polymerase II promoter clearance / SMAD protein signal transduction / DNA duplex unwinding / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / DNA helicase activity / protein homooligomerization / single-stranded DNA binding ...negative regulation of DNA metabolic process / DNA-binding transcription factor binding => GO:0140297 / negative regulation of DNA duplex unwinding / RNA polymerase II promoter clearance / SMAD protein signal transduction / DNA duplex unwinding / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / DNA helicase activity / protein homooligomerization / single-stranded DNA binding / double-stranded DNA binding / transcription regulator complex / transcription coactivator activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleolus / RNA binding / extracellular exosome / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
RNA polymerase II transcriptional coactivator Sub1/Tcp4-like / Transcriptional coactivator p15 (PC4), C-terminal / Transcriptional Coactivator p15 (PC4) / Transcriptional Coactivator Pc4; Chain A / ssDNA-binding transcriptional regulator / Transcriptional Co-activator pc4; Chain A / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Activated RNA polymerase II transcriptional coactivator p15 / Activated RNA polymerase II transcriptional coactivator p15
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.05 Å
データ登録者Hyjek-Skladanowska, M. / Vickers, T.A. / Napiorkowska, A. / Anderson, B. / Tanowitz, M. / Crooke, S.T. / Liang, X. / Seth, P.P. / Nowotny, M.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2020
タイトル: Origins of the Increased Affinity of Phosphorothioate-Modified Therapeutic Nucleic Acids for Proteins.
著者: Hyjek-Skladanowska, M. / Vickers, T.A. / Napiorkowska, A. / Anderson, B.A. / Tanowitz, M. / Crooke, S.T. / Liang, X.H. / Seth, P.P. / Nowotny, M.
履歴
登録2020年3月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年4月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年5月6日Group: Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 2.02020年11月11日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_poly / entity_poly_seq / ndb_struct_conf_na / ndb_struct_na_base_pair / ndb_struct_na_base_pair_step / pdbx_entity_instance_feature / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_entity_src_syn / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_polymer_linkage / pdbx_validate_rmsd_angle / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_alt_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.label_seq_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_entity_instance_feature.auth_comp_id / _pdbx_entity_instance_feature.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_seq_num / _pdbx_poly_seq_scheme.entity_id / _pdbx_poly_seq_scheme.mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_ins_code / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_ins_code / _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_seq_id / _struct_asym.entity_id / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id / _struct_site.pdbx_num_residues / _struct_site_gen.auth_asym_id / _struct_site_gen.auth_comp_id / _struct_site_gen.auth_seq_id / _struct_site_gen.label_asym_id / _struct_site_gen.label_comp_id / _struct_site_gen.label_seq_id / _struct_site_gen.pdbx_num_res / _struct_site_gen.site_id / _struct_site_gen.symmetry
改定 2.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PC4 protein
B: PC4 protein
C: PC4 protein
D: PC4 protein
E: DNA (5'-D(P*(OKQ))-D(P*(OKT))-R(P*(RFJ))-D(*(OKQ)P*(OKT)P*(AS)P*(GS)P*(OKN)P*(OKN)P*(PST)P*(OKN)P*(PST)P*(GS)P*(GS)P*(AS)P*(OKT)P*(OKT))-3')
F: DNA (5'-D(P*(OKQ))-D(P*(OKT))-R(P*(RFJ))-D(*(OKQ)P*(OKT)P*(AS)P*(GS)P*(OKN)P*(OKN)P*(PST)P*(OKN)P*(PST)P*(GS)P*(GS)P*(AS)P*(OKT)P*(OKT))-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,7518
ポリマ－45,6326
非ポリマー1192
水21612
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)102.143, 102.143, 83.813
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Space group name HallP4nw2abw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+3/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+1/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+3/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
PC4 protein / SUB1 homolog (S. cerevisiae) / isoform CRA_a / cDNA / FLJ92014 / highly similar to Homo sapiens ...SUB1 homolog (S. cerevisiae) / isoform CRA_a / cDNA / FLJ92014 / highly similar to Homo sapiens SUB1 homolog (S. cerevisiae) (SUB1) / mRNA


分子量: 8468.684 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PC4, SUB1, hCG_1781938 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6IBA2, UniProt: P53999*PLUS

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DNA (5'-D(P*(OKQ))-D(P*(OKT))-R(P*(RFJ))- ... , 2種, 2分子 EF

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*(OKQ))-D(P*(OKT))-R(P*(RFJ))-D(*(OKQ)P*(OKT)P*(AS)P*(GS)P*(OKN)P*(OKN)P*(PST)P*(OKN)P*(PST)P*(GS)P*(GS)P*(AS)P*(OKT)P*(OKT))-3')


分子量: 5958.572 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(P*(OKQ))-D(P*(OKT))-R(P*(RFJ))-D(*(OKQ)P*(OKT)P*(AS)P*(GS)P*(OKN)P*(OKN)P*(PST)P*(OKN)P*(PST)P*(GS)P*(GS)P*(AS)P*(OKT)P*(OKT))-3')


分子量: 5798.595 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 3種, 14分子

#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.37 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.2 M LiSO4, 0.1 M BIS-TRIS pH 6.5, 21% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.91841
21
反射解像度: 3.05→45.68 Å / Num. obs: 8900 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 25 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.184 / Net I/σ(I): 17.76
反射 シェル解像度: 3.05→3.23 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.92 / Num. unique obs: 1401 / CC1/2: 0.72 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2C62

2c62


解像度: 3.05→45.68 Å / SU ML: 0.4392 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 33.3719
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3175 445 5.01 %
Rwork0.2378 --
obs0.2415 8886 99.85 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 88.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.05→45.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2063 0 586 12 2661
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00343330
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.82584594
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0435486
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0053427
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d31.8353394
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.05-3.490.35141450.28392752X-RAY DIFFRACTION99.93
3.49-4.40.33041460.23422777X-RAY DIFFRACTION100
4.4-45.680.30221540.22832912X-RAY DIFFRACTION99.64
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.7804595526.08733007887-4.593442568288.48751395746-4.051262388633.6690789821-0.256323392846-0.122821273473-0.973199245672-1.085933669750.41747143832-1.662540305380.521949407733-0.152233322523-0.02072259638590.8196867135870.03040186702650.08321766168570.674403244198-0.06494939744870.64365420523516.2182172175-35.312761057214.4639862869
23.915588812852.120610876085.640143797582.00994127452.23643057517.82263565512-0.0951708690210.202149680269-0.3738865824090.945625322749-0.135881277936-0.165761277570.5590771929162.06937293106-0.02348149758080.7206071499050.0592456457090.04954741448040.839766597643-0.004694263832840.69646027611613.9436622658-34.623400697218.7704484919
38.3803073849-4.25677921777-6.692287573027.830768617693.855296227032.009053655391.991248456943.601793287431.122527373030.05338600119041.493460161030.230118191960.6514466424570.180967158185-0.5061721916871.20717014255-0.2315804148550.4117513571812.73295488083-0.322079132970.76039857213327.2575184646-30.295247251727.6599247969
46.043830236950.4582402792837.761750994471.45869389488-0.1363856859239.968729718890.460259940009-0.329217098003-0.1572344691040.708853475739-0.28516645401-0.5866550679750.105486172113-0.318525129471-0.09596947627410.7152586693410.05954698547070.1371577849340.796719001188-0.1385945423030.51455993997111.600002941-33.14616512521.3860119934
53.343168448691.03894779188-2.816796907996.94748209883-4.524172724736.57268151385-1.497681173530.26178030622-2.35997963807-1.236350642270.4048905678120.4194001924262.11760842428-0.374176285433-0.6284649013080.984673256475-0.3368291362120.1047687629790.954054539998-0.09442967009320.8146035032292.04915369358-37.2875356976.75069766214
69.836712770223.917077715470.6726581403878.011627025414.073274608322.342542405220.5817905467763.158620678080.2943189006231.7062651649-0.7467241984780.540293853087-1.13202373140.523356435143-0.3006268515530.924914316287-0.0981589278036-0.09778806281641.059296155350.2820787627470.556910873053-1.6644385348-22.85824892764.77803683504
77.491167586186.45954116872-5.253683689396.75213933115-5.347073255964.23301311492-1.311331708691.744242344720.433809985460.2112439862011.961116410560.556643865761-0.554257023036-1.58737267646-0.9068255936840.857755298719-0.0561681665214-0.2507017198141.0146566946-0.0008478517342820.774267920092-5.86016240908-30.55520834712.5607860245
88.276577897650.44054187849-1.520957346511.860284882920.9896039983164.71514118986-0.1087778423820.8600667522451.263910504053.272679081830.3531383916631.083616167910.135956991481-0.400160182227-0.4818140826250.728606770445-0.011274598282-0.08450918171040.6637176555430.1259160472150.740573622822-1.26056632084-23.297627466115.9719127845
96.547619496413.55529760111.402760899283.78252137354-3.312337017628.59301336965-0.424714271712-0.0910166887295-0.1703666248342.047076690320.469261824895-0.489467059493-1.10486799389-0.666911795213-0.2867957782520.7166028329250.05243814631490.09201265499140.644524464420.02681801656590.672906174552-0.368345055177-28.314379149919.5737052361
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
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5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 107 through 115 )
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8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 70 through 79 )
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20X-RAY DIFFRACTION20chain 'E' and (resid 81 through 90 )
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22X-RAY DIFFRACTION22chain 'E' and (resid 102 through 114 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'E' and (resid 115 through 126 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る