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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ybr
タイトルRT structure of Glucose Isomerase obtained at 1.20 A resolution from crystal grown in a Mylar microchip.
要素Xylose isomerase
キーワードISOMERASE / XYLOSE ISOMERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


xylose isomerase / xylose isomerase activity / D-xylose metabolic process / magnesium ion binding / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Xylose isomerase, actinobacteria / Xylose isomerase / Xylose isomerase family profile. / : / Xylose isomerase-like, TIM barrel domain / Xylose isomerase-like TIM barrel / Xylose isomerase-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Streptomyces rubiginosus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.2 Å
データ登録者Gavira, J.A. / Martinez-Rodriguez, S.
資金援助 スペイン, 1件
組織認可番号国
Ministry of Economy and Competitiveness (MINECO)BIO2016-74875-P スペイン
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2020
タイトル: Attaining atomic resolution from in situ data collection at room temperature using counter-diffusion-based low-cost microchips.
著者: Gavira, J.A. / Rodriguez-Ruiz, I. / Martinez-Rodriguez, S. / Basu, S. / Teychene, S. / McCarthy, A.A. / Mueller-Dieckman, C.
履歴
登録2020年3月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年8月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年8月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Xylose isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,3785
ポリマ－43,2831
非ポリマー954
水5,242291
1
A: Xylose isomerase
ヘテロ分子

A: Xylose isomerase
ヘテロ分子

A: Xylose isomerase
ヘテロ分子

A: Xylose isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)173,51220
ポリマ－173,1334
非ポリマー37816
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_557-x,y,-z+21
crystal symmetry operation4_557x,-y,-z+21
Buried area32420 Å2
ΔGint-280 kcal/mol
Surface area46110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.990, 99.380, 103.100
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Space group name HallI22
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z
#4: -x,-y,z
#5: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#6: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-513-

HOH

21A-675-

HOH

31A-749-

HOH

41A-755-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Xylose isomerase


分子量: 43283.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Streptomyces rubiginosus (バクテリア) / 参照: UniProt: P24300, xylose isomerase
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 291 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54 %
結晶化温度: 293.5 K / 手法: counter-diffusion / pH: 7 / 詳細: 0.1 M MgCl2, 10% w/v PEG 1K, 0.1 M Hepes pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 293.5 K / Ambient temp details: Room Temperature / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月6日
詳細: Be CRL lenses for vertical focusing and Rh/Pt/Si coated ellipitcal mirror for horizontal focusing
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.2→46.99 Å / Num. obs: 149874 / % possible obs: 99.95 % / 冗長度: 8.86 % / Biso Wilson estimate: 16.95 Å2 / CC1/2: 0.994 / Net I/σ(I): 17
反射 シェル解像度: 1.2→1.24 Å / Num. unique obs: 14856 / CC1/2: 0.41

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MxCuBEデータ収集
XDSデータ削減
PHASER位相決定
PHENIX1.15.2_3472精密化
Cootモデル構築
Aimlessデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4A8I

4a8i


解像度: 1.2→46.99 Å / SU ML: 0.1343 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 12.6927
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1305 7490 5 %
Rwork0.121 --
obs0.1215 149841 99.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 22.93 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.2→46.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3033 0 4 291 3328
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00473517
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.88874817
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0747485
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0066680
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.58621951
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.2-1.210.33262440.35644639X-RAY DIFFRACTION99.49
1.21-1.230.31362490.31654724X-RAY DIFFRACTION99.76
1.23-1.240.26452490.27084725X-RAY DIFFRACTION99.9
1.24-1.260.27542480.26024714X-RAY DIFFRACTION99.96
1.26-1.280.30672460.31284676X-RAY DIFFRACTION99.96
1.28-1.290.31332480.28284709X-RAY DIFFRACTION99.96
1.29-1.310.22312470.23764693X-RAY DIFFRACTION99.94
1.31-1.330.19612480.18684723X-RAY DIFFRACTION100
1.33-1.350.1782480.1594714X-RAY DIFFRACTION99.98
1.35-1.370.14022490.1364722X-RAY DIFFRACTION99.98
1.37-1.40.12582490.11414729X-RAY DIFFRACTION100
1.4-1.420.12242480.10534709X-RAY DIFFRACTION99.98
1.42-1.450.11932490.10054732X-RAY DIFFRACTION99.98
1.45-1.480.11862480.0974715X-RAY DIFFRACTION99.96
1.48-1.510.1122470.09644710X-RAY DIFFRACTION99.96
1.51-1.550.11622490.09534731X-RAY DIFFRACTION100
1.55-1.590.10892500.09434755X-RAY DIFFRACTION100
1.59-1.630.10342490.08874731X-RAY DIFFRACTION100
1.63-1.680.10582500.08274741X-RAY DIFFRACTION100
1.68-1.730.09642480.08954715X-RAY DIFFRACTION100
1.73-1.790.10972500.09174750X-RAY DIFFRACTION99.96
1.79-1.860.11232500.09664756X-RAY DIFFRACTION100
1.86-1.950.10562510.09634763X-RAY DIFFRACTION100
1.95-2.050.10582500.09974752X-RAY DIFFRACTION100
2.05-2.180.12092510.10874763X-RAY DIFFRACTION100
2.18-2.350.11372510.11074776X-RAY DIFFRACTION100
2.35-2.590.13422530.12424816X-RAY DIFFRACTION100
2.59-2.960.1352530.12984808X-RAY DIFFRACTION100
2.96-3.730.12342560.12094848X-RAY DIFFRACTION100
3.73-46.990.14082620.12735012X-RAY DIFFRACTION99.87

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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