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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6y3g | ||||||
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タイトル | Crystal structure of phenylalanine tRNA from Escherichia coli | ||||||
![]() | RNA (75-MER) | ||||||
![]() | RNA / Transfer RNA with modifications | ||||||
機能・相同性 | GUANIDINE / RNA / RNA (> 10)![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Bourgeois, G. / Mechulam, Y. / Schmitt, E. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural basis of the interaction between cyclodipeptide synthases and aminoacylated tRNA substrates. 著者: Bourgeois, G. / Seguin, J. / Babin, M. / Gondry, M. / Mechulam, Y. / Schmitt, E. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 117.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 77.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 24620.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||||
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#2: 化合物 | ChemComp-GAI / #3: 化合物 | ChemComp-CA / #4: 化合物 | ChemComp-GOL / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.14 % |
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結晶化 | 温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 12.4% PEG8000, 0.2M AcCa, 0.1M Hepes pH 7, 0.1M L-Pro |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 278 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年9月16日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97857 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.1→50 Å / Num. obs: 9432 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 12.5 % / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 14.2 |
反射 シェル | 解像度: 3.1→3.3 Å / Num. unique obs: 1464 / CC1/2: 0.68 / % possible all: 98.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4YCO 解像度: 3.1→42.98 Å / SU ML: 0.3628 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.5042
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.1→42.98 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -18.976895582 Å / Origin y: -39.6366701535 Å / Origin z: -7.70185779636 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |