PDB-6yc8: Crystal structure of KRED1-Pglu enzyme

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6yc8

タイトル

Crystal structure of KRED1-Pglu enzyme

要素

Ketoreductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Ketoreductase / Carbonyl reductase / Pichia glucozyma / Enantioselective reduction Biocatalysis

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H, oxygen as acceptor / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Ogataea glucozyma (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.77 Å

データ登録者

Di Pisa, F.

引用

ジャーナル: Bioorg.Chem. / 年: 2021
タイトル: Structural insights into the desymmetrization of bulky 1,2-dicarbonyls through enzymatic monoreduction.
著者: Rabuffetti, M. / Cannazza, P. / Contente, M.L. / Pinto, A. / Romano, D. / Hoyos, P. / Alcantara, A.R. / Eberini, I. / Laurenzi, T. / Gourlay, L. / Di Pisa, F. / Molinari, F.

履歴

登録	2020年3月18日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年2月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6yc8.cif.gz	138.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6yc8.ent.gz	88.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6yc8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yc/6yc8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yc/6yc8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3kzvS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2vnk-1 3w8f-d 3es4-d 2oyr-d 6b89-2 2zos-1 2phg-d 4yhb-2 6d3j-d 4zju-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#188 - 2015年8月テトラヒドロビオプテリンの生合成 (Tetrahydrobiopterin Biosynthesis) 類似性 (3) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (3) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (2) #90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Ketoreductase

ヘテロ分子

31.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	111.064, 111.064, 144.592
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22
Space group name Hall	P6₅2(x,y,z+1/12)
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x-y,x,z+5/6 #3: y,-x+y,z+1/6 #4: -y,x-y,z+2/3 #5: -x+y,-x,z+1/3 #6: x-y,-y,-z #7: -x,-x+y,-z+1/3 #8: -x,-y,z+1/2 #9: y,x,-z+2/3 #10: -y,-x,-z+1/6 #11: -x+y,y,-z+1/2 #12: x,x-y,-z+5/6

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Ketoreductase 分子量: 29208.229 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ogataea glucozyma (菌類) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0H4SN47

-
非ポリマー , 7種, 169分子

#2: 化合物	ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE 分子量: 743.405 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₈N₇O₁₇P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 化合物	ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES 分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈N₂O₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル分子量: 150.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#6: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#7: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 158 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 4.41 Å³/Da / 溶媒含有率: 72.09 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 45% v/vPEG 600, 0.1 M HEPES pH 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97625 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.77→57.79 Å / Num. obs: 51848 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 38.1 % / B_iso Wilson estimate: 25.71 Å² / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 14.1
反射シェル	解像度: 1.77→1.87 Å / Num. unique obs: 7413 / CC_1/2: 0.604

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.13_2998	精密化
DIALS		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3KZV

3kzv

解像度: 1.77→51.84 Å / SU ML: 0.2253 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.58 / 位相誤差: 20.9076

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.201	2571	4.97 %
R_work	0.1833	-	-
obs	0.1842	51773	99.98 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.43 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.77→51.84 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1822	0	123	158	2103

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0162	2000
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.3149	2704
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0931	309
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0071	339
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.4227	1601

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.77-1.8	0.4192	134	0.3814	2679	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8-1.84	0.3525	149	0.3504	2668	X-RAY DIFFRACTION	100
1.84-1.88	0.3413	140	0.3189	2699	X-RAY DIFFRACTION	100
1.88-1.92	0.3027	147	0.2852	2664	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.92-1.97	0.2752	110	0.2581	2723	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.97-2.03	0.2294	136	0.2266	2702	X-RAY DIFFRACTION	100
2.03-2.09	0.2632	128	0.2001	2706	X-RAY DIFFRACTION	100
2.09-2.15	0.181	133	0.174	2701	X-RAY DIFFRACTION	100
2.15-2.23	0.1911	158	0.1642	2702	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.23-2.32	0.1637	148	0.1529	2702	X-RAY DIFFRACTION	100
2.32-2.42	0.1644	159	0.1403	2696	X-RAY DIFFRACTION	100
2.42-2.55	0.1592	139	0.1465	2714	X-RAY DIFFRACTION	100
2.55-2.71	0.1662	127	0.1562	2769	X-RAY DIFFRACTION	100
2.71-2.92	0.1868	139	0.1748	2743	X-RAY DIFFRACTION	100
2.92-3.22	0.2174	164	0.1747	2731	X-RAY DIFFRACTION	100
3.22-3.68	0.1983	153	0.1678	2779	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.68-4.64	0.1638	145	0.1451	2831	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.568091810939	-0.322083028299	-0.141282103426	0.46963326645	0.341163199117	0.758009481985	0.0823316479407	0.566337656097	0.251339441877	-0.430399623305	-0.225396453453	-0.109343996747	-0.251779932003	0.0703577110826	-0.213148775949	0.217372240232	-0.0600859210451	0.109078878908	0.120782215021	0.0573104534488	0.152448225714	50.4100166763	-12.2890499267	-9.63811137111
2	0.631654831251	-0.0753357074416	0.597461655235	0.394251279806	-0.244235792177	0.551307643029	-0.0855479641115	0.269629355503	0.0668417226402	-0.290403781866	-0.0213237188292	-0.0085586193031	-0.258779246455	-0.0155093481131	-0.000979727574834	0.424741138527	0.0140359044373	0.0260216149357	0.279168095322	0.0329295226247	0.210931586097	42.8695973885	-8.33824560414	-11.2817994804
3	0.0603295242047	-0.00638160254772	0.0471509797637	0.0393054343682	0.00926653355511	0.0382360567065	0.174116691178	0.459987525726	0.365804268352	-0.283894415698	-0.187685443825	0.390389614259	0.0422328404062	-0.833000660915	-0.000578579513953	0.439459628174	0.00378687487489	-0.0798193268228	0.372948094237	-0.0145572015219	0.281769949968	33.8684898235	-15.6729200835	-12.1241116753
4	0.365189457125	0.161624665285	0.0839793722272	0.94940550072	-0.408037766773	0.191861161397	-0.0751639515621	0.088282011329	0.036517954836	-0.0983546192831	-0.0840769209359	-0.102608028704	-0.493375135834	-0.00687065151052	0.000131455101306	0.260789748344	-0.0227159223129	-0.0139304530061	0.238529214317	-0.00248385564624	0.216078945621	44.6429178365	-15.410819156	6.72943935116
5	0.767682111385	0.232819099724	-0.0280111268369	1.13725902599	-0.33934186283	0.603030531571	-0.112741350338	0.0771284885473	-0.050300879867	-0.15551774536	-0.0117366497606	-0.0855232381653	-0.0385138737114	-0.028588203365	-6.66378333358E-5	0.202872023827	-0.00310100894852	0.0244832937131	0.178308960752	-0.0147539905162	0.221357293206	44.1945009213	-23.8041666684	2.66544697992
6	0.289643462713	-0.0662015429443	-0.10977042094	0.0175991955538	0.0493373131289	0.25101555873	0.0375788295036	0.0437165879765	0.230043889562	0.0695673472119	-0.0144321394676	-0.512607622546	-0.554299388142	0.0183670576616	0.00981571565515	0.398297756843	-0.0666564020945	-0.068992818874	0.224522899875	0.0164608246586	0.394843873244	54.0050147786	-6.14750387901	11.0941456984
7	0.335425055842	-0.489104419676	-0.319144085084	0.942398118928	0.648969886954	0.777675162662	0.318035175053	-0.106473888784	-0.371243831796	-0.0362023408026	0.171764675049	-0.57026767775	-0.120672285883	0.822972137814	0.12219398794	0.295703113284	-0.137388030802	-0.105689336454	0.453669960106	0.016930577276	0.576600552203	63.1731026103	-7.24407360131	11.8943109976
8	0.0451466777524	-0.00875652534577	-0.0118226687609	0.547850022681	0.0524504746628	0.101061025028	0.0598576563974	0.429487451969	-0.0981206041263	-0.155215606234	-0.0894312135623	-0.827369696236	-0.0639322060792	0.302537941872	-0.0180796047114	0.401579870619	0.028584588718	0.161028105411	0.36959061942	0.00843207344592	0.387845523285	57.3744992697	-17.5441070483	-8.19715331751
9	0.0196721553373	0.00594244727228	-0.00133463229083	0.0131242525937	0.0118184224783	0.00778560451973	-0.0285772519489	0.191390534834	-0.431626402785	-0.479377703983	0.0224170139236	-0.591336405288	-0.153279737248	-0.090825806639	-0.000390916630168	0.328561460463	-0.0388193977986	0.136400581592	0.30881898053	-0.0475698362853	0.493005728771	55.5729082346	-31.1016448761	-3.19223062268

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 25 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 26 through 61 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 62 through 76 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 77 through 99 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 100 through 177 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 178 through 198 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 199 through 216 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 217 through 230 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 231 through 241 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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