PDB-6y5t: Crystal structure of savinase at room temperature

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6y5t

タイトル

Crystal structure of savinase at room temperature

要素

Subtilisin Savinase

キーワード

HYDROLASE / SUBTILISIN SAVINASE / Protein dynamics / alternative conformations

機能・相同性

機能・相同性情報

subtilisin / sporulation resulting in formation of a cellular spore / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus lentus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.1 Å

データ登録者

Wu, S. / Moroz, O. / Turkenburg, J. / Nielsen, J.E. / Wilson, K.S. / Teilum, K.

資金援助

デンマーク, 1件

引用

ジャーナル: Peerj / 年: 2020
タイトル: Conformational heterogeneity of Savinase from NMR, HDX-MS and X-ray diffraction analysis.
著者: Wu, S. / Nguyen, T.T.T.N. / Moroz, O.V. / Turkenburg, J.P. / Nielsen, J.E. / Wilson, K.S. / Rand, K.D. / Teilum, K.

履歴

登録	2020年2月25日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年6月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年7月15日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6y5t.cif.gz	141.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6y5t.ent.gz	91.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6y5t.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y5/6y5t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y5/6y5t	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6y5sC 4cfyS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5ard-d 4cfz-d 1bh6-d 1gns-d 1av7-d 1wsd-d 1st3-d 1gci-d 1sel-2 4cfy-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#184 - 2015年4月グルカゴン (Glucagon) 類似性 (11) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (13)

登録構造単位

A: Subtilisin Savinase

ヘテロ分子

26.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.704, 62.205, 75.766
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Subtilisin Savinase / Alkaline protease 分子量: 26718.381 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus lentus (バクテリア) / 発現宿主: Bacillus licheniformis (バクテリア) / 参照: UniProt: P29600, subtilisin
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 174 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.53 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.2 M NaBr, 0.1 M Bis Tris propane, 20% PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 297 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.8856 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年7月31日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8856 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.1→48.08 Å / Num. obs: 91686 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4.9 % / B_iso Wilson estimate: 11.23 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 19.8
反射シェル	解像度: 1.1→1.11 Å / R_merge(I) obs: 1.341 / Num. unique obs: 4525 / CC_1/2: 0.502

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4cfy

4cfy

解像度: 1.1→40.37 Å / SU ML: 0.1049 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 14.1402

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1498	4510	4.92 %
R_work	0.1304	-	-
obs	0.1314	91615	99.49 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.37 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.1→40.37 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1880	0	2	174	2056

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0056	2158
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8482	3000
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0814	344
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0059	414
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.4537	347

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.1-1.11	0.3103	145	0.2881	2918	X-RAY DIFFRACTION	99.77
1.11-1.13	0.2417	153	0.2552	2842	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.13-1.14	0.2532	149	0.2461	2903	X-RAY DIFFRACTION	99.71
1.14-1.15	0.2405	148	0.2334	2858	X-RAY DIFFRACTION	99.67
1.15-1.17	0.233	133	0.2149	2897	X-RAY DIFFRACTION	99.54
1.17-1.18	0.215	150	0.1995	2879	X-RAY DIFFRACTION	99.64
1.18-1.2	0.2201	158	0.1927	2852	X-RAY DIFFRACTION	99.67
1.2-1.22	0.2097	148	0.1828	2881	X-RAY DIFFRACTION	99.67
1.22-1.24	0.1908	150	0.1758	2895	X-RAY DIFFRACTION	99.77
1.24-1.26	0.2153	137	0.1804	2880	X-RAY DIFFRACTION	99.7
1.26-1.28	0.1982	162	0.1639	2865	X-RAY DIFFRACTION	99.51
1.28-1.3	0.1955	160	0.1443	2864	X-RAY DIFFRACTION	99.74
1.3-1.33	0.1576	146	0.1407	2904	X-RAY DIFFRACTION	99.8
1.33-1.36	0.1729	146	0.1309	2908	X-RAY DIFFRACTION	99.71
1.36-1.39	0.1475	141	0.1245	2880	X-RAY DIFFRACTION	99.87
1.39-1.42	0.1471	166	0.115	2892	X-RAY DIFFRACTION	99.8
1.42-1.45	0.1451	146	0.1048	2908	X-RAY DIFFRACTION	99.71
1.45-1.49	0.1495	156	0.104	2874	X-RAY DIFFRACTION	99.61
1.49-1.54	0.1468	150	0.098	2909	X-RAY DIFFRACTION	99.84
1.54-1.59	0.16	151	0.0924	2888	X-RAY DIFFRACTION	99.57
1.59-1.64	0.1087	164	0.0959	2888	X-RAY DIFFRACTION	99.38
1.64-1.71	0.1246	138	0.0939	2924	X-RAY DIFFRACTION	99.84
1.71-1.79	0.1194	167	0.0949	2907	X-RAY DIFFRACTION	99.71
1.79-1.88	0.1138	152	0.0996	2911	X-RAY DIFFRACTION	99.45
1.88-2	0.1313	152	0.104	2933	X-RAY DIFFRACTION	99.55
2-2.15	0.1231	156	0.1008	2908	X-RAY DIFFRACTION	99.38
2.15-2.37	0.1248	140	0.1187	2958	X-RAY DIFFRACTION	99.1
2.37-2.71	0.1396	137	0.1315	2977	X-RAY DIFFRACTION	99.14
2.71-3.42	0.1531	157	0.1401	2953	X-RAY DIFFRACTION	98.39
3.42-40.37	0.1422	152	0.1354	3049	X-RAY DIFFRACTION	96.85

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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