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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6y4e | ||||||
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タイトル | X-ray structure of the Zn-dependent receptor-binding domain of Proteus mirabilis MR/P fimbrial adhesin MrpH | ||||||
![]() | Fimbrial adhesin | ||||||
![]() | CELL ADHESION / Metal binding protein / fimbrial adhesin | ||||||
機能・相同性 | Fimbrial-type adhesion domain superfamily / pilus / cell adhesion / L(+)-TARTARIC ACID / Fimbrial adhesin![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Knight, S.D. / Ubhayasekera, W. / Jiang, W. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: MrpH, a new class of metal-binding adhesin, requires zinc to mediate biofilm formation. 著者: Jiang, W. / Ubhayasekera, W. / Breed, M.C. / Norsworthy, A.N. / Serr, N. / Mobley, H.L.T. / Pearson, M.M. / Knight, S.D. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 115.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 79.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 9.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 13.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15046.806 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: mrpH, PMI0270 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-ZN / |
#3: 化合物 | ChemComp-TLA / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 30.4 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: Morpheus HT screen (Molecular Dimensions, UK) condition C9 (0.03 M sodium nitrate, 0.03 M sodium phosphate dibasic and 0.03 M ammonium sulfate, 0.1 bicine/Trizma base pH 8.5, 10% w/v PEG ...詳細: Morpheus HT screen (Molecular Dimensions, UK) condition C9 (0.03 M sodium nitrate, 0.03 M sodium phosphate dibasic and 0.03 M ammonium sulfate, 0.1 bicine/Trizma base pH 8.5, 10% w/v PEG 20000 and 20% v/v PEG MME 550). |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年7月17日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.02→39.15 Å / Num. obs: 52285 / % possible obs: 98.22 % / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 9.17 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.0461 / Rpim(I) all: 0.0227 / Rrim(I) all: 0.0516 / Net I/σ(I): 15 |
反射 シェル | 解像度: 1.02→1.056 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.549 / Mean I/σ(I) obs: 2.31 / Num. unique obs: 20712 / CC1/2: 0.878 / CC star: 0.967 / Rpim(I) all: 0.3 / Rrim(I) all: 0.629 / % possible all: 95.05 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 13.54 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.02→39.15 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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