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- PDB-6y8q: AbiEi antitoxin from Streptococcus agalactiae -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6y8q
タイトルAbiEi antitoxin from Streptococcus agalactiae
要素Abortive phage infection protein
キーワードANTITOXIN / DNA-binding / Toxin-Antitoxin systems / AbiE
機能・相同性Transcriptional regulator, AbiEi antitoxin / Transcriptional regulator, AbiEi antitoxin / DNA-binding transcription repressor activity / protein-DNA complex / transcription cis-regulatory region binding / negative regulation of DNA-templated transcription / Abortive phage infection protein / Abortive infection protein AbiGI
機能・相同性情報
生物種Streptococcus agalactiae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.83 Å
データ登録者Blower, T.R. / Beck, I.N.
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2020
タイトル: Antitoxin autoregulation of M. tuberculosis toxin-antitoxin expression through negative cooperativity arising from multiple inverted repeat sequences.
著者: Beck, I.N. / Usher, B. / Hampton, H.G. / Fineran, P.C. / Blower, T.R.
履歴
登録2020年3月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年12月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Abortive phage infection protein
B: Abortive phage infection protein
C: Abortive phage infection protein
D: Abortive phage infection protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,8139
ポリマ－91,8824
非ポリマー9315
水11,836657
1
A: Abortive phage infection protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,0932
ポリマ－22,9701
非ポリマー1221
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Abortive phage infection protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,0932
ポリマ－22,9701
非ポリマー1221
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Abortive phage infection protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,3753
ポリマ－22,9701
非ポリマー4042
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Abortive phage infection protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,2532
ポリマ－22,9701
非ポリマー2821
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)34.240, 80.850, 122.170
Angle α, β, γ (deg.)102.480, 96.740, 100.470
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z

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要素

#1: タンパク質
Abortive phage infection protein


分子量: 22970.385 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus agalactiae (バクテリア)
遺伝子: AX245_08605, F5043_04970 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0E1ENP6, UniProt: Q8DZ36*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-B3P / 2-[3-(2-HYDROXY-1,1-DIHYDROXYMETHYL-ETHYLAMINO)-PROPYLAMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / 2,2′-(トリメチレンビスイミノ)ビス[2-(ヒドロキシメチル)プロパン-1,3-ジオ-ル]


分子量: 282.334 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H26N2O6 / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 657 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.17 %
結晶化温度: 294.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 15% PEG 3350, 0.2 M Sodium acetate trihydrate, 0.1 M 1,3-bis(tris(hydroxymethyl)methylamino)propane

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年1月11日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.83→42.11 Å / Num. obs: 106618 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 1.94 % / Biso Wilson estimate: 29.9 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 10.7
反射 シェル解像度: 1.83→1.86 Å / Num. unique obs: 5213 / CC1/2: 0.471

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC7.0.078精密化
PHENIX1.14_3260精密化
Aimlessデータ削減
xia2data processing
SHELXCD位相決定
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.83→42.1 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 21.8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2095 5193 4.87 %
Rwork0.1813 --
obs0.1827 106601 97.35 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 39.61 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.83→42.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6397 0 62 657 7116
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01136605
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.09778924
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0592973
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00721120
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.48832502
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.83-1.850.3061650.29533321X-RAY DIFFRACTION96.19
1.85-1.870.33721720.27613367X-RAY DIFFRACTION96.4
1.87-1.90.2891870.27063389X-RAY DIFFRACTION96.44
1.9-1.920.2841540.25913358X-RAY DIFFRACTION96.48
1.92-1.940.27281740.253310X-RAY DIFFRACTION96.19
1.94-1.970.27841690.24873345X-RAY DIFFRACTION97.1
1.97-20.26461620.23313424X-RAY DIFFRACTION96.53
2-2.030.24651930.22033331X-RAY DIFFRACTION97.05
2.03-2.060.24841820.21723294X-RAY DIFFRACTION96.56
2.06-2.090.24081640.20283350X-RAY DIFFRACTION96.38
2.09-2.130.2091960.1943460X-RAY DIFFRACTION97.68
2.13-2.170.21572120.19673273X-RAY DIFFRACTION96.91
2.17-2.210.23321720.19773314X-RAY DIFFRACTION96.7
2.21-2.260.21821510.19323445X-RAY DIFFRACTION97.37
2.26-2.310.20721880.18713381X-RAY DIFFRACTION97.3
2.31-2.360.24411720.18383286X-RAY DIFFRACTION96.73
2.36-2.420.25421690.19283447X-RAY DIFFRACTION96.92
2.42-2.480.22021540.18443374X-RAY DIFFRACTION97.81
2.48-2.560.211630.18343420X-RAY DIFFRACTION98.11
2.56-2.640.21161510.17683469X-RAY DIFFRACTION98.08
2.64-2.730.20561960.17723341X-RAY DIFFRACTION98.09
2.73-2.840.19351960.17753448X-RAY DIFFRACTION98.41
2.84-2.970.18731670.17943363X-RAY DIFFRACTION98.58
2.97-3.130.2111690.18033468X-RAY DIFFRACTION97.8
3.13-3.320.20541590.1753355X-RAY DIFFRACTION98.4
3.32-3.580.18272050.16573401X-RAY DIFFRACTION98.39
3.58-3.940.18711500.15573445X-RAY DIFFRACTION98.71
3.94-4.510.18671790.14253414X-RAY DIFFRACTION98.3
4.51-5.680.16461630.16053435X-RAY DIFFRACTION97.53
5.68-42.10.2421590.19983380X-RAY DIFFRACTION97.57

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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