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- PDB-6yag: Crystal structure of PnrA from S. pneumoniae in complex with thymidine -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6yag
タイトルCrystal structure of PnrA from S. pneumoniae in complex with thymidine
要素Lipoprotein
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Nucleoside substrate-binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


: / ABC transporter substrate-binding protein PnrA-like / ABC transporter substrate-binding protein PnrA-like / Response regulator / Periplasmic binding protein-like I / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / NICKEL (II) ION / THYMIDINE / Lipoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Batuecas, M.T. / Hermoso, J.A.
資金援助 スペイン, 1件
組織認可番号国
Spanish Ministry of Economy and CompetitivenessBFU2017-90030-P スペイン
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2021
タイトル: Crystal Structure and Pathophysiological Role of the Pneumococcal Nucleoside-binding Protein PnrA.
著者: Abdullah, M.R. / Batuecas, M.T. / Jennert, F. / Voss, F. / Westhoff, P. / Kohler, T.P. / Molina, R. / Hirschmann, S. / Lalk, M. / Hermoso, J.A. / Hammerschmidt, S.
履歴
登録2020年3月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年2月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Lipoprotein
A: Lipoprotein
B: Lipoprotein
D: Lipoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)141,43316
ポリマ－139,9944
非ポリマー1,43912
水4,576254
1
C: Lipoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,2993
ポリマ－34,9981
非ポリマー3012
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Lipoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,2993
ポリマ－34,9981
非ポリマー3012
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
B: Lipoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,3584
ポリマ－34,9981
非ポリマー3603
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Lipoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,4766
ポリマ－34,9981
非ポリマー4775
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)78.966, 303.818, 128.417
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-505-

HOH

21B-560-

HOH

31B-572-

HOH

41B-573-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11C
21A
12C
22B
13C
23D
14A
24B
15A
25D
16B
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11SERSERPROPROCA4 - 3312 - 329
21SERSERPROPROAB4 - 3312 - 329
12SERSERPROPROCA4 - 3312 - 329
22SERSERPROPROBC4 - 3312 - 329
13HISHISPROPROCA5 - 3313 - 329
23HISHISPROPRODD5 - 3313 - 329
14SERSERGLUGLUAB4 - 3322 - 330
24SERSERGLUGLUBC4 - 3322 - 330
15HISHISPROPROAB5 - 3313 - 329
25HISHISPROPRODD5 - 3313 - 329
16HISHISPROPROBC5 - 3313 - 329
26HISHISPROPRODD5 - 3313 - 329

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
Lipoprotein


分子量: 34998.469 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
遺伝子: SP_0845 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0H2UPF3
#2: 化合物
ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 化合物
ChemComp-THM / THYMIDINE / DEOXYTHYMIDINE / 2'-DEOXYTHYMIDINE / チミジン


タイプ: DNA OH 5 prime terminus / 分子量: 242.229 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N2O5
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 254 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.29 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 28% PEG 600, 0.2 M calcium acetate and 0.1 M sodium cacodylate (pH 6.5)

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.979336 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979336 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→49.21 Å / Num. obs: 50223 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 7.2 % / CC1/2: 0.96 / Rpim(I) all: 0.16 / Net I/σ(I): 5.1
反射 シェル解像度: 2.55→2.63 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 4624 / CC1/2: 0.52 / Rpim(I) all: 0.71

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2FQW

2fqw


解像度: 2.55→49.21 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.933 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.904 / SU B: 12.4 / SU ML: 0.258 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.667 / ESU R Free: 0.308
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2551 2579 5.1 %RANDOM
Rwork0.2085 ---
obs0.2108 47620 98.72 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 170.13 Å2 / Biso mean: 47.42 Å2 / Biso min: 11.41 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.24 Å20 Å20 Å2
2---0.28 Å20 Å2
3----1.96 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.55→49.21 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9852 0 79 254 10185
Biso mean--37.26 35.23 -
残基数----1316
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.01310125
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0189103
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4951.62713689
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2631.58721208
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.83951324
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.26625.537484
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.242151646
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.3371518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0610.21306
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0211666
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021992
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11C99760.08
12A99760.08
21C99560.08
22B99560.08
31C99770.08
32D99770.08
41A99950.07
42B99950.07
51A99370.07
52D99370.07
61B100300.06
62D100300.06
LS精密化 シェル解像度: 2.55→2.616 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.364 191 -
Rwork0.316 3503 -
all-3694 -
obs--99.68 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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