PDB-6y9f: Crystal structure of putative ancestral haloalkane dehalogenase A...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6y9f

タイトル

Crystal structure of putative ancestral haloalkane dehalogenase AncHLD3 (node 3)

要素

Ancestral haloalkane dehalogenase AncHLD3

キーワード

HYDROLASE / Haloalkane dehalogenase

機能・相同性

Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta

機能・相同性情報

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.26 Å

データ登録者

Chaloupkova, R. / Damborsky, J. / Marek, M.

資金援助

チェコ, 1件

引用

ジャーナル: Comput Struct Biotechnol J / 年: 2020
タイトル: Structures of hyperstable ancestral haloalkane dehalogenases show restricted conformational dynamics.
著者: Babkova, P. / Dunajova, Z. / Chaloupkova, R. / Damborsky, J. / Bednar, D. / Marek, M.

履歴

登録	2020年3月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年11月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _citation.country / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6y9f.cif.gz	142.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6y9f.ent.gz	110.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6y9f.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6y9f_validation.pdf.gz	434.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6y9f_full_validation.pdf.gz	436 KB	表示
XML形式データ	6y9f_validation.xml.gz	15.3 KB	表示
CIF形式データ	6y9f_validation.cif.gz	22.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y9/6y9f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y9/6y9f	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6y9eC 6y9gC 4k2aS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6s6e-1 6y9g-1 4bau-d 2wj6-1 6y7b-3 2wj3-1 4cfs-3 3u1t-1 5y2x-d 4mj3-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Ancestral haloalkane dehalogenase AncHLD3

ヘテロ分子

34.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: native gel electrophoresis

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.420, 71.420, 225.760
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-532- HOH
2	1	A-726- HOH
3	1	A-771- HOH

#1: タンパク質	Ancestral haloalkane dehalogenase AncHLD3 分子量: 34073.863 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-NHE / 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID / N-CYCLOHEXYLTAURINE / CHES 分子量: 207.290 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₇NO₃S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 271 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.57 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.5 / 詳細: Sodium citrate tribasic, CHES

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.97625 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年10月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.26→61.852 Å / Num. obs: 92642 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 17 % / CC_1/2: 1 / Net I/σ(I): 25.7
反射シェル	解像度: 1.26→1.29 Å / Num. unique obs: 6558 / CC_1/2: 0.564

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18.1-3865	精密化
XDS		データ削減
xia2		データスケーリング
PHASER		位相決定
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4K2A

4k2a

解像度: 1.26→61.852 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 14.59 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1687	4591	4.96 %
R_work	0.1466	87912	-
obs	0.1477	92503	99.7 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 113.35 Å² / B_iso mean: 24.7953 Å² / B_iso min: 11.33 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.26→61.852 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2262	0	26	272	2560
B_iso mean	-	-	42.85	39.86	-
残基数	-	-	-	-	288

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.26-1.2743	0.2909	161	0.2886	2804	97
1.2743-1.2893	0.3208	136	0.2581	2770	98
1.2893-1.305	0.2804	142	0.244	2854	99
1.305-1.3216	0.2652	151	0.2181	2912	99
1.3216-1.339	0.2384	144	0.1965	2846	100
1.339-1.3573	0.2003	145	0.178	2906	100
1.3573-1.3767	0.2076	168	0.1663	2892	100
1.3767-1.3972	0.208	157	0.1472	2846	100
1.3972-1.4191	0.1849	148	0.1417	2906	100
1.4191-1.4423	0.164	148	0.144	2898	100
1.4423-1.4672	0.1913	134	0.1384	2914	100
1.4672-1.4939	0.1648	164	0.1332	2880	100
1.4939-1.5226	0.1748	131	0.1221	2943	100
1.5226-1.5537	0.1435	126	0.1145	2919	100
1.5537-1.5875	0.1311	155	0.1112	2928	100
1.5875-1.6244	0.1448	156	0.1127	2891	100
1.6244-1.6651	0.1577	140	0.1113	2923	100
1.6651-1.7101	0.1333	146	0.113	2922	100
1.7101-1.7604	0.1437	172	0.1171	2886	100
1.7604-1.8172	0.152	153	0.1198	2956	100
1.8172-1.8822	0.1449	172	0.1248	2924	100
1.8822-1.9575	0.162	138	0.1217	2929	100
1.9575-2.0466	0.1524	163	0.1242	2957	100
2.0466-2.1546	0.1257	159	0.1257	2937	100
2.1546-2.2895	0.1484	157	0.1303	2971	100
2.2895-2.4663	0.1634	175	0.1455	2970	100
2.4663-2.7145	0.1875	156	0.1667	2995	100
2.7145-3.1073	0.192	156	0.1692	3054	100
3.1073-3.9148	0.1567	180	0.1431	3062	100
3.9148-61.852	0.1803	158	0.1619	3317	100

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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