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- PDB-6yan: Mammalian 48S late-stage translation initiation complex with hist... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6yan
タイトルMammalian 48S late-stage translation initiation complex with histone 4 mRNA
要素
  • (40S ribosomal protein ...) x 16
  • (Ribosomal protein ...) x 16
  • 18S ribosomal RNA
  • 60s ribosomal protein l41
  • Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit 1
  • Ribosomal_S10 domain-containing protein
  • eukaryotic translation initiation factor 2 subunit gamma
  • histone 4 (H4) mRNA
  • initiator methionylated tRNA
キーワードTRANSLATION / initiation complex / 48S / eukaryotic initiation factor 1A / rabbit
機能・相同性
機能・相同性情報


eukaryotic translation initiation factor 2 complex / eukaryotic 48S preinitiation complex / cellular response to chemical stress / laminin receptor activity / 90S preribosome / ubiquitin ligase inhibitor activity / positive regulation of signal transduction by p53 class mediator / phagocytic cup / translation regulator activity / rough endoplasmic reticulum ...eukaryotic translation initiation factor 2 complex / eukaryotic 48S preinitiation complex / cellular response to chemical stress / laminin receptor activity / 90S preribosome / ubiquitin ligase inhibitor activity / positive regulation of signal transduction by p53 class mediator / phagocytic cup / translation regulator activity / rough endoplasmic reticulum / ribosomal small subunit export from nucleus / laminin binding / translation initiation factor activity / gastrulation / MDM2/MDM4 family protein binding / cytosolic ribosome / class I DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / response to endoplasmic reticulum stress / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / positive regulation of apoptotic signaling pathway / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / small-subunit processome / spindle / cytoplasmic stress granule / rRNA processing / regulation of translation / rhythmic process / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / ribosomal small subunit assembly / virus receptor activity / ribosome binding / ribosomal small subunit biogenesis / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit / perikaryon / cell differentiation / cytoplasmic translation / mitochondrial inner membrane / postsynaptic density / rRNA binding / structural constituent of ribosome / ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / cell division / DNA repair / mRNA binding / apoptotic process / centrosome / synapse / dendrite / nucleolus / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / membrane / nucleus / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein S26 / Ribosomal protein S8e, subdomain / Translation initiation factor 2; subunit 1; domain 2 / Phosducin; domain 2 / Ribosomal protein S21 / Hypothetical Cytosolic Protein; Chain: A; / Ribosomal protein S27 / first zn-finger domain of poly(adp-ribose) polymerase-1 / Alpha-Beta Plaits - #3370 / Ribosomal Protein S14/S29 ...Ribosomal protein S26 / Ribosomal protein S8e, subdomain / Translation initiation factor 2; subunit 1; domain 2 / Phosducin; domain 2 / Ribosomal protein S21 / Hypothetical Cytosolic Protein; Chain: A; / Ribosomal protein S27 / first zn-finger domain of poly(adp-ribose) polymerase-1 / Alpha-Beta Plaits - #3370 / Ribosomal Protein S14/S29 / 30s Ribosomal Protein S14; Chain N / Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1 - #30 / Translation initiation factor 2, alpha subunit / Translation initiation factor 2, alpha subunit, middle domain superfamily / Translation initiation factor 2, alpha subunit, C-terminal / IF2a, S1-like domain / Eukaryotic translation initiation factor 2 alpha subunit / Dna Ligase; domain 1 - #10 / Ribosomal protein S11/S14 / S15/NS1, RNA-binding / K homology (KH) domain / Double Stranded RNA Binding Domain - #20 / Glucose-6-phosphate isomerase like protein; domain 1 / Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1 / N-terminal domain of TfIIb / Ribosomal Protein S5; domain 2 - #10 / Translation factors / 40S ribosomal protein SA / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 / 40S ribosomal protein SA, C-terminal domain / 40S ribosomal protein SA C-terminus / Ubiquitin-like protein FUBI / Ribosomal Protein S5; domain 2 / Double Stranded RNA Binding Domain / S1 domain profile. / : / Ribosomal protein S26e signature. / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein S21e, conserved site / Ribosomal protein S21e signature. / : / Ribosomal protein S12e signature. / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S26e superfamily / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S12e / Single Sheet / Small (40S) ribosomal subunit Asc1/RACK1 / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S21e superfamily / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S19e, conserved site / Ribosomal protein S19e signature. / Ribosomal protein S2, eukaryotic / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / 40S Ribosomal protein S10 / S27a-like superfamily / Plectin/S10, N-terminal / Plectin/S10 domain / Ribosomal protein S30 / Ribosomal protein S30 / Ribosomal protein S10, eukaryotic/archaeal / : / Ribosomal protein S7e signature. / Ribosomal protein S8e subdomain, eukaryotes / Ribosomal protein S25 / S25 ribosomal protein / Ribosomal protein S17e, conserved site / Ribosomal protein S17e signature. / Ribosomal protein S2, eukaryotic/archaeal / Nucleic acid-binding proteins / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S3Ae, conserved site / Ribosomal protein S3Ae signature. / 40S ribosomal protein S29/30S ribosomal protein S14 type Z / Dna Ligase; domain 1 / Ribosomal protein S3, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S1-like RNA-binding domain / 40S ribosomal protein S4, C-terminal domain / 40S ribosomal protein S4 C-terminus / Ribosomal protein L7, eukaryotic / Ribosomal protein L30, N-terminal / Ribosomal L30 N-terminal domain / Ribosomal protein S4e, N-terminal, conserved site / Ribosomal protein S4e signature. / Ribosomal protein S8e, conserved site / Ribosomal protein S8e signature. / Ribosomal protein S19A/S15e / Ribosomal protein S27e signature. / S1 RNA binding domain / Ribosomal protein S6, eukaryotic / Ribosomal protein S19e / Ribosomal protein S19e / Ribosomal_S19e / Ribosomal protein S17e / Ribosomal protein S17e-like superfamily / Ribosomal S17
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein eS32 / Small ribosomal subunit protein uS10 / 40S ribosomal protein S6 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein eS12 / Small ribosomal subunit protein uS9 ...RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein eS32 / Small ribosomal subunit protein uS10 / 40S ribosomal protein S6 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein eS12 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein RACK1 / Ubiquitin-ribosomal protein eS31 fusion protein / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein eS7 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit 1 / Ubiquitin-like FUBI-ribosomal protein eS30 fusion protein / Small ribosomal subunit protein eS25 / Small ribosomal subunit protein eS26 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein eS28 / Small ribosomal subunit protein eS8 / Small ribosomal subunit protein eS4 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein eS6 / Small ribosomal subunit protein eS21 / Small ribosomal subunit protein eS19 / Small ribosomal subunit protein eS1 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein eS10 / Small ribosomal subunit protein uS17 / 40S ribosomal protein S24 / Small ribosomal subunit protein eS17 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Small ribosomal subunit protein eS27 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Small ribosomal subunit protein uS14
類似検索 - 構成要素
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.48 Å
データ登録者Bochler, A. / Simonetti, A. / Guca, E. / Hashem, Y.
資金援助European Union, フランス, 2件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)759120European Union
French National Research AgencyANR-14-ACHN-0024 フランス
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2020
タイトル: Structural Insights into the Mammalian Late-Stage Initiation Complexes.
著者: Angelita Simonetti / Ewelina Guca / Anthony Bochler / Lauriane Kuhn / Yaser Hashem /
要旨: In higher eukaryotes, the mRNA sequence in the direct vicinity of the start codon, called the Kozak sequence (CRCCaugG, where R is a purine), is known to influence the rate of the initiation process. ...In higher eukaryotes, the mRNA sequence in the direct vicinity of the start codon, called the Kozak sequence (CRCCaugG, where R is a purine), is known to influence the rate of the initiation process. However, the molecular basis underlying its role remains poorly understood. Here, we present the cryoelectron microscopy (cryo-EM) structures of mammalian late-stage 48S initiation complexes (LS48S ICs) in the presence of two different native mRNA sequences, β-globin and histone 4, at overall resolution of 3 and 3.5 Å, respectively. Our high-resolution structures unravel key interactions from the mRNA to eukaryotic initiation factors (eIFs): 1A, 2, 3, 18S rRNA, and several 40S ribosomal proteins. In addition, we are able to study the structural role of ABCE1 in the formation of native 48S ICs. Our results reveal a comprehensive map of ribosome/eIF-mRNA and ribosome/eIF-tRNA interactions and suggest the impact of mRNA sequence on the structure of the LS48S IC.
履歴
登録2020年3月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年4月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年4月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年10月23日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-10762
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
l: 60s ribosomal protein l41
C: 40S ribosomal protein SA
D: ribosomal protein eS1
E: 40S ribosomal protein uS5
F: Ribosomal protein S3
G: 40S ribosomal protein S4
H: Ribosomal protein S5
I: 40S ribosomal protein S6
J: ribosomal protein eS7
K: 40S ribosomal protein S8
L: Ribosomal protein S9 (Predicted)
M: 40S ribosomal protein eS10
N: Ribosomal protein S11
O: 40S ribosomal protein S12
P: ribosomal protein uS15
Q: 40S ribosomal protein uS11
S: ribosomal protein uS9
T: ribosomal protein eS17
V: 40S ribosomal protein eS19
W: Ribosomal_S10 domain-containing protein
X: 40S ribosomal protein S21
Y: Ribosomal protein S15a
Z: 40S ribosomal protein uS12
a: 40S ribosomal protein S24
b: 40S ribosomal protein eS26
c: 40S ribosomal protein S27
d: ribosomal protein eS28
e: ribosomal protein uS14
f: ribosomal protein eS31
g: ribosomal protein RACK1
h: ribosomal protein eS25
i: 40S ribosomal protein eS30
2: 18S ribosomal RNA
3: histone 4 (H4) mRNA
A: Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit 1
B: eukaryotic translation initiation factor 2 subunit gamma
U: 40S ribosomal protein uS13
R: Ribosomal protein S15
1: initiator methionylated tRNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,273,88039
ポリマ－1,273,88039
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 l

#1: タンパク質・ペプチド 60s ribosomal protein l41 / eL41


分子量: 3473.451 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: A0A087WNH4

-
40S ribosomal protein ... , 16種, 16分子 CEGIKMOQVXZabciU

#2: タンパク質 40S ribosomal protein SA / 37 kDa laminin receptor precursor / 37LRP / 37/67 kDa laminin receptor / LRP/LR / 67 kDa laminin ...37 kDa laminin receptor precursor / 37LRP / 37/67 kDa laminin receptor / LRP/LR / 67 kDa laminin receptor / 67LR / Laminin receptor 1 / LamR / Laminin-binding protein precursor p40 / LBP/p40


分子量: 23360.791 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TLT8
#4: タンパク質 40S ribosomal protein uS5


分子量: 24814.285 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TUT9*PLUS
#6: タンパク質 40S ribosomal protein S4


分子量: 29658.920 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TK17
#8: タンパク質 40S ribosomal protein S6


分子量: 27471.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TM55, UniProt: A0A5K1UJS7*PLUS
#10: タンパク質 40S ribosomal protein S8


分子量: 23902.871 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TJW1
#12: タンパク質 40S ribosomal protein eS10


分子量: 11773.953 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TPV3
#14: タンパク質 40S ribosomal protein S12


分子量: 13766.122 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SFR8
#16: タンパク質 40S ribosomal protein uS11


分子量: 14544.659 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1T1F0
#19: タンパク質 40S ribosomal protein eS19


分子量: 15812.286 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TN62
#21: タンパク質 40S ribosomal protein S21


分子量: 8896.102 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TM82
#23: タンパク質 40S ribosomal protein uS12


分子量: 15757.587 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SZ47
#24: タンパク質 40S ribosomal protein S24


分子量: 14575.199 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TS40
#25: タンパク質 40S ribosomal protein eS26


分子量: 11315.428 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TFE8
#26: タンパク質 40S ribosomal protein S27


分子量: 9480.186 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TZ76
#32: タンパク質 40S ribosomal protein eS30


分子量: 6741.048 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1T8A2
#37: タンパク質 40S ribosomal protein uS13


分子量: 16642.307 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TPG3

-
Ribosomal protein ... , 16種, 16分子 DFHJLNPSTYdefghR

#3: タンパク質 ribosomal protein eS1


分子量: 24944.408 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TN72
#5: タンパク質 Ribosomal protein S3


分子量: 25158.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TNM3
#7: タンパク質 Ribosomal protein S5


分子量: 21525.941 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TFM5
#9: タンパク質 ribosomal protein eS7


分子量: 21716.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SVB0
#11: タンパク質 Ribosomal protein S9 (Predicted)


分子量: 21266.166 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: B7NZS8
#13: タンパク質 Ribosomal protein S11


分子量: 18468.826 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TRM4
#15: タンパク質 ribosomal protein uS15


分子量: 17128.191 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SP51
#17: タンパク質 ribosomal protein uS9


分子量: 15975.753 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SGX4
#18: タンパク質 ribosomal protein eS17


分子量: 14578.988 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TU13
#22: タンパク質 Ribosomal protein S15a


分子量: 14734.357 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TG89
#27: タンパク質 ribosomal protein eS28


分子量: 7263.394 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TIB4
#28: タンパク質 ribosomal protein uS14


分子量: 6364.426 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1U7M4
#29: タンパク質 ribosomal protein eS31


分子量: 8358.903 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SK22
#30: タンパク質 ribosomal protein RACK1


分子量: 34669.113 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SJB4
#31: タンパク質 ribosomal protein eS25


分子量: 8526.119 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TDB3
#38: タンパク質 Ribosomal protein S15


分子量: 15873.732 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1U0Q2

-
タンパク質 , 3種, 3分子 WAB

#20: タンパク質 Ribosomal_S10 domain-containing protein


分子量: 11765.890 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: A0A5F9CX53, UniProt: G1SIZ2*PLUS
#35: タンパク質 Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit 1


分子量: 30633.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1T2G4
#36: タンパク質 eukaryotic translation initiation factor 2 subunit gamma


分子量: 45862.441 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)

-
RNA鎖 , 3種, 3分子 231

#33: RNA鎖 18S ribosomal RNA


分子量: 601015.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: U at position 1244 is modified / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#34: RNA鎖 histone 4 (H4) mRNA


分子量: 11685.985 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Mus musculus (ハツカネズミ)
#39: RNA鎖 initiator methionylated tRNA


分子量: 24376.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: adenine at position 37 is modified (threonyl-carbomoyl-adenosine (t6A))
由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1LS48S IC with histone 4 mRNACOMPLEXall0MULTIPLE SOURCES
2LS48S ICRIBOSOME#1-#33, #35-#391NATURAL
3histone 4 mRNACOMPLEX#341RECOMBINANT
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Oryctolagus cuniculus (ウサギ)9986
23Mus musculus (ハツカネズミ)10090
由来(組換発現)生物種: synthetic construct (人工物)
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 26 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 3.48 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 372000 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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