PDB-6y7n: The crystal structure of the eight-bladed symmetrical designer pr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6y7n

タイトル

The crystal structure of the eight-bladed symmetrical designer protein Tako8 in the presence of tellurotungstic Anderson-Evans (TEW)

要素

Tako8

キーワード

DE NOVO PROTEIN / Designer protein / polyoxometalate / POM / TEW / packing

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Vandebroek, L. / Noguchi, H. / Parac-Vogt, T.N. / Van Meervelt, L. / Voet, A.R.D.

引用

ジャーナル: Cryst.Growth Des. / 年: 2021
タイトル: Shape and Size Complementarity-Induced Formation of Supramolecular Protein Assemblies with Metal-Oxo Clusters
著者: Vandebroek, L. / Noguchi, H. / Kamata, K. / Tame, J.R.H. / Parac-Vogt, T.N. / Voet, A.R.D.

履歴

登録	2020年3月2日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年12月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年1月27日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6y7n.cif.gz	143.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6y7n.ent.gz	111 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6y7n.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6y7n_validation.pdf.gz	424.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6y7n_full_validation.pdf.gz	427.1 KB	表示
XML形式データ	6y7n_validation.xml.gz	26.9 KB	表示
CIF形式データ	6y7n_validation.cif.gz	42 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y7/6y7n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y7/6y7n	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6y7oC 6y7pC 6g6mS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5oj3-d 6tjh-d 3tza-d 1fto-d 4isu-1 1lb9-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Tako8

B: Tako8

70 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	73.586, 60.929, 73.613
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Tako8 分子量: 35024.230 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 596 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.79 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4.5 / 詳細: 0.1M sodium acetate, 3.1M sodium chloride

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.97951 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97951 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→46.94 Å / Num. obs: 85806 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.3 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.025 / R_pim(I) all: 0.023 / R_rim(I) all: 0.033 / Net I/σ(I): 21.4
反射シェル	解像度: 1.6→1.63 Å / R_merge(I) obs: 0.074 / Mean I/σ(I) obs: 8.3 / Num. unique obs: 4215 / CC_1/2: 0.994 / R_pim(I) all: 0.07 / R_rim(I) all: 0.103

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.16	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6g6m

6g6m

解像度: 1.6→46.93 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 37.65

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2495	4444	5.19 %
R_work	0.217	-	-
obs	0.2188	85551	99.48 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 81.51 Å² / B_iso mean: 19.4706 Å² / B_iso min: 5.89 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.6→46.93 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4850	0	0	596	5446
B_iso mean	-	-	-	28.15	-
残基数	-	-	-	-	638

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.6-1.6182	0.3582	152	0.2693	2672	100
1.6182-1.6373	0.285	116	0.2671	2735	100
1.6373-1.6572	0.2443	134	0.262	2677	99
1.6572-1.6782	0.2375	138	0.2399	2736	100
1.6782-1.7003	0.4008	142	0.2487	2669	100
1.7003-1.7236	0.2539	134	0.2402	2714	100
1.7236-1.7482	0.3157	134	0.2642	2704	100
1.7482-1.7743	0.2929	156	0.2421	2700	100
1.7743-1.802	0.3421	124	0.2563	2779	100
1.802-1.8316	0.2939	140	0.2486	2665	100
1.8316-1.8631	0.2592	230	0.2397	2617	100
1.8631-1.897	0.2801	134	0.2333	2718	100
1.897-1.9335	0.2628	140	0.2575	2723	100
1.9335-1.973	0.2363	156	0.2245	2697	100
1.973-2.0159	0.2262	140	0.2285	2694	100
2.0159-2.0628	0.2296	157	0.2154	2679	100
2.0628-2.1144	0.2793	190	0.2181	2691	100
2.1144-2.1715	0.1815	190	0.2241	2666	100
2.1715-2.2354	0.2008	154	0.2249	2669	100
2.2354-2.3076	0.2086	138	0.2175	2753	100
2.3076-2.3901	0.249	183	0.2299	2685	100
2.3901-2.4857	0.2297	142	0.2173	2657	100
2.4857-2.5989	0.3926	116	0.2355	2752	100
2.5989-2.7359	0.2756	67	0.2095	2865	100
2.7359-2.9073	0.3132	142	0.2102	2695	100
2.9073-3.1317	0.2429	177	0.2159	2682	100
3.1317-3.4467	0.231	181	0.205	2711	100
3.4467-3.9453	0.2539	131	0.1807	2741	99
3.9453-4.9698	0.2099	131	0.173	2751	99
4.9698-46.93	0.237	175	0.1995	2610	93

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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