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- PDB-6ya0: Crystal structure of TSWV glycoprotein N ectodomain (Trypsin treated) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ya0
タイトルCrystal structure of TSWV glycoprotein N ectodomain (Trypsin treated)
要素Glycoprotein
キーワードVIRAL PROTEIN / Envelope protein / attachment / viral entry / receptor binding / viral assembly
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell Golgi membrane / host cell endoplasmic reticulum membrane / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host endosome membrane / virion attachment to host cell / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Envelope glycoprotein precursor/M polyprotein precursor, Tospovirus type / Bunyavirus glycoprotein G1 / Bunyavirus glycoprotein G1
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / AMMONIUM ION / Envelopment polyprotein / Envelopment polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Tomato spotted wilt virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.86 Å
データ登録者Dessau, M. / Bahat, Y.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020
タイトル: Crystal structure of tomato spotted wilt virus G N reveals a dimer complex formation and evolutionary link to animal-infecting viruses
著者: Bahat, Y. / Alter, J. / Dessau, M.
履歴
登録2020年3月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年9月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年4月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月24日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycoprotein
B: Glycoprotein
C: Glycoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,09311
ポリマ－96,5263
非ポリマー1,5668
水57632
1
A: Glycoprotein
B: Glycoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,2957
ポリマ－64,3512
非ポリマー9445
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2900 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area20500 Å2
手法PISA
2
C: Glycoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,7984
ポリマ－32,1751
非ポリマー6233
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area640 Å2
ΔGint8 kcal/mol
Surface area10930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.820, 74.850, 81.280
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 103.270, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Glycoprotein


分子量: 32175.436 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Tomato spotted wilt virus (ウイルス)
遺伝子: Gn, Gc / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: A0A3G1GK10, UniProt: O55647*PLUS

-
糖 , 2種, 6分子

#2: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 383.349 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-2/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 34分子

#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物 ChemComp-NH4 / AMMONIUM ION / アンモニウム


分子量: 18.038 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: H4N
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.73 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 28% PEG 3350 (w/v) 0.1 M tris pH 7.5 2% Ethanol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.86→49.91 Å / Num. obs: 18724 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.414 % / Biso Wilson estimate: 93.781 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Rrim(I) all: 0.076 / Χ2: 1.031 / Net I/σ(I): 10.5 / Num. measured all: 63929 / Scaling rejects: 8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.86-2.933.5621.6350.884991140314010.4371.92699.9
2.93-3.013.51.2391.174718135213480.581.46599.7
3.01-3.13.4880.7121.834520130012960.8490.84499.7
3.1-3.23.3930.4642.544194123912360.9260.55199.8
3.2-3.33.1990.3273.383948124112340.9530.39499.4
3.3-3.423.3180.2384.413972119611970.9760.285100
3.42-3.553.560.1856.044069114611430.9820.21899.7
3.55-3.693.5240.1317.283905111011080.9930.15599.8
3.69-3.863.4750.1138.763701107010650.9920.13499.5
3.86-4.043.4750.07611.893562102910250.9960.0999.6
4.04-4.263.2970.06313.6631989739700.9960.07599.7
4.26-4.523.2210.05117.0828768968930.9960.06299.7
4.52-4.833.5650.04620.6630878678660.9970.05499.9
4.83-5.223.5070.04521.4828278118060.9970.05399.4
5.22-5.723.4410.04820.9625537477420.9960.05799.3
5.72-6.43.1690.04621.1521176716680.9960.05699.6
6.4-7.383.3150.03824.4620026056040.9980.04599.8
7.38-9.043.4350.03229.9917215045010.9980.03899.4
9.04-12.793.1230.0330.5812404023970.9980.03698.8
12.79-49.913.250.03131.457282302240.9980.03797.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6Y9M

6y9m


解像度: 2.86→49.91 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.34 / 位相誤差: 31.69 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2613 1425 10 %
Rwork0.2175 12818 -
obs0.2219 14243 75.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 252.37 Å2 / Biso mean: 91.9214 Å2 / Biso min: 24.95 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.86→49.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4264 0 9 32 4305
Biso mean--57.81 63.45 -
残基数----553
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.86-2.960.4635210.312219412
2.96-3.080.3922700.301961937
3.08-3.220.2661990.265690254
3.22-3.390.34481320.2609119070
3.39-3.60.28621630.23146187
3.6-3.880.26081850.2401166699
3.88-4.270.23861870.1991685100
4.27-4.890.21711880.16451684100
4.89-6.160.2611860.21931685100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -16.6058 Å / Origin y: 2.7064 Å / Origin z: -9.8881 Å
111213212223313233
T0.4048 Å2-0.0541 Å2-0.0074 Å2-0.3486 Å2-0.0797 Å2--0.2396 Å2
L3.2031 °2-1.5148 °20.1831 °2-2.6204 °2-0.4115 °2--1.3748 °2
S-0.0229 Å °0.3751 Å °-0.0384 Å °-0.2255 Å °0.0909 Å °0.058 Å °-0.151 Å °-0.1545 Å °-0.0151 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA107 - 500
2X-RAY DIFFRACTION1allA601
3X-RAY DIFFRACTION1allB108 - 500
4X-RAY DIFFRACTION1allC112 - 500
5X-RAY DIFFRACTION1allE1 - 38
6X-RAY DIFFRACTION1allD1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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