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万見
- PDB-6yau: CRYSTAL STRUCTURE OF ASGPR 1 IN COMPLEX WITH GN-A. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6yau
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF ASGPR 1 IN COMPLEX WITH GN-A.
要素Asialoglycoprotein receptor 1
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / asialog glycoprotein receptor / liver Imaging / NASH
機能・相同性
機能・相同性情報


asialoglycoprotein receptor activity / Asparagine N-linked glycosylation / fucose binding / : / D-mannose binding / receptor-mediated endocytosis / signaling receptor activity / external side of plasma membrane / extracellular region / identical protein binding ...asialoglycoprotein receptor activity / Asparagine N-linked glycosylation / fucose binding / : / D-mannose binding / receptor-mediated endocytosis / signaling receptor activity / external side of plasma membrane / extracellular region / identical protein binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Hepatic lectin, N-terminal domain / CD209-like, C-type lectin-like domain / C-type lectin, conserved site / C-type lectin domain signature. / Lectin C-type domain / C-type lectin domain profile. / C-type lectin-like / C-type lectin (CTL) or carbohydrate-recognition domain (CRD) / C-type lectin-like/link domain superfamily / C-type lectin fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-OJB / Asialoglycoprotein receptor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.397 Å
データ登録者Schreuder, H.A. / Liesum, A.
引用ジャーナル: Adv Sci / 年: 2020
タイトル: Triantennary GalNAc Molecular Imaging Probes for Monitoring Hepatocyte Function in a Rat Model of Nonalcoholic Steatohepatitis.
著者: Mishra, A. / Castaneda, T.R. / Bader, E. / Elshorst, B. / Cummings, S. / Scherer, P. / Bangari, D.S. / Loewe, C. / Schreuder, H. / Poverlein, C. / Helms, M. / Jones, S. / Zech, G. / Licher, T. ...著者: Mishra, A. / Castaneda, T.R. / Bader, E. / Elshorst, B. / Cummings, S. / Scherer, P. / Bangari, D.S. / Loewe, C. / Schreuder, H. / Poverlein, C. / Helms, M. / Jones, S. / Zech, G. / Licher, T. / Wagner, M. / Schudok, M. / de Hoop, M. / Plowright, A.T. / Atzrodt, J. / Kannt, A. / Laitinen, I. / Derdau, V.
履歴
登録2020年3月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Asialoglycoprotein receptor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,5385
ポリマ－17,9851
非ポリマー5544
水3,135174
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area180 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area6920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)114.750, 32.530, 39.650
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.820, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1111-

HOH

21A-1255-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Asialoglycoprotein receptor 1 / ASGPR 1 / C-type lectin domain family 4 member H1 / Hepatic lectin H1 / HL-1


分子量: 17984.582 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ASGR1, CLEC4H1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P07306
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-OJB / 5-[(2~{R},3~{R},4~{R},5~{R},6~{R})-3-acetamido-6-(hydroxymethyl)-4,5-bis(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-~{N}-[3-(propanoylamino)propyl]pentanamide


分子量: 433.497 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H35N3O8
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 174 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.08 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Protein Buffer: 20 mM Tris-HCl (pH 7.4), 25 mM CaCl2. Reservoir: 100 mM Tris-Hcl (pH 7.5), 28% PEG4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.99991 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99991 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.397→57.25 Å / Num. obs: 16299 / % possible obs: 55.7 % / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.078 / Rsym value: 0.078 / Net I/σ(I): 11.1
反射 シェル解像度: 1.397→1.558 Å / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.912 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 815 / CC1/2: 0.593 / Rsym value: 0.912 / % possible all: 10.1

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解析

ソフトウェア
名称分類
XDSデータ削減
BUSTER精密化
autoPROCデータ抽出
STARANISOデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1dv8

1dv8


解像度: 1.397→57.25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU R Cruickshank DPI: 0.1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.11 / SU Rfree Blow DPI: 0.111 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.105
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.219 842 5.16 %RANDOM
Rwork0.172 ---
obs0.175 16299 54.6 %-
原子変位パラメータBiso max: 84.53 Å2 / Biso mean: 22.7 Å2 / Biso min: 7.43 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.2257 Å20 Å2-0.2735 Å2
2---0.1956 Å20 Å2
3----0.0301 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.2 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.397→57.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1078 0 25 174 1277
Biso mean--21.1 35.34 -
残基数----128
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d398SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes211HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it1189HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion134SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies5HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact1492SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d1189HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1634HARMONIC21.01
LS精密化 シェル解像度: 1.397→1.51 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 42
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2103 19 4.88 %
Rwork0.1994 370 -
all0.1999 389 -
obs--5.75 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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