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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6yc0 | ||||||||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of the steady-state-SMX activated state of the light-driven sodium pump KR2 in the pentameric form at room temperature, pH 8.0 | ||||||||||||||||||
要素 | Sodium pumping rhodopsin | ||||||||||||||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN / rhodopsin / ion pumping / retinal / sodium pump / intermediate state | ||||||||||||||||||
機能・相同性 | Bacteriorhodopsin-like protein / Archaeal/bacterial/fungal rhodopsins / Bacteriorhodopsin-like protein / membrane / EICOSANE / OLEIC ACID / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / RETINAL / Sodium pumping rhodopsin 機能・相同性情報 | ||||||||||||||||||
生物種 | Dokdonia eikasta (バクテリア) | ||||||||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å | ||||||||||||||||||
データ登録者 | Kovalev, K. / Gushchin, I. / Gordeliy, V. | ||||||||||||||||||
資金援助 | フランス, ロシア, 5件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020 タイトル: Molecular mechanism of light-driven sodium pumping. 著者: Kovalev, K. / Astashkin, R. / Gushchin, I. / Orekhov, P. / Volkov, D. / Zinovev, E. / Marin, E. / Rulev, M. / Alekseev, A. / Royant, A. / Carpentier, P. / Vaganova, S. / Zabelskii, D. / ...著者: Kovalev, K. / Astashkin, R. / Gushchin, I. / Orekhov, P. / Volkov, D. / Zinovev, E. / Marin, E. / Rulev, M. / Alekseev, A. / Royant, A. / Carpentier, P. / Vaganova, S. / Zabelskii, D. / Baeken, C. / Sergeev, I. / Balandin, T. / Bourenkov, G. / Carpena, X. / Boer, R. / Maliar, N. / Borshchevskiy, V. / Buldt, G. / Bamberg, E. / Gordeliy, V. | ||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6yc0.cif.gz | 342.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6yc0.ent.gz | 280.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6yc0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6yc0_validation.pdf.gz | 11 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6yc0_full_validation.pdf.gz | 11.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6yc0_validation.xml.gz | 67.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6yc0_validation.cif.gz | 86.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yc/6yc0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yc/6yc0 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 6xytSC 6ybyC 6ybzC 6yc1C 6yc2C 6yc3C 6yc4C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
実験データセット #1 | データ参照: 10.11577/1616143 / データの種類: diffraction image data |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: GLN / Beg label comp-ID: GLN / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Refine code: _ / Auth seq-ID: 3 - 271 / Label seq-ID: 1 - 269
NCSアンサンブル:
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-要素
-タンパク質 , 1種, 5分子 ABCDE
#1: タンパク質 | 分子量: 30807.639 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Dokdonia eikasta (バクテリア) / 遺伝子: NaR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: N0DKS8 |
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-非ポリマー , 7種, 302分子
#2: 化合物 | ChemComp-OLC / ( #3: 化合物 | ChemComp-LFA / #4: 化合物 | ChemComp-NA / #5: 化合物 | ChemComp-RET / #6: 化合物 | #7: 化合物 | ChemComp-OLA / #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.29 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 8 / 詳細: 1.2 M NaMal pH 8.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.979 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月16日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→69.19 Å / Num. obs: 77967 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 894.5 % / CC1/2: 0.988 / CC star: 0.997 / R split: 0.152 / Net I/σ(I): 11.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.54 Å / 冗長度: 640.6 % / Mean I/σ(I) obs: 0.72 / Num. unique obs: 7691 / CC1/2: 0.488 / CC star: 0.81 / R split: 1.5 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6xyt 解像度: 2.7→50.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU B: 16.843 / SU ML: 0.299 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.843 / ESU R Free: 0.289 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 249.8 Å2 / Biso mean: 60.461 Å2 / Biso min: 22.15 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.7→50.01 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.7→2.77 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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