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万見
- PDB-6yby: Crystal structure of the D116N mutant of the light-driven sodium ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6yby
タイトルCrystal structure of the D116N mutant of the light-driven sodium pump KR2 in the monomeric form, pH 4.6
要素Sodium pumping rhodopsin
キーワードMEMBRANE PROTEIN / rhodopsin / ion pumping / retinal / sodium pump / intermediate state
機能・相同性
機能・相同性情報


Bacteriorhodopsin-like protein / Archaeal/bacterial/fungal rhodopsins / Bacteriorhodopsin-like protein / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
EICOSANE / RETINAL / Sodium pumping rhodopsin
類似検索 - 構成要素
生物種Dokdonia eikasta (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Kovalev, K. / Gushchin, I. / Gordeliy, V.
資金援助 フランス, ロシア, 5件
組織認可番号国
French National Research AgencyANR-15-CE11-0029-02 フランス
French National Research AgencyANR-10-INBS-05-02 フランス
Grenoble Alliance for Integrated Structural Cell Biology (GRAL)ANR-17-EURE-0003 フランス
Russian Science Foundation16-15-00242 ロシア
Russian Science Foundation6.3157.2017/PP ロシア
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Molecular mechanism of light-driven sodium pumping.
著者: Kovalev, K. / Astashkin, R. / Gushchin, I. / Orekhov, P. / Volkov, D. / Zinovev, E. / Marin, E. / Rulev, M. / Alekseev, A. / Royant, A. / Carpentier, P. / Vaganova, S. / Zabelskii, D. / ...著者: Kovalev, K. / Astashkin, R. / Gushchin, I. / Orekhov, P. / Volkov, D. / Zinovev, E. / Marin, E. / Rulev, M. / Alekseev, A. / Royant, A. / Carpentier, P. / Vaganova, S. / Zabelskii, D. / Baeken, C. / Sergeev, I. / Balandin, T. / Bourenkov, G. / Carpena, X. / Boer, R. / Maliar, N. / Borshchevskiy, V. / Buldt, G. / Bamberg, E. / Gordeliy, V.
履歴
登録2020年3月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年4月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年5月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sodium pumping rhodopsin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,82237
ポリマ－30,9081
非ポリマー9,91436
水2,720151
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11720 Å2
ΔGint164 kcal/mol
Surface area11780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.887, 83.601, 233.830
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-429-

HOH

21A-444-

HOH

31A-508-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Sodium pumping rhodopsin


分子量: 30907.756 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Dokdonia eikasta (バクテリア) / 遺伝子: NaR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: N0DKS8
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物...
ChemComp-LFA / EICOSANE / LIPID FRAGMENT / イコサン


分子量: 282.547 Da / 分子数: 34 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H42
#4: 化合物 ChemComp-RET / RETINAL / 7-cis-レチナ-ル


分子量: 284.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H28O
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 151 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.95 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 4.6 / 詳細: 2 M NaMal pH 4.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年8月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→40.81 Å / Num. obs: 37771 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.6 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Rpim(I) all: 0.02 / Rrim(I) all: 0.05 / Net I/σ(I): 16.2 / Num. measured all: 249134 / Scaling rejects: 12
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.8-1.84711538221910.9050.4061.0811.799.7
9-40.814.90.03216963450.9950.0170.03639.995.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.2データスケーリング
REFMAC5.8.0257精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4xtl

4xtl


解像度: 1.8→19.83 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / SU B: 3.571 / SU ML: 0.1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.121 / ESU R Free: 0.111
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22 1921 5.1 %RANDOM
Rwork0.2013 ---
obs0.2023 35822 99.65 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 170.56 Å2 / Biso mean: 43.739 Å2 / Biso min: 21.65 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.25 Å20 Å2-0 Å2
2--0.41 Å20 Å2
3----0.66 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.8→19.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2147 0 269 152 2568
Biso mean--82.12 62.35 -
残基数----271
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0030.0132585
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.0172709
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0681.6533418
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0971.5426246
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.7295304
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.11821.261111
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.95415368
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg27.804155
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0530.2307
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.022655
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other00.02552
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.846 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.453 131 -
Rwork0.434 2597 -
all-2728 -
obs--99.56 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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