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万見
- PDB-6y3g: Crystal structure of phenylalanine tRNA from Escherichia coli -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6y3g
タイトルCrystal structure of phenylalanine tRNA from Escherichia coli
要素RNA (75-MER)
キーワードRNA / Transfer RNA with modifications
機能・相同性GUANIDINE / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Bourgeois, G. / Mechulam, Y. / Schmitt, E.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
French National Research Agency14CE090021 フランス
引用ジャーナル: Rna / 年: 2020
タイトル: Structural basis of the interaction between cyclodipeptide synthases and aminoacylated tRNA substrates.
著者: Bourgeois, G. / Seguin, J. / Babin, M. / Gondry, M. / Mechulam, Y. / Schmitt, E.
履歴
登録2020年2月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年12月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
F: RNA (75-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,23013
ポリマ－24,6211
非ポリマー60912
水362
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4800 Å2
ΔGint-74 kcal/mol
Surface area12800 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)109.618, 109.618, 138.518
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number181
Space group name H-MP6422
Space group name HallP642(x,y,z+1/6)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+2/3
#3: y,-x+y,z+1/3
#4: -y,x-y,z+1/3
#5: -x+y,-x,z+2/3
#6: x-y,-y,-z
#7: -x,-x+y,-z+2/3
#8: -x,-y,z
#9: y,x,-z+1/3
#10: -y,-x,-z+1/3
#11: -x+y,y,-z
#12: x,x-y,-z+2/3

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要素

#1: RNA鎖 RNA (75-MER)


分子量: 24620.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物
ChemComp-GAI / GUANIDINE / グアニジン


分子量: 59.070 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH5N3
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.14 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 12.4% PEG8000, 0.2M AcCa, 0.1M Hepes pH 7, 0.1M L-Pro

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データ収集

回折平均測定温度: 278 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年9月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→50 Å / Num. obs: 9432 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 12.5 % / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 14.2
反射 シェル解像度: 3.1→3.3 Å / Num. unique obs: 1464 / CC1/2: 0.68 / % possible all: 98.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDS1.17.1_3660データ削減
PHENIX1.17.1_3660精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4YCO

4yco


解像度: 3.1→42.98 Å / SU ML: 0.3628 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.5042
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2361 470 4.99 %
Rwork0.2153 --
obs0.2163 9420 99.76 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→42.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 1609 29 2 1640
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00351813
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.85432816
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0391368
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0055123
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.7444921
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.1-3.550.28711520.24152893X-RAY DIFFRACTION99.41
3.55-4.470.28641510.22692936X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -18.976895582 Å / Origin y: -39.6366701535 Å / Origin z: -7.70185779636 Å
111213212223313233
T0.653409213463 Å2-0.050592865553 Å2-0.0253364587083 Å2-1.16141788691 Å20.0486326213968 Å2--0.852577463238 Å2
L3.63371434084 °2-1.42839770114 °2-1.72822940764 °2-3.71327011844 °21.14285002437 °2--3.77333509331 °2
S-0.0459832748301 Å °0.543518186487 Å °0.379569422295 Å °-0.334087333319 Å °0.0219223194665 Å °-0.252067776587 Å °-0.658890007744 Å °0.257954723465 Å °0.0203208654306 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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