PDB-6y99: hSTING mutant R232K in complex with 2',3'-cGAMP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6y99

タイトル

hSTING mutant R232K in complex with 2',3'-cGAMP

要素

Stimulator of interferon genes protein

キーワード

PROTEIN BINDING / innate immune system / receptor / complex / membrane protein

機能・相同性

機能・相同性情報

STING complex / STING mediated induction of host immune responses / STAT6-mediated induction of chemokines / serine/threonine protein kinase complex / protein localization to endoplasmic reticulum / 2',3'-cyclic GMP-AMP binding / proton channel activity / cyclic-di-GMP binding / pattern recognition receptor signaling pathway / cGAS/STING signaling pathway ...STING complex / STING mediated induction of host immune responses / STAT6-mediated induction of chemokines / serine/threonine protein kinase complex / protein localization to endoplasmic reticulum / 2',3'-cyclic GMP-AMP binding / proton channel activity / cyclic-di-GMP binding / pattern recognition receptor signaling pathway / cGAS/STING signaling pathway / IRF3-mediated induction of type I IFN / positive regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway / reticulophagy / cellular response to exogenous dsRNA / cellular response to organic cyclic compound / protein complex oligomerization / positive regulation of type I interferon production / positive regulation of macroautophagy / autophagosome membrane / autophagosome assembly / cellular response to interferon-beta / positive regulation of defense response to virus by host / signaling adaptor activity / activation of innate immune response / antiviral innate immune response / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / positive regulation of interferon-beta production / autophagosome / Regulation of innate immune responses to cytosolic DNA / secretory granule membrane / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / cytoplasmic vesicle membrane / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / positive regulation of protein binding / peroxisome / regulation of inflammatory response / defense response to virus / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / mitochondrial outer membrane / endosome / Golgi membrane / innate immune response / ubiquitin protein ligase binding / Neutrophil degranulation / endoplasmic reticulum membrane / protein kinase binding / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / perinuclear region of cytoplasm / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / identical protein binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.984 Å

データ登録者

Boura, E. / Smola, M.

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2021
タイトル: Ligand Strain and Its Conformational Complexity Is a Major Factor in the Binding of Cyclic Dinucleotides to STING Protein.
著者: Smola, M. / Gutten, O. / Dejmek, M. / Kozisek, M. / Evangelidis, T. / Tehrani, Z.A. / Novotna, B. / Nencka, R. / Birkus, G. / Rulisek, L. / Boura, E.

履歴

登録	2020年3月6日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年3月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年4月13日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2 Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6y99.cif.gz	82 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6y99.ent.gz	60.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6y99.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6y99_validation.pdf.gz	863.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6y99_full_validation.pdf.gz	866.1 KB	表示
XML形式データ	6y99_validation.xml.gz	9.5 KB	表示
CIF形式データ	6y99_validation.cif.gz	11.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y9/6y99 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y9/6y99	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6ydbC 6ydzC 6yeaC 6z0zC 6z15C 4ksyS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6ul0-1 4iz7-1 6s27-1 4lol-d 5bqx-1 2gtm-d 4gmy-d 2bfx-2 1sg6-1 6z15-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (2) #55 - 2004年7月 DNAリガーゼ (DNA Ligase) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Stimulator of interferon genes protein

ヘテロ分子

23.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Stimulator of interferon genes protein

ヘテロ分子

A: Stimulator of interferon genes protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
47.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	111.703, 111.703, 35.058
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	Stimulator of interferon genes protein / hSTING / Endoplasmic reticulum interferon stimulator / ERIS / Mediator of IRF3 activation / hMITA / ...hSTING / Endoplasmic reticulum interferon stimulator / ERIS / Mediator of IRF3 activation / hMITA / Transmembrane protein 173 分子量: 23161.051 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: STING1, ERIS, MITA, TMEM173 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q86WV6
#2: 化合物	ChemComp-1SY / cGAMP / 2',3' cGAMP / c-GMP-AMP / c[G(2',5')pA(3',5')p] / 2′,3′-cGAMP 分子量: 674.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₂₄N₁₀O₁₃P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.9 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2 M tri-Sodium Citrate dihydrate 20% (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年1月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.984→39.493 Å / Num. obs: 4861 / % possible obs: 98.71 % / 冗長度: 12.4 % / CC_1/2: 0.988 / R_merge(I) obs: 0.2328 / R_pim(I) all: 0.06943 / R_rim(I) all: 0.2433 / Net I/σ(I): 8.57
反射シェル	解像度: 2.984→3.091 Å / R_merge(I) obs: 2.156 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 464 / CC_1/2: 0.45 / R_pim(I) all: 0.6587 / R_rim(I) all: 2.26

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	4.83 Å	39.49 Å
Translation	4.83 Å	39.49 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.14_3260	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER	2.8.2	位相決定
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4KSY

4ksy

解像度: 2.984→39.493 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.92 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2845	241	5.01 %
R_work	0.2353	4565	-
obs	0.2379	4806	98.77 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 158.24 Å² / B_iso mean: 78.6765 Å² / B_iso min: 28.37 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.984→39.493 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1395	0	68	5	1468
B_iso mean	-	-	66.5	60.9	-
残基数	-	-	-	-	177

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.9841-3.7592	0.3861	115	0.309	2188	97
3.7592-39.49	0.2511	126	0.2105	2377	100

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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