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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6y9u | ||||||
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タイトル | Crystal structure of PnrA from S. pneumoniae in complex with adenosine | ||||||
要素 | Lipoprotein | ||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN / Nucleoside substrate-binding protein | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Batuecas, M.T. / Hermoso, J.A. | ||||||
資金援助 | スペイン, 1件
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引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2021 タイトル: Crystal Structure and Pathophysiological Role of the Pneumococcal Nucleoside-binding Protein PnrA. 著者: Abdullah, M.R. / Batuecas, M.T. / Jennert, F. / Voss, F. / Westhoff, P. / Kohler, T.P. / Molina, R. / Hirschmann, S. / Lalk, M. / Hermoso, J.A. / Hammerschmidt, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6y9u.cif.gz | 264 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6y9u.ent.gz | 212.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6y9u.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6y9u_validation.pdf.gz | 810.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6y9u_full_validation.pdf.gz | 821.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6y9u_validation.xml.gz | 48.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6y9u_validation.cif.gz | 68.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y9/6y9u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y9/6y9u | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35184.699 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌) 遺伝子: SP_0845 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0H2UPF3 #2: 化合物 | ChemComp-NI / #3: 化合物 | ChemComp-ADN / #4: 化合物 | ChemComp-ACT / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.84 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 28% PEG 600, 0.2 M calcium acetate and 0.1 M sodium cacodylate (pH 6.5) |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97924 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月13日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97924 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→49.06 Å / Num. obs: 50919 / % possible obs: 99.88 % / 冗長度: 11.3 % / CC1/2: 0.99 / Rpim(I) all: 0.04 / Net I/σ(I): 13.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.56 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 3737 / CC1/2: 0.74 / Rpim(I) all: 0.36 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2FQW 解像度: 2.5→49.06 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
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原子変位パラメータ | Biso max: 139.29 Å2 / Biso mean: 56.9129 Å2 / Biso min: 20.58 Å2 | ||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→49.06 Å
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