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- PDB-6y3x: Crystal structure of the Francisella novicida lysine decarboxylas... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6y3x
タイトルCrystal structure of the Francisella novicida lysine decarboxylase LdcF
要素Lysine decarboxylase
キーワードLYASE / lysine decarboxylase / Oxidative Stress Resistance
機能・相同性
機能・相同性情報


lysine decarboxylase / lysine decarboxylase activity / amino acid metabolic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Orn/Lys/Arg decarboxylase, N-terminal / Ornithine/lysine/arginine decarboxylase / Orn/Lys/Arg decarboxylase, N-terminal domain / Orn/Lys/Arg decarboxylases family 1 pyridoxal-P attachment site. / Orn/Lys/Arg decarboxylase, major domain / Orn/Lys/Arg decarboxylase, C-terminal / Orn/Lys/Arg decarboxylase, C-terminal domain superfamily / Orn/Lys/Arg decarboxylase, major domain / Orn/Lys/Arg decarboxylase, C-terminal domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain ...Orn/Lys/Arg decarboxylase, N-terminal / Ornithine/lysine/arginine decarboxylase / Orn/Lys/Arg decarboxylase, N-terminal domain / Orn/Lys/Arg decarboxylases family 1 pyridoxal-P attachment site. / Orn/Lys/Arg decarboxylase, major domain / Orn/Lys/Arg decarboxylase, C-terminal / Orn/Lys/Arg decarboxylase, C-terminal domain superfamily / Orn/Lys/Arg decarboxylase, major domain / Orn/Lys/Arg decarboxylase, C-terminal domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase
類似検索 - ドメイン・相同性
Cadmium-translocating P-type ATPase
類似検索 - 構成要素
生物種Francisella tularensis subsp. novicida (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Felix, J. / Siebert, C. / Gutsche, I. / Renesto, P.
資金援助 フランス, 2件
組織認可番号国
European Molecular Biology Organization (EMBO)ALTF441-2017 フランス
Marie Sklodowska-Curie Actions, FragNET ITNRespViRaLi フランス
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2021
タイトル: Structural and functional analysis of the Francisella lysine decarboxylase as a key actor in oxidative stress resistance.
著者: Felix, J. / Siebert, C. / Ducassou, J.N. / Nigou, J. / Garcia, P.S. / Fraudeau, A. / Huard, K. / Mas, C. / Brochier-Armanet, C. / Coute, Y. / Gutsche, I. / Renesto, P.
履歴
登録2020年2月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年1月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lysine decarboxylase
B: Lysine decarboxylase
C: Lysine decarboxylase
D: Lysine decarboxylase
E: Lysine decarboxylase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)413,2015
ポリマ－413,2015
非ポリマー00
水00
1
A: Lysine decarboxylase
B: Lysine decarboxylase
C: Lysine decarboxylase
D: Lysine decarboxylase
E: Lysine decarboxylase

A: Lysine decarboxylase
B: Lysine decarboxylase
C: Lysine decarboxylase
D: Lysine decarboxylase
E: Lysine decarboxylase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)826,40210
ポリマ－826,40210
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
Buried area82320 Å2
ΔGint-405 kcal/mol
Surface area227240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)165.271, 318.247, 184.022
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Space group name HallC2c2
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
41
51

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLUGLUCYSCYS(chain 'A' and (resid 24 through 30 or (resid 31...AA24 - 5530 - 61
12VALVALLEULEU(chain 'A' and (resid 24 through 30 or (resid 31...AA58 - 24064 - 246
13ARGARGLYSLYS(chain 'A' and (resid 24 through 30 or (resid 31...AA243 - 282249 - 288
14THRTHRLEULEU(chain 'A' and (resid 24 through 30 or (resid 31...AA285 - 324291 - 330
15LYSLYSTHRTHR(chain 'A' and (resid 24 through 30 or (resid 31...AA328 - 367334 - 373
16LLPLLPASPASP(chain 'A' and (resid 24 through 30 or (resid 31...AA369 - 711375 - 717
27GLUGLUCYSCYS(chain 'B' and (resid 24 through 30 or (resid 31...BB24 - 5530 - 61
28VALVALLEULEU(chain 'B' and (resid 24 through 30 or (resid 31...BB58 - 24064 - 246
29ARGARGLYSLYS(chain 'B' and (resid 24 through 30 or (resid 31...BB243 - 282249 - 288
210THRTHRLEULEU(chain 'B' and (resid 24 through 30 or (resid 31...BB285 - 324291 - 330
211LYSLYSTHRTHR(chain 'B' and (resid 24 through 30 or (resid 31...BB328 - 367334 - 373
212LLPLLPASPASP(chain 'B' and (resid 24 through 30 or (resid 31...BB369 - 711375 - 717
313GLUGLUCYSCYS(chain 'C' and (resid 24 through 30 or (resid 31...CC24 - 5530 - 61
314VALVALLEULEU(chain 'C' and (resid 24 through 30 or (resid 31...CC58 - 24064 - 246
315ARGARGLYSLYS(chain 'C' and (resid 24 through 30 or (resid 31...CC243 - 282249 - 288
316THRTHRLEULEU(chain 'C' and (resid 24 through 30 or (resid 31...CC285 - 324291 - 330
317LYSLYSTHRTHR(chain 'C' and (resid 24 through 30 or (resid 31...CC328 - 367334 - 373
318LLPLLPASPASP(chain 'C' and (resid 24 through 30 or (resid 31...CC369 - 711375 - 717
419GLUGLUCYSCYS(chain 'D' and (resid 24 or (resid 25 and (name...DD24 - 5530 - 61
420VALVALLEULEU(chain 'D' and (resid 24 or (resid 25 and (name...DD58 - 24064 - 246
421ARGARGLYSLYS(chain 'D' and (resid 24 or (resid 25 and (name...DD243 - 282249 - 288
422THRTHRLEULEU(chain 'D' and (resid 24 or (resid 25 and (name...DD285 - 324291 - 330
423LYSLYSTHRTHR(chain 'D' and (resid 24 or (resid 25 and (name...DD328 - 367334 - 373
424LLPLLPASPASP(chain 'D' and (resid 24 or (resid 25 and (name...DD369 - 711375 - 717
525GLUGLUCYSCYS(chain 'E' and (resid 24 through 30 or (resid 31...EE24 - 5530 - 61
526VALVALLEULEU(chain 'E' and (resid 24 through 30 or (resid 31...EE58 - 24064 - 246
527ARGARGLYSLYS(chain 'E' and (resid 24 through 30 or (resid 31...EE243 - 282249 - 288
528THRTHRLEULEU(chain 'E' and (resid 24 through 30 or (resid 31...EE285 - 324291 - 330
529LYSLYSTHRTHR(chain 'E' and (resid 24 through 30 or (resid 31...EE328 - 367334 - 373
530LLPLLPASPASP(chain 'E' and (resid 24 through 30 or (resid 31...EE369 - 711375 - 717

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要素

#1: タンパク質
Lysine decarboxylase


分子量: 82640.203 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Francisella tularensis subsp. novicida (バクテリア)
遺伝子: FTN_0504 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0Q584
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.99 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: Buffer: 50 mM HEPES pH 7, 25 mM NaCl, 0.1 mM PLP, 1 mM DTT Crystallization condition: 25% Ethylene Glycol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1.0744 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年8月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0744 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.4→146.7 Å / Num. obs: 66664 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 152.29 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rrim(I) all: 0.087 / Net I/σ(I): 12.16
反射 シェル解像度: 3.4→3.6 Å / 冗長度: 3.8 % / Mean I/σ(I) obs: 0.94 / Num. unique obs: 10429 / CC1/2: 0.449 / Rrim(I) all: 1.709 / % possible all: 96.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_3689精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3N75

3n75


解像度: 3.4→89.27 Å / SU ML: 0.6107 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 26.9385
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2343 6654 10 %
Rwork0.1855 59912 -
obs0.1904 66566 99.11 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 165.19 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.4→89.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数28440 0 0 0 28440
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.002729160
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.643939668
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04264384
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0045139
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.8883872
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.4-3.430.59522010.60051826X-RAY DIFFRACTION90.45
3.43-3.470.49812210.48041975X-RAY DIFFRACTION98.79
3.47-3.520.49582150.43021963X-RAY DIFFRACTION99.27
3.52-3.560.36352180.35721976X-RAY DIFFRACTION99.64
3.56-3.610.38382210.31611990X-RAY DIFFRACTION99.1
3.61-3.660.36392200.31211989X-RAY DIFFRACTION99.5
3.66-3.710.32562200.27421968X-RAY DIFFRACTION99.64
3.71-3.770.27512230.25942008X-RAY DIFFRACTION99.64
3.77-3.820.29872220.24091989X-RAY DIFFRACTION99.68
3.82-3.890.30622190.23331975X-RAY DIFFRACTION99.55
3.89-3.950.28662220.22251999X-RAY DIFFRACTION99.69
3.95-4.030.29222210.22491990X-RAY DIFFRACTION99.73
4.03-4.10.27822190.22151980X-RAY DIFFRACTION99.59
4.1-4.190.28712230.20091998X-RAY DIFFRACTION99.64
4.19-4.280.25252220.18661999X-RAY DIFFRACTION99.37
4.28-4.380.22632210.17271992X-RAY DIFFRACTION99.55
4.38-4.490.21782230.15591999X-RAY DIFFRACTION99.42
4.49-4.610.22272230.14991999X-RAY DIFFRACTION99.46
4.61-4.740.20412230.1481995X-RAY DIFFRACTION99.51
4.74-4.90.1852220.14761989X-RAY DIFFRACTION99.73
4.9-5.070.21562210.15061992X-RAY DIFFRACTION99.77
5.07-5.270.20172250.15622039X-RAY DIFFRACTION99.69
5.28-5.520.23372220.15631997X-RAY DIFFRACTION99.46
5.52-5.810.2192220.16192000X-RAY DIFFRACTION99.24
5.81-6.170.22342260.17282024X-RAY DIFFRACTION99.69
6.17-6.650.24552260.1812028X-RAY DIFFRACTION99.65
6.65-7.310.24682240.18222015X-RAY DIFFRACTION99.25
7.31-8.370.19852260.16022046X-RAY DIFFRACTION99.21
8.37-10.540.16262280.13352063X-RAY DIFFRACTION99.22
10.55-89.270.22452350.19622109X-RAY DIFFRACTION97.54
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.65606034987-0.166517878107-0.04835363419342.338652745940.6120495339011.917351193540.2514446957350.1841395463240.805752083916-0.4150863975310.05831930872480.470033252413-0.611003390464-0.579049153221-1.14543056039E-51.251117971510.1709059237020.3589844558221.242768304840.4036406453021.90789873755-13.7695927801-28.726650095735.5080629069
22.70403637392-0.0763252219613-0.6540753127081.365244093250.208359040872.52694982411-0.1700864037630.864127277156-1.10986581394-0.5591374412010.124404360013-0.2808469745210.712755818403-0.00518821230734-0.004276199934721.718854451830.01165190211080.08871066363011.22553846221-0.5017589710011.5486867923615.7349718328-125.66713400710.0355246033
31.56127375303-0.00135469785139-0.5399569129711.08042675014-0.6226024443612.407188804250.02714158055770.007203339874330.008029100418920.3231364727510.4477344453170.646620014142-0.437211151269-1.037503677150.01086112312151.202927998050.3886976074230.3519683828891.770057985970.3919134731721.4663385923-51.6156094476-70.372240763267.3115575606
42.279338796540.696048308115-0.1844934432241.80813715351-0.03313828860471.804758556690.03356836100070.8075411854720.46893709948-0.9299736129060.290866759553-0.115048821992-0.8219951581460.2045157923560.005229437103591.85141767566-0.1845499990.3754956026341.614301898130.06841315042260.94564248187327.8304910975-63.32959290230.161883101487
51.674468496690.1412167892440.09662214445542.67704073449-0.3148447437431.53629063884-0.007404804216970.425655761166-1.18063234957-0.225483103270.1099554758070.5317232721060.876076959024-0.4921058666641.11523448619E-51.50536743457-0.4085076787940.0123040261981.48187494364-0.1116341939421.95055611109-33.28161245-130.16529827452.2338144596
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'D' and resid 24 through 741)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'E' and resid 24 through 741)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'A' and resid 24 through 741)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain 'B' and resid 24 through 741)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain 'C' and resid 24 through 741)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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