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- PDB-6yag: Crystal structure of PnrA from S. pneumoniae in complex with thymidine -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6yag | ||||||
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Title | Crystal structure of PnrA from S. pneumoniae in complex with thymidine | ||||||
![]() | Lipoprotein | ||||||
![]() | TRANSPORT PROTEIN / Nucleoside substrate-binding protein | ||||||
Function / homology | ABC transporter substrate-binding protein PnrA-like / ABC transporter substrate-binding protein PnrA-like / Periplasmic binding protein-like I / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / plasma membrane / ACETATE ION / NICKEL (II) ION / THYMIDINE / Lipoprotein![]() | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Batuecas, M.T. / Hermoso, J.A. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Crystal Structure and Pathophysiological Role of the Pneumococcal Nucleoside-binding Protein PnrA. Authors: Abdullah, M.R. / Batuecas, M.T. / Jennert, F. / Voss, F. / Westhoff, P. / Kohler, T.P. / Molina, R. / Hirschmann, S. / Lalk, M. / Hermoso, J.A. / Hammerschmidt, S. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 263.2 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 211.2 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 487.6 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 501.5 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 48.1 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 66.9 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 6y9uC ![]() 6ya3C ![]() 6ya4C ![]() 6yabC ![]() 2fqwS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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4 | ![]()
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: _ / Refine code: _
NCS ensembles :
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Components
#1: Protein | Mass: 34998.469 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-NI / #3: Chemical | ChemComp-THM / #4: Chemical | ChemComp-ACT / | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.75 Å3/Da / Density % sol: 55.29 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: 28% PEG 600, 0.2 M calcium acetate and 0.1 M sodium cacodylate (pH 6.5) |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Feb 2, 2019 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979336 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.55→49.21 Å / Num. obs: 50223 / % possible obs: 99.2 % / Redundancy: 7.2 % / CC1/2: 0.96 / Rpim(I) all: 0.16 / Net I/σ(I): 5.1 |
Reflection shell | Resolution: 2.55→2.63 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 4624 / CC1/2: 0.52 / Rpim(I) all: 0.71 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 2FQW Resolution: 2.55→49.21 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.933 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.904 / SU B: 12.4 / SU ML: 0.258 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.667 / ESU R Free: 0.308 Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 170.13 Å2 / Biso mean: 47.42 Å2 / Biso min: 11.41 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.55→49.21 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Type: interatomic distance / Weight position: 0.05
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LS refinement shell | Resolution: 2.55→2.616 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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