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- PDB-6y3v: 14-3-3 Sigma in complex with phosphorylated c-Jun peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6y3v
タイトル14-3-3 Sigma in complex with phosphorylated c-Jun peptide
要素
  • 14-3-3 protein sigma
  • c-Jun peptide
キーワードPROTEIN BINDING / 14-3-3 / c-Jun / complex / protein / protein-protein interactions
機能・相同性
機能・相同性情報


leading edge cell differentiation / cellular response to anisomycin / cAMP response element binding / transcription factor AP-1 complex / positive regulation of DNA-templated transcription initiation / integrated stress response signaling / release from viral latency / negative regulation of DNA binding / WNT5:FZD7-mediated leishmania damping / SMAD protein signal transduction ...leading edge cell differentiation / cellular response to anisomycin / cAMP response element binding / transcription factor AP-1 complex / positive regulation of DNA-templated transcription initiation / integrated stress response signaling / release from viral latency / negative regulation of DNA binding / WNT5:FZD7-mediated leishmania damping / SMAD protein signal transduction / host-mediated activation of viral transcription / response to steroid hormone / axon regeneration / nuclear chromosome / Deregulated CDK5 triggers multiple neurodegenerative pathways in Alzheimer's disease models / regulation of epidermal cell division / protein kinase C inhibitor activity / positive regulation of epidermal cell differentiation / keratinocyte development / keratinization / Activation of the AP-1 family of transcription factors / eyelid development in camera-type eye / regulation of cell-cell adhesion / R-SMAD binding / ubiquitin-like protein ligase binding / outflow tract morphogenesis / monocyte differentiation / cAMP/PKA signal transduction / Regulation of localization of FOXO transcription factors / keratinocyte proliferation / general transcription initiation factor binding / positive regulation of epithelial cell migration / phosphoserine residue binding / host-mediated suppression of viral transcription / Activation of BAD and translocation to mitochondria / negative regulation of keratinocyte proliferation / establishment of skin barrier / negative regulation of protein localization to plasma membrane / Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / negative regulation of protein kinase activity / negative regulation of stem cell proliferation / SARS-CoV-1 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / RHO GTPases activate PKNs / positive regulation of protein localization / JNK cascade / response to muscle stretch / positive regulation of endothelial cell proliferation / transcription repressor complex / positive regulation of cell adhesion / GTPase activator activity / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / cellular response to calcium ion / protein sequestering activity / negative regulation of innate immune response / protein export from nucleus / response to endoplasmic reticulum stress / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest / release of cytochrome c from mitochondria / Regulation of PTEN gene transcription / positive regulation of protein export from nucleus / stem cell proliferation / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / TP53 Regulates Metabolic Genes / MAPK6/MAPK4 signaling / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / FCERI mediated MAPK activation / microglial cell activation / liver development / euchromatin / positive regulation of miRNA transcription / Pre-NOTCH Transcription and Translation / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II transcription regulator complex / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / positive regulation of fibroblast proliferation / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / sequence-specific double-stranded DNA binding / intracellular protein localization / regulation of cell population proliferation / regulation of protein localization / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / positive regulation of cell growth / Oxidative Stress Induced Senescence / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / angiogenesis / transcription regulator complex / Estrogen-dependent gene expression / negative regulation of neuron apoptotic process / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / cell population proliferation / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / transcription cis-regulatory region binding / regulation of cell cycle / positive regulation of apoptotic process / cadherin binding / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding
類似検索 - 分子機能
Transcription factor Jun / Jun-like transcription factor / Jun-like transcription factor / bZIP transcription factor / Transcription factor, Skn-1-like, DNA-binding domain superfamily / : / Basic-leucine zipper (bZIP) domain signature. / Basic-leucine zipper (bZIP) domain profile. / basic region leucin zipper / Basic-leucine zipper domain ...Transcription factor Jun / Jun-like transcription factor / Jun-like transcription factor / bZIP transcription factor / Transcription factor, Skn-1-like, DNA-binding domain superfamily / : / Basic-leucine zipper (bZIP) domain signature. / Basic-leucine zipper (bZIP) domain profile. / basic region leucin zipper / Basic-leucine zipper domain / Basic-leucine zipper domain superfamily / 14-3-3 domain / Delta-Endotoxin; domain 1 / 14-3-3 protein sigma / 14-3-3 proteins signature 2. / 14-3-3 protein, conserved site / 14-3-3 proteins signature 1. / 14-3-3 protein / 14-3-3 homologues / 14-3-3 domain / 14-3-3 domain superfamily / 14-3-3 protein / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcription factor Jun / 14-3-3 protein sigma
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.499 Å
データ登録者Ballone, A. / Lau, R.A. / Zweipfenning, F.P.A. / Ottmann, C.
資金援助 オランダ, 1件
組織認可番号国
Marie Sklodowska-Curie Actions, FragNET ITN675179 オランダ
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2020
タイトル: A new soaking procedure for X-ray crystallographic structural determination of protein-peptide complexes.
著者: Ballone, A. / Lau, R.A. / Zweipfenning, F.P.A. / Ottmann, C.
履歴
登録2020年2月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年10月23日Group: Structure summary / カテゴリ: pdbx_entry_details / Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 14-3-3 protein sigma
P: c-Jun peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,8426
ポリマ－29,7132
非ポリマー1294
水8,323462
1
A: 14-3-3 protein sigma
P: c-Jun peptide
ヘテロ分子

A: 14-3-3 protein sigma
P: c-Jun peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,68412
ポリマ－59,4264
非ポリマー2588
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area3160 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area23450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.683, 112.054, 62.578
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-304-

CA

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要素

#1: タンパク質 14-3-3 protein sigma / Epithelial cell marker protein 1 / Stratifin


分子量: 28210.518 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SFN, HME1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P31947
#2: タンパク質・ペプチド c-Jun peptide


分子量: 1502.725 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) / 参照: UniProt: P05412*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 462 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.17 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 28% (v/v) PEG400, 1.25% glycerol, 0.2M CaCl, 0.1M HEPES pH 7.5, 2mM BME

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9686 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9686 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.499→66.531 Å / Num. obs: 46803 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 11.9 % / Biso Wilson estimate: 11.52 Å2 / CC1/2: 0.483 / Net I/σ(I): 3.7
反射 シェル解像度: 1.5→1.53 Å / Num. unique obs: 2252 / CC1/2: 0.289

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.16_3549: ???)精密化
REFMAC5.5精密化
DIALSデータ削減
DIALSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3LW1

3lw1


解像度: 1.499→66.531 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.5
Rfactor反射数%反射
Rfree0.221 2319 4.95 %
Rwork0.1925 --
obs0.194 46803 99.68 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.499→66.531 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1832 0 14 462 2308
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0051882
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7282537
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.7511153
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.059280
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004332
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.4991-1.52970.30671340.26652578X-RAY DIFFRACTION98
1.5297-1.5630.3161000.25282600X-RAY DIFFRACTION99
1.563-1.59930.28051380.25072555X-RAY DIFFRACTION100
1.5993-1.63930.26911310.23452583X-RAY DIFFRACTION100
1.6393-1.68360.25941310.22672596X-RAY DIFFRACTION100
1.6836-1.73320.26711450.22532597X-RAY DIFFRACTION100
1.7332-1.78910.26251380.22582605X-RAY DIFFRACTION100
1.7891-1.85310.27171670.222537X-RAY DIFFRACTION100
1.8531-1.92730.22171300.20642610X-RAY DIFFRACTION100
1.9273-2.0150.25421240.19362622X-RAY DIFFRACTION100
2.015-2.12130.22481440.17942614X-RAY DIFFRACTION100
2.1213-2.25420.17931370.17552607X-RAY DIFFRACTION100
2.2542-2.42820.19851220.17482647X-RAY DIFFRACTION100
2.4282-2.67260.22881370.17922647X-RAY DIFFRACTION100
2.6726-3.05930.2081300.18562640X-RAY DIFFRACTION100
3.0593-3.85440.19241560.16682669X-RAY DIFFRACTION100
3.8544-66.530.19191550.17742777X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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