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万見
- PDB-6y3l: NMR solution structure of the hazelnut allergen Cor a 1.0404 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6y3l
タイトルNMR solution structure of the hazelnut allergen Cor a 1.0404
要素Major allergen variant Cor a 1.0404
キーワードALLERGEN / PR-10 protein / hazelnut allergen / Bet v 1 cross-reactive protein
機能・相同性
機能・相同性情報


abscisic acid binding / abscisic acid-activated signaling pathway / protein phosphatase inhibitor activity / defense response / signaling receptor activity
類似検索 - 分子機能
Bet v I type allergen / Bet v I/Major latex protein / Pathogenesis-related protein Bet v 1 family / START-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Major allergen variant Cor a 1.0404
類似検索 - 構成要素
生物種Corylus avellana (植物)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Fuehrer, S. / Kamenik, A.S. / Zeindl, R. / Nothegger, B. / Hofer, F. / Reider, N. / Liedl, K.R. / Tollinger, M.
資金援助 オーストリア, 2件
組織認可番号国
Austrian Science FundP26849 オーストリア
Austrian Research Promotion Agency858017 オーストリア
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2021
タイトル: Inverse relation between structural flexibility and IgE reactivity of Cor a 1 hazelnut allergens.
著者: Fuhrer, S. / Kamenik, A.S. / Zeindl, R. / Nothegger, B. / Hofer, F. / Reider, N. / Liedl, K.R. / Tollinger, M.
履歴
登録2020年2月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年2月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年3月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Major allergen variant Cor a 1.0404


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,4691
ポリマ－17,4691
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area9140 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 40structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Major allergen variant Cor a 1.0404


分子量: 17468.848 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Corylus avellana (植物) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): star / 参照: UniProt: Q9FPK2

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
112isotropic12D 1H-15N HSQC
122isotropic12D 1H-15N HSQC NH2 only
131isotropic12D 1H-13C HSQC
141isotropic12D 1H-13C HSQC aromatic
151isotropic13D HNCO
161isotropic13D HN(CA)CO
171isotropic13D HN(CA)CB
181isotropic13D CBCA(CO)NH
191isotropic13D (H)CCH-TOCSY
1102isotropic13D 1H-15N TOCSY
1111isotropic13D (H)CC(CO)NH-TOCSY
1122isotropic13D 1H-15N NOESY
1131isotropic13D 1H-13C NOESY

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution10.5 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] Cor a 1.0404, 20 mM sodium phosphate, 2 mM DTT, 90% H2O/10% D2O15N-13C-Cor a 1.040490% H2O/10% D2O
solution20.5 mM [U-99% 15N] Cor a 1.0404, 20 mM sodium phosphate, 2 mM DTT, 90% H2O/10% D2O15N-Cor a 1.040490% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.5 mMCor a 1.0404[U-99% 13C; U-99% 15N]1
20 mMsodium phosphatenatural abundance1
2 mMDTTnatural abundance1
0.5 mMCor a 1.0404[U-99% 15N]2
20 mMsodium phosphatenatural abundance2
2 mMDTTnatural abundance2
試料状態Ionic strength units: Not defined / Label: Conditions / pH: 6.9 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Agilent Direct Drive / 製造業者: Agilent / モデル: Direct Drive / 磁場強度: 500 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
CcpNmr AnalysisCCPNchemical shift assignment
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clorestructure calculation
AmberCase, Darden, Cheatham III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollman精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 4
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 40 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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