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- PDB-6y78: Structure of galectin-3C in complex with lactose determined by se... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6y78
タイトルStructure of galectin-3C in complex with lactose determined by serial crystallography using a silicon nitride membrane support
要素Galectin-3
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / galectin / synchrotron serial crystallography / solid support / silicon nitride membranel
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of protein tyrosine phosphatase activity / negative regulation of immunological synapse formation / disaccharide binding / negative regulation of T cell activation via T cell receptor contact with antigen bound to MHC molecule on antigen presenting cell / RUNX2 regulates genes involved in differentiation of myeloid cells / regulation of T cell apoptotic process / mononuclear cell migration / negative regulation of endocytosis / IgE binding / positive regulation of mononuclear cell migration ...negative regulation of protein tyrosine phosphatase activity / negative regulation of immunological synapse formation / disaccharide binding / negative regulation of T cell activation via T cell receptor contact with antigen bound to MHC molecule on antigen presenting cell / RUNX2 regulates genes involved in differentiation of myeloid cells / regulation of T cell apoptotic process / mononuclear cell migration / negative regulation of endocytosis / IgE binding / positive regulation of mononuclear cell migration / eosinophil chemotaxis / regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of myeloid cells / protein phosphatase inhibitor activity / negative regulation of T cell receptor signaling pathway / regulation of T cell proliferation / positive chemotaxis / positive regulation of calcium ion import / chemoattractant activity / macrophage chemotaxis / monocyte chemotaxis / Advanced glycosylation endproduct receptor signaling / ficolin-1-rich granule membrane / immunological synapse / laminin binding / epithelial cell differentiation / RNA splicing / neutrophil chemotaxis / secretory granule membrane / molecular condensate scaffold activity / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of protein localization to plasma membrane / spliceosomal complex / positive regulation of protein-containing complex assembly / mRNA processing / carbohydrate binding / protein phosphatase binding / collagen-containing extracellular matrix / mitochondrial inner membrane / innate immune response / Neutrophil degranulation / cell surface / RNA binding / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / membrane / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Galectin-like / Galactoside-binding lectin / Galectin / Galectin, carbohydrate recognition domain / Galactoside-binding lectin / Galactoside-binding lectin (galectin) domain profile. / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-lactose / Galectin-3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Hakansson, M. / Welin, M. / Shilova, A. / Kovacic, R. / Mueller, U. / Logan, D.T.
資金援助 スウェーデン, 1件
組織認可番号国
Vinnova2018-04409 スウェーデン
引用ジャーナル: J.Synchrotron Radiat. / 年: 2020
タイトル: Current status and future opportunities for serial crystallography at MAX IV Laboratory.
著者: Shilova, A. / Lebrette, H. / Aurelius, O. / Nan, J. / Welin, M. / Kovacic, R. / Ghosh, S. / Safari, C. / Friel, R.J. / Milas, M. / Matej, Z. / Hogbom, M. / Branden, G. / Kloos, M. / Shoeman, ...著者: Shilova, A. / Lebrette, H. / Aurelius, O. / Nan, J. / Welin, M. / Kovacic, R. / Ghosh, S. / Safari, C. / Friel, R.J. / Milas, M. / Matej, Z. / Hogbom, M. / Branden, G. / Kloos, M. / Shoeman, R.L. / Doak, B. / Ursby, T. / Hakansson, M. / Logan, D.T. / Mueller, U.
履歴
登録2020年2月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年7月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年9月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Galectin-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,0432
ポリマ－15,7011
非ポリマー3421
水1,31573
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area390 Å2
ΔGint2 kcal/mol
Surface area6810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)35.670, 56.360, 61.170
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab

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要素

#1: タンパク質 Galectin-3 / Gal-3 / 35 kDa lectin / Carbohydrate-binding protein 35 / CBP 35 / Galactose-specific lectin 3 / ...Gal-3 / 35 kDa lectin / Carbohydrate-binding protein 35 / CBP 35 / Galactose-specific lectin 3 / Galactoside-binding protein / GALBP / IgE-binding protein / L-31 / Laminin-binding protein / Lectin L-29 / Mac-2 antigen


分子量: 15701.049 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LGALS3, MAC2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P17931
#2: 多糖 beta-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose / beta-lactose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: beta-lactose
記述子タイププログラム
DGalpb1-4DGlcpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5][a2112h-1b_1-5]/1-2/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Galp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 73 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 32303

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.18 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Crystals were grown on XtalTool supports (Jena Bioscience) over a 24 well VDX-plate with 1 ml reservoir. The drop was made up of 1 microlitre 20 mg/ml protein in 10 mM sodium phosphate pH 7. ...詳細: Crystals were grown on XtalTool supports (Jena Bioscience) over a 24 well VDX-plate with 1 ml reservoir. The drop was made up of 1 microlitre 20 mg/ml protein in 10 mM sodium phosphate pH 7.4, 100 mM NaCl, 10 mM beta-mercaptoethanol, 2 mM lactose, 0.25 microlitres of galectin-3C seed crystals in a stabilization solution containing 0.1 M Tris pH 7.5, 33% (w/v) PEG 4000, 0.1 M MgCl2, 0.2 M NaSCN and 0.75 microlitres reservoir solution containing 0.1 M Tris pH 7.5, 34% (w/v) PEG 4000, 0.2 M NaSCN and 8 mM beta-mercapthoethanol. Crystals grew to a size of approximately 10-15 micrometer.

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX IV / ビームライン: BioMAX / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月4日
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→61 Å / Num. obs: 14154 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 195.2 % / Biso Wilson estimate: 21.27 Å2 / R split: 0.155 / Net I/σ(I): 5.3
反射 シェル解像度: 1.7→1.75 Å / 冗長度: 133.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.41 / Num. unique obs: 1369 / R split: 1.833 / % possible all: 100
Serial crystallography measurementSource size: 100 µm2
Serial crystallography sample delivery解説: silicon nitride membrane (Silson) / 手法: fixed target
Serial crystallography sample delivery fixed target解説: silicon nitride membrane / Motion control: MD3 (Arinax) / Sample dehydration prevention: membrane sandwich / Support base: cryo cap
Serial crystallography data reductionFrame hits: 21029 / Frames failed index: 7507 / Frames indexed: 13522 / Frames total: 32303

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
CrystFELデータ削減
CrystFELデータスケーリング
PHENIX1.16_3549位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6EYM

6eym


解像度: 1.7→41.45 Å / SU ML: 0.1801 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 21.9329
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.197 678 4.99 %
Rwork0.1656 12908 -
obs0.1672 13586 96.29 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 28.49 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→41.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1106 0 23 73 1202
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01991214
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.59331665
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0636191
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0085219
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.0291475
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7-1.830.29651170.25122257X-RAY DIFFRACTION86.33
1.83-2.020.23251300.17462548X-RAY DIFFRACTION96.23
2.02-2.310.20311350.15622609X-RAY DIFFRACTION98.81
2.31-2.910.1851500.17462678X-RAY DIFFRACTION99.72
2.91-41.450.18371460.15322816X-RAY DIFFRACTION99.97
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 12.6737030943 Å / Origin y: 0.42243450904 Å / Origin z: 6.2913268179 Å
111213212223313233
T0.126981289561 Å20.00384425539812 Å2-0.0227704047979 Å2-0.144844972328 Å2-0.00306944044697 Å2--0.120903534827 Å2
L1.30698630371 °20.453715315946 °2-0.662799809079 °2-2.59295220083 °2-1.34351359642 °2--2.88373755161 °2
S0.0252464820698 Å °-0.00968382959128 Å °-0.116037686713 Å °-0.0338675423209 Å °-0.0373211789152 Å °-0.0425147890315 Å °0.200967969458 Å °0.0724438077038 Å °0.00548596782862 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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